PDB-5yzm: Crystal structure of S9 peptidase (inactive form) from Deinococcu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yzm

タイトル

Crystal structure of S9 peptidase (inactive form) from Deinococcus radiodurans R1

要素

Acyl-peptide hydrolase, putative

キーワード

HYDROLASE / Serine peptidase / Merops S9 / POP family

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yadav, P. / Jamdar, S.N. / Kumar, A. / Ghosh, B. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Carboxypeptidase in prolyl oligopeptidase family: Unique enzyme activation and substrate-screening mechanisms.
著者: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.

履歴

登録	2017年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yzm.cif.gz	927.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yzm.ent.gz	770.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yzm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yzm_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yzm_full_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示
XML形式データ	5yzm_validation.xml.gz	87.4 KB	表示
CIF形式データ	5yzm_validation.cif.gz	124.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yznC 5yzoC 6igpC 6igqC 6igrC 6ikgC 4hxeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6igq-d 6igr-d 6igp-d 4bur-d 7051 21358 6k8k-d 5yzo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-peptide hydrolase, putative

B: Acyl-peptide hydrolase, putative

C: Acyl-peptide hydrolase, putative

D: Acyl-peptide hydrolase, putative

ヘテロ分子

291 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Tetramer

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.702, 195.092, 107.715
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acyl-peptide hydrolase, putative / S9 prolyl oligopeptidase 分子量: 72728.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0165 / プラスミド: pST50Tr / 詳細 (発現宿主): pET based / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) plysS / 参照: UniProt: Q9RXY9
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1052 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.47 詳細: 50mM sodium acetate, pH 4.5, 200mM sodium chloride, 10mM magnesium chloride, 12% PEG 3350 PH範囲: 4.5-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.77 Å / Num. obs: 132199 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.8 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6511 / CC_1/2: 0.719 / R_pim(I) all: 0.38 / R_rim(I) all: 0.742 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
REFMAC		精密化
Coot		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
PHENIX		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HXE

4hxe

解像度: 2.3→46.867 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2193	6534	4.95 %
R_work	0.1894	-	-
obs	0.1909	132060	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18355	0	16	1052	19423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	18928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.578	25827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.898	10873
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2713
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3432

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.2849	216	0.2605	4137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3261-2.3535	0.3109	226	0.2624	4171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.313	203	0.2535	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4124	0.2887	230	0.2448	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4124-2.4441	0.2725	204	0.234	4240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.2667	212	0.2348	4163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.2946	230	0.2383	4198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.2564	219	0.2312	4177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5903	0.2491	200	0.2278	4181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5903-2.6328	0.2685	229	0.2253	4226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6782	0.2782	205	0.2268	4116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.7269	0.2681	214	0.2242	4229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7269-2.7793	0.2496	236	0.2194	4187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7793-2.836	0.2716	201	0.2294	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.8977	0.2671	218	0.2194	4159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8977-2.9651	0.2551	228	0.2121	4165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9651-3.0392	0.2443	184	0.2129	4212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0392-3.1214	0.2678	241	0.2099	4184	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1214-3.2132	0.2633	233	0.2103	4201	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2132-3.3169	0.231	211	0.2066	4176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3169-3.4354	0.2272	228	0.1961	4146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4354-3.5729	0.2288	215	0.1911	4176	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5729-3.7355	0.2049	208	0.1754	4205	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7355-3.9323	0.1966	241	0.1746	4131	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9323-4.1786	0.1911	221	0.1595	4184	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1786-4.5009	0.1598	220	0.1443	4185	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5009-4.9534	0.1474	216	0.1353	4203	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9534-5.6692	0.1665	210	0.1469	4243	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6692-7.1385	0.2033	227	0.1707	4180	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1385-46.8764	0.1708	208	0.1644	4194	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.6556 Å / Origin y: -27.159 Å / Origin z: -31.2665 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2591 Å²	-0.0096 Å²	0.0049 Å²	-	0.3302 Å²	0.0043 Å²	-	-	0.2789 Å²
L	-0.0447 °²	0.0562 °²	0.007 °²	-	0.2978 °²	0.0847 °²	-	-	-0.0206 °²
S	-0.0083 Å °	-0.0188 Å °	-0.0085 Å °	-0.0025 Å °	0.0323 Å °	0.0236 Å °	-0.012 Å °	-0.0215 Å °	-0.0248 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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新型コロナ情報

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