PDB-5yzi: Crystal Structure of Mouse Cytosolic Isocitrate Dehydrogenase com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yzi

タイトル

Crystal Structure of Mouse Cytosolic Isocitrate Dehydrogenase complexed with Cadmium

要素

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IDH

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / Peroxisomal protein import / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration / 2-oxoglutarate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.519 Å

データ登録者

Cho, H.J. / Kang, B.S.

引用

ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2018
タイトル: NADP+-dependent cytosolic isocitrate dehydrogenase provides NADPH in the presence of cadmium due to the moderate chelating effect of glutathione.
著者: Cho, H.J. / Cho, H.Y. / Park, J.W. / Kwon, O.S. / Lee, H.S. / Huh, T.L. / Kang, B.S.

履歴

登録	2017年12月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2018年7月4日	ID: 2CMV
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yzi.cif.gz	335.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yzi.ent.gz	273.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yzi_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yzi_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5yzi_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	5yzi_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yzhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kzo-2 5yzh-d 4l06-1 4l04-2 3inm-1 5ckr-1 6daw-d 2qfx-1 3inm-2 3sbf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (6)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (5)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

95.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.246, 91.428, 109.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase 分子量: 46736.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Idh1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O88844, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.5 ,16% PEG 4000 , 20% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 29260 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.519→28.866 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2313	1476	5.05 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1905	29243	96.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.519→28.866 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6404	0	99	129	6632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6646
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.749	8990
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.441	3964
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	977
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1143

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5189-2.6002	0.2664	114	0.2343	2224	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6002-2.6931	0.2992	112	0.2354	2478	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6931-2.8008	0.2816	115	0.2362	2480	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8008-2.9281	0.2656	129	0.2363	2486	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9281-3.0824	0.2952	133	0.2203	2553	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0824-3.2752	0.2623	143	0.2175	2560	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2752-3.5277	0.2534	151	0.1993	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5277-3.882	0.2462	141	0.1745	2567	X-RAY DIFFRACTION	99
3.882-4.4419	0.184	150	0.1614	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4419-5.5897	0.2179	143	0.1595	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5897-28.8676	0.1894	145	0.172	2636	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1998	0.3332	-0.4963	1.9103	0.7841	3.6017	0.0108	-0.1534	0.2235	-0.0078	-0.0074	0.2873	-0.1694	-0.4151	-0.0012	0.234	0.0462	-0.0069	0.2357	0.0377	0.3014	-12.3923	6.4123	33.2602
2	1.9752	-0.004	0.125	0.8017	0.2365	2.8266	0.0115	-0.387	-0.4026	0.298	0.0492	-0.1637	0.5488	0.4831	-0.037	0.3957	0.1559	-0.0303	0.3867	0.0814	0.3662	9.367	-4.4348	36.8547
3	1.8918	0.0577	-0.674	1.5198	0.9777	4.1223	-0.1473	0.2361	0.1468	-0.1447	-0.0382	0.3328	0.2665	-0.9129	0.1523	0.2232	-0.0446	-0.0074	0.4249	0.0286	0.3953	-18.9976	-1.206	23.821
4	1.3248	-0.5107	-0.754	1.1756	0.3135	1.1801	-0.0847	-0.183	-0.2202	0.1074	0.1707	-0.3365	0.5529	1.4646	-0.0891	0.4585	0.3727	0.0021	1.21	-0.0014	0.4738	28.0222	-7.9756	17.4781
5	1.3127	0.0575	0.5233	0.6892	0.5431	5.2353	-0.0532	0.0143	0.1009	-0.0414	0.0861	-0.1574	-0.4621	0.8431	-0.0457	0.2441	-0.0357	0.0024	0.322	0.0233	0.3544	12.4603	9.9974	23.956
6	3.1842	0.2839	-0.2602	1.9201	-0.0564	2.5883	-0.1407	0.0199	-0.4763	-0.2318	0.0304	-0.1457	0.7222	1.0049	0.0876	0.5664	0.3493	0.0322	0.782	-0.0533	0.4551	22.3056	-14.6087	7.3238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 133 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 134 through 285 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 286 through 412 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 133 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 134 through 285 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 286 through 411 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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