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- PDB-5yyf: Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with a peptide i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yyf
タイトルCrystal structure of AF9 YEATS domain in complex with a peptide inhibitor "PHQ-H3(Q5-K9)" modified at K9 with 2-furancarboyl group
要素
  • Peptide inhibitor PHQ-H3(Q5-K9)
  • Protein AF-9
キーワードTRANSCRIPTION / YEATS domain / Complex / Inhibitor / 2-furancarboyl group
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation ...modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromosome / histone binding / molecular adaptor activity / gene expression / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
YEATS domain / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHQ-H3(Q5-K9) peptide modified at K9 with 2-furancarboyl group / 2-FUROIC ACID / Protein AF-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Li, Y. / Li, H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China91753203 中国
CHINA ASSOCIATION FOR SCIENCE AND TECHNOLOGY 中国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structure-guided development of YEATS domain inhibitors by targeting pi-pi-pi stacking.
著者: Li, X. / Li, X.M. / Jiang, Y. / Liu, Z. / Cui, Y. / Fung, K.Y. / van der Beelen, S.H.E. / Tian, G. / Wan, L. / Shi, X. / Allis, C.D. / Li, H. / Li, Y. / Li, X.D.
履歴
登録2017年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月16日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
B: Peptide inhibitor PHQ-H3(Q5-K9)
C: Protein AF-9
D: Peptide inhibitor PHQ-H3(Q5-K9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2459
ポリマ－34,7334
非ポリマー5125
水5,008278
1
A: Protein AF-9
B: Peptide inhibitor PHQ-H3(Q5-K9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6715
ポリマ－17,3662
非ポリマー3043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protein AF-9
D: Peptide inhibitor PHQ-H3(Q5-K9)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5754
ポリマ－17,3662
非ポリマー2082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.536, 43.992, 89.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 16611.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド Peptide inhibitor PHQ-H3(Q5-K9)


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 755.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: PHQ-H3(Q5-K9) peptide modified at K9 with 2-furancarboyl group
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FOA / 2-FUROIC ACID


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 112.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4O3
参照: PHQ-H3(Q5-K9) peptide modified at K9 with 2-furancarboyl group
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 25 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.286 Å / Num. obs: 27771 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 25.78
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.897 / Num. unique obs: 1373 / CC1/2: 0.906 / Rpim(I) all: 0.448

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc1_2801: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMP

4tmp


解像度: 1.903→42.286 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 1398 5.03 %
Rwork0.2018 --
obs0.2029 27771 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.903→42.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2413 0 29 278 2720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8613379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4141495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9032-1.97120.30651330.2742490X-RAY DIFFRACTION95
1.9712-2.05010.27881280.24922665X-RAY DIFFRACTION100
2.0501-2.14340.25961340.23742594X-RAY DIFFRACTION100
2.1434-2.25640.26871540.23392616X-RAY DIFFRACTION100
2.2564-2.39770.29581320.23822669X-RAY DIFFRACTION100
2.3977-2.58290.34521360.23452663X-RAY DIFFRACTION100
2.5829-2.84270.28551300.22952648X-RAY DIFFRACTION100
2.8427-3.2540.23571210.20142673X-RAY DIFFRACTION100
3.254-4.09910.19081590.17342641X-RAY DIFFRACTION99
4.0991-42.29640.16041710.17022714X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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