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万見
- PDB-5ywe: Crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ywe
タイトルCrystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase apo form
要素Hematopoietic prostaglandin D synthase
キーワードTRANSFERASE / PROSTAGLANDIN D / Synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / response to selenium ion / Glutathione conjugation / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase ...prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / response to selenium ion / Glutathione conjugation / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Kamo, M. / Furubayashi, N. / Inaka, K. / Aritake, K. / Urade, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase apo form
著者: Inaka, K. / Furubayashi, N. / Kamo, M. / Aritake, K. / Urade, Y.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
B: Hematopoietic prostaglandin D synthase
C: Hematopoietic prostaglandin D synthase
D: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,42112
ポリマ－92,9594
非ポリマー1,4628
水10,395577
1
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
B: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3027
ポリマ－46,4792
非ポリマー8235
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
2
C: Hematopoietic prostaglandin D synthase
D: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1185
ポリマ－46,4792
非ポリマー6393
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.429, 48.200, 88.969
Angle α, β, γ (deg.)95.820, 90.080, 89.970
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量: 23239.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPGDS, GSTS, PGDS, PTGDS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8.5
詳細: 35% PEG 6000, 5 mM DTT, 2mM MgCl2, 2mM Glutathione, 2% Dioxane, 50 mM Tris-HCL, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月17日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→88.51 Å / Num. obs: 71217 / % possible obs: 79.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 255531 / Scaling rejects: 151
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.68-1.713.50.31635900.9080.1910.3777.8
9.05-88.5140.0385580.9970.0220.04397

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation88.51 Å3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CVD

2cvd


解像度: 1.68→88.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.987 / SU ML: 0.067 / SU R Cruickshank DPI: 0.1401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.127
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 3316 4.8 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
obs0.171 65506 76.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.96 Å2 / Biso mean: 20.213 Å2 / Biso min: 6.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20.22 Å2-0.01 Å2
2--0.88 Å20.25 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→88.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6552 0 94 577 7223
Biso mean--22.57 24.65 -
残基数----792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196810
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.9639250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.737314824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3115788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96624.217332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.554151168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1641540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021608
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 170 -
Rwork0.206 3101 -
all-3271 -
obs--49.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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