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- PDB-5yu6: CRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yu6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF EXPORTIN-5:RANGTP COMPLEX
要素
  • 13-mer peptide
  • Exportin-5
  • GTP-binding nuclear protein Ran
キーワードRNA BINDING PROTEIN/NUCLEAR PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-NUCLEAR PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / miRNA metabolic process / RISC complex / RNA export from nucleus / GTP metabolic process ...RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / nuclear export signal receptor activity / miRNA metabolic process / RISC complex / RNA export from nucleus / GTP metabolic process / MicroRNA (miRNA) biogenesis / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal subunit export from nucleus / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / melanosome / nuclear envelope / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / tRNA binding / cell division / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-5, C-terminal domain / Exportin-5 family / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain ...Exportin-5, C-terminal domain / Exportin-5 family / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP-binding nuclear protein Ran / Exportin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.997 Å
データ登録者Yamazawa, R. / Jiko, C. / Lee, S.J. / Yamashita, E.
資金援助 日本, 韓国, 4件
組織認可番号国
MEXT22121006 日本
JSPS22370041 日本
JSPS21227003 日本
NRFMEST 2011-0017405 韓国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Selective Binding of Export Cargoes by Exportin-5
著者: Yamazawa, R. / Jiko, C. / Choi, S. / Park, I.Y. / Nakagawa, A. / Yamashita, E. / Lee, S.J.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月25日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exportin-5
E: 13-mer peptide
B: GTP-binding nuclear protein Ran
C: Exportin-5
F: 13-mer peptide
D: GTP-binding nuclear protein Ran
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,16510
ポリマ－324,0706
非ポリマー1,0954
水00
1
A: Exportin-5
E: 13-mer peptide
B: GTP-binding nuclear protein Ran
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,5835
ポリマ－162,0353
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Exportin-5
F: 13-mer peptide
D: GTP-binding nuclear protein Ran
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,5835
ポリマ－162,0353
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.560, 302.678, 88.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Exportin-5 / Exp5 / Ran-binding protein 21


分子量: 136454.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPO5, KIAA1291, RANBP21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HAV4
#2: タンパク質・ペプチド 13-mer peptide


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 24456.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: RAN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62825
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY
配列の詳細REGARDING THE RESIDUES AT POSITION 1305-1317 (CHAINS E/F), THE AUTHORS DO NOT KNOW EACH SEQUENCE. ...REGARDING THE RESIDUES AT POSITION 1305-1317 (CHAINS E/F), THE AUTHORS DO NOT KNOW EACH SEQUENCE. IN ADDITION, THEY COULDN'T SPECIFY ALL OF THE AMINO ACIDS DUE TO THE DISCONTINUOUS ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, DTT, MgCl2, spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→83.33 Å / Num. obs: 55602 / % possible obs: 82.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5227 / % possible all: 77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A6P

3a6p


解像度: 2.997→48.977 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2689 2871 5.17 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.2209 55507 81.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.997→48.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20030 0 66 0 20096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00220503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50627769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.33312471
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0373182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9969-3.0460.36251310.28352172X-RAY DIFFRACTION72
3.046-3.09850.35541530.28562331X-RAY DIFFRACTION77
3.0985-3.15480.32821160.27652383X-RAY DIFFRACTION78
3.1548-3.21550.35731380.28712341X-RAY DIFFRACTION78
3.2155-3.28110.34251290.27852383X-RAY DIFFRACTION76
3.2811-3.35250.31041220.25662356X-RAY DIFFRACTION79
3.3525-3.43040.27671350.24422330X-RAY DIFFRACTION75
3.4304-3.51620.29491410.24332311X-RAY DIFFRACTION78
3.5162-3.61120.31751340.2492334X-RAY DIFFRACTION75
3.6112-3.71750.33331180.23952349X-RAY DIFFRACTION77
3.7175-3.83740.26331330.23082313X-RAY DIFFRACTION75
3.8374-3.97450.26851140.22212351X-RAY DIFFRACTION77
3.9745-4.13360.27381450.20372329X-RAY DIFFRACTION77
4.1336-4.32160.2441300.19532390X-RAY DIFFRACTION78
4.3216-4.54930.23841250.19282474X-RAY DIFFRACTION80
4.5493-4.83410.20721370.18452589X-RAY DIFFRACTION85
4.8341-5.20690.22441420.19732844X-RAY DIFFRACTION92
5.2069-5.73020.26911640.21852951X-RAY DIFFRACTION96
5.7302-6.55770.28991600.23183002X-RAY DIFFRACTION99
6.5577-8.25560.25451540.21673069X-RAY DIFFRACTION99
8.2556-48.98330.21511500.17283034X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.9016 Å / Origin y: 60.0422 Å / Origin z: 26.4587 Å
111213212223313233
T0.2394 Å2-0.0232 Å2-0.1363 Å2-0.2638 Å20.0413 Å2--0.3263 Å2
L-0.0964 °2-0.0396 °2-0.1172 °2-0.273 °2-0.0412 °2--0.0742 °2
S-0.0191 Å °0.0273 Å °-0.0036 Å °0.0609 Å °0.0529 Å °-0.069 Å °0.0268 Å °0.025 Å °0.0153 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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