PDB-5yti: Crystal structure of flagellar hook associated protein-3 (HAP-3: ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yti

タイトル

Crystal structure of flagellar hook associated protein-3 (HAP-3: Q5ZW61_LEGPH) from Legionella pneumophila

要素

Flagellar hook associated protein type 3 FlgL

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Flagellar hook associated protein3 / HAP-3 / Legionella pneumophila

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Lankipalli, S. / Hegde, R.P. / Dey, D. / Almo, S.C. / Ramagopal, U.A.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hook associated protein-3 (HAP-3: Q5ZW61_LEGPH) from Legionella pneumophila
著者: Lankipalli, S. / Ramagopal, U.A.

履歴

登録	2017年11月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yti.cif.gz	139.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yti.ent.gz	110.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yti_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yti_full_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示
XML形式データ	5yti_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	5yti_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/5yti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/5yti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6k2j-d 6rhv-d 4wx8-d 7c7z-d 2yib-4 4wxa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar hook associated protein type 3 FlgL

ヘテロ分子

45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flagellar hook associated protein type 3 FlgL

ヘテロ分子

A: Flagellar hook associated protein type 3 FlgL

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
90.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.687, 107.687, 90.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

詳細

AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

#1: タンパク質	Flagellar hook associated protein type 3 FlgL 分子量: 44940.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: flgL, lpg1226 / プラスミド: BC-PSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZW61
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.79 % / Mosaicity: 0.294 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG 400, 0.1M Cadmium Chloride hydrate, 0.1M Sodium Acetate Trihydrate, pH 4.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→76.15 Å / Num. obs: 14351 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 0.884 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.75-2.8	9.1	0.938	697	0.743	0.325	0.994	0.876	100
2.8-2.85	8.9	0.751	704	0.846	0.263	0.797	0.858	100
2.85-2.9	9	0.624	695	0.86	0.218	0.662	0.861	100
2.9-2.96	8.9	0.551	697	0.907	0.193	0.585	0.861	100
2.96-3.03	9	0.447	694	0.923	0.156	0.474	0.852	100
3.03-3.1	8.9	0.361	709	0.961	0.126	0.383	0.847	100
3.1-3.17	8.9	0.291	713	0.966	0.102	0.309	0.871	100
3.17-3.26	8.9	0.25	700	0.98	0.087	0.265	0.899	100
3.26-3.36	8.9	0.189	705	0.982	0.067	0.201	0.892	100
3.36-3.46	8.8	0.168	710	0.989	0.059	0.178	0.989	100
3.46-3.59	8.8	0.132	711	0.992	0.047	0.14	0.95	100
3.59-3.73	8.8	0.118	711	0.993	0.041	0.125	1.089	100
3.73-3.9	8.7	0.102	711	0.994	0.036	0.108	1.072	100
3.9-4.11	8.7	0.082	716	0.995	0.03	0.088	0.961	100
4.11-4.36	8.6	0.063	716	0.997	0.023	0.067	0.931	100
4.36-4.7	8.4	0.049	729	0.997	0.018	0.052	0.858	100
4.7-5.17	8.1	0.046	721	0.998	0.017	0.049	0.75	99.9
5.17-5.92	8.7	0.05	736	0.998	0.018	0.054	0.792	100
5.92-7.46	8.5	0.042	755	0.998	0.015	0.045	0.773	100
7.46-50	7.6	0.027	821	0.999	0.01	0.029	0.693	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.75→76.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 36.065 / SU ML: 0.3 / SU R Cruickshank DPI: 0.5507 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.551 / ESU R Free: 0.347
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2884	733	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2354	-	-	-
obs	0.2382	13543	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.61 Å² / B_iso mean: 91.848 Å² / B_iso min: 62.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.46 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→76.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2472	0	1	2	2475
B_iso mean	-	-	126.03	63.65	-
残基数	-	-	-	-	330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.606	1.969	3428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.786	3	5288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.617	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.49	26.102	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.226	15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.013	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2883
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	458

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	45	-
R_work	0.359	964	-
all	-	1009	-
obs	-	-	97.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5344	-0.2817	0.0211	7.5693	3.5694	1.7082	0.1034	0.0583	-0.12	0.2159	0.0971	-0.3553	0.0568	0.0559	-0.2005	0.5232	0.0243	-0.1411	0.0779	-0.0342	0.3583	-14.7297	-51.4527	19.6555
2	0.5003	0.2937	0.0964	0.6459	-0.0902	0.3215	0.0304	-0.3125	-0.0696	-0.3316	-0.0469	0.1693	-0.1877	0.0383	0.0164	0.6239	-0.1567	-0.1846	0.4136	0.015	0.2481	-21.474	-8.0623	43.057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	48 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	351 - 377
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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