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- PDB-6k2j: Crystal Structure of the DNA Complex of C. crescentus GapR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k2j
タイトルCrystal Structure of the DNA Complex of C. crescentus GapR
要素
  • 10A DNA_front
  • 10A DNA_reverse
  • UPF0335 protein CCNA_03428
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / C. crescentus / GapR/DNA / NAPs / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性GapR-like / GapR-like, DNA-binding domain / GapR-like, DNA-binding domain / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / UPF0335 protein CCNA_03428
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
Caulobacter crescentus NA1000 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Xia, B. / Huang, Q.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: GapR binds DNA through dynamic opening of its tetrameric interface.
著者: Huang, Q. / Duan, B. / Dong, X. / Fan, S. / Xia, B.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0335 protein CCNA_03428
B: UPF0335 protein CCNA_03428
C: UPF0335 protein CCNA_03428
D: UPF0335 protein CCNA_03428
E: 10A DNA_front
F: 10A DNA_reverse


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5776
ポリマ－54,5776
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10450 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area27770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.310, 65.310, 274.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
UPF0335 protein CCNA_03428 / GapR (growth-associated A/T-binding protein involved in regulation)


分子量: 11195.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain NA1000 / CB15N) (バクテリア)
株: NA1000 / CB15N / 遺伝子: CCNA_03428 / Variant: NA1000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8H4R9
#2: DNA鎖 10A DNA_front


分子量: 4902.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Caulobacter crescentus NA1000 (バクテリア)
#3: DNA鎖 10A DNA_reverse


分子量: 4892.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Caulobacter crescentus NA1000 (バクテリア)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.005M Manganese(II) chloride tetrahydrate 0.05M Sodium citrate PH 5.6 1.25M 1,6-Hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.1 Å / Num. obs: 25730 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 40
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.01 / Num. unique obs: 24904

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-20007-16データ削減
HKL-20007-16データスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575: ???)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48.098 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 28.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 1266 4.92 %
Rwork0.2207 --
obs0.2242 25730 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2668 612 0 204 3484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6774652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4141996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004496
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.44 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2929 --
Rwork0.2349 --
obs-1269 99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93081.3226-2.1011.3349-1.6412.34060.11280.0420.8473-0.29530.32310.0964-0.69780.3908-0.39960.7722-0.31610.09560.4077-0.04620.542920.300634.0225117.2172
2-0.05940.02941.02420.40653.37247.30350.015-0.097-0.01810.0633-0.0027-0.1489-0.1013-0.08230.00660.4239-0.0721-0.02360.34580.00730.23359.634610.1568108.5793
34.06451.6442-2.642.6989-1.20584.869-0.21910.40260.3729-0.73840.44330.0999-0.78910.0335-0.32970.7362-0.1621-0.01530.3326-0.0410.321713.239626.4623115.1547
42.05392.64510.63983.11962.48475.3237-0.32380.1471-0.3928-0.3064-0.15080.44770.2026-0.45330.49920.2915-0.0086-0.01360.3492-0.11920.373933.099344.1284130.0641
55.97381.94013.8661.26821.30824.67840.2370.159-0.15430.27510.1791-0.25820.7791.3366-0.46120.39910.21320.04490.8023-0.0930.35939.66460.6988111.0165
61.124-0.2617-3.34580.14781.02227.8523-0.2958-0.09-0.11610.0109-0.15880.06110.12990.58960.36850.26410.0490.05140.39510.0250.224313.24653.5077121.0983
72.9717-0.44550.61421.9870.38452.74710.1644-1.0965-0.34560.43630.2015-0.14720.42520.2831-0.26790.38030.03330.05690.6664-0.00620.232629.3708-1.9001113.3197
83.37551.1139-1.79790.73011.20498.22480.0184-0.55020.15990.10140.00880.312-0.06590.09770.0170.22840.04160.05380.3218-0.01410.331854.75936.736398.3032
95.1572-0.35970.63993.93950.81513.88440.30120.3435-1.4124-0.21880.41540.03960.61690.5683-0.74230.52340.0088-0.07440.4843-0.17331.099828.760215.2401113.7876
103.4036-0.702-2.77561.4916-0.55912.98790.47150.6984-0.2727-0.20120.78730.08840.2964-1.0097-1.24540.5453-0.06920.01620.9033-0.12320.915427.855917.6207112.4322
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 92 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 14 through 54 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 55 through 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 13 through 51 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 52 through 94 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 14 through 54 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 55 through 96 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 15 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 2 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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