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万見
- PDB-5yt2: Crystal structure of the human vitamin D receptor ligand binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yt2
タイトルCrystal structure of the human vitamin D receptor ligand binding domain complexed with (1R,2S,3R)-5-[(E)-2-{(1R,3aS,7aR)-1-[(R)-6-hydroxy-6-methylheptan-2-yl]-7a-methyl-2,3,3a,6,7,7a-hexahydro-1H-inden-4-yl}vinyl]-2-(3-hydroxypropyl)cyclohex-4-ene-1,3-diol
要素Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Active ligand / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding ...regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / bile acid nuclear receptor activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / intestinal absorption / mammary gland branching involved in pregnancy / decidualization / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of bone mineralization / retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / lactation / skeletal system development / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / cell morphogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / intracellular calcium ion homeostasis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / calcium ion transport / cell differentiation / receptor complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-90O / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Takimoto-Kamimura, M. / Kakuda, S.
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Effects of 2-substitution on 14-epi-19-nortachysterol-mediated biological events: based on synthesis and X-ray co-crystallographic analysis with the human vitamin D receptor.
著者: Sawada, D. / Kakuda, S. / Takeuchi, A. / Kawagoe, F. / Takimoto-Kamimura, M. / Kittaka, A.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4092
ポリマ－28,9481
非ポリマー4611
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.565, 51.565, 132.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 28948.420 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDR, NR1I1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11473
#2: 化合物 ChemComp-90O / (1R,2S,3R)-5-[(E)-2-[(1R,3aS,7aR)-7a-methyl-1-[(2R)-6-methyl-6-oxidanyl-heptan-2-yl]-1,2,3,3a,6,7-hexahydroinden-4-yl]ethenyl]-2-(3-oxidanylpropyl)cyclohex-4-ene-1,3-diol / (1R,2S,3R)-5-[(E)-2-{(1R,3aS,7aR)-1-[(R)-6-hydroxy-6-methylheptan-2-yl]-7a-methyl-2,3,3a,6,7,7a-hexahydro-1H-inden-4-yl}vinyl]-2-(3-hydroxypropyl)cyclohex-4-ene-1,3-diol


分子量: 460.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H48O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 50mM Mes, 1.4M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 21508 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 40.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.366

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DB1

1db1


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.587 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.161
詳細: 1. The authors state they removed the long loop 165-215 for the crystallization with direct lincage with Gly 164 and Ser 216, so this region recieved quite large steric hindrance and resuled ...詳細: 1. The authors state they removed the long loop 165-215 for the crystallization with direct lincage with Gly 164 and Ser 216, so this region recieved quite large steric hindrance and resuled abnormal bond length as usual, and that the bond is existing in real but the bond distance is abnormal by the disorder by the steric hindrances. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23342 1100 5.1 %RANDOM
Rwork0.19119 ---
obs0.19338 20336 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 0 33 151 2211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9381.9963043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1725279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93324.216102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.42815411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6921516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2141.51414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92722218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5993924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8514.5825
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 77 -
Rwork0.19 1461 -
obs--98.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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