PDB-5yt1: Crystal structrure of near infrared fluoresecent protein mNeptune684

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yt1

タイトル

Crystal structrure of near infrared fluoresecent protein mNeptune684

要素

near infrared fluoresecent protein mNeptune684

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / mNeptune / near infrared fluorescent protein

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, X.E. / Wang, D.B. / Yuan, Y. / Li, D.F.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structrure of near infrared fluoresecent protein mNeptune684
著者: Zhang, X.E. / Wang, D.B. / Yuan, Y. / Li, D.F.

履歴

登録	2017年11月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yt1.cif.gz	206.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yt1.ent.gz	163.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yt1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yt1_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yt1_full_validation.pdf.gz	472.1 KB	表示
XML形式データ	5yt1_validation.xml.gz	44.5 KB	表示
CIF形式データ	5yt1_validation.cif.gz	62.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/5yt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/5yt1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ip2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bxb-4 3svo-3 3m22-3 4oj0-2 3bxb-3 3nt3-2 3nt3-1 3bxb-8 3svr-4 3bxb-6 3nt9-2 6wem-2 3svs-4 3bxb-7 3m22-4 3svs-1 3svu-4 3svn-1 3svr-3 3nt3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: near infrared fluoresecent protein mNeptune684

B: near infrared fluoresecent protein mNeptune684

C: near infrared fluoresecent protein mNeptune684

D: near infrared fluoresecent protein mNeptune684

116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: near infrared fluoresecent protein mNeptune684

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, 1
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: near infrared fluoresecent protein mNeptune684

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: near infrared fluoresecent protein mNeptune684

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: near infrared fluoresecent protein mNeptune684

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.643, 116.878, 63.721
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	near infrared fluoresecent protein mNeptune684 分子量: 28917.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク) 株: sea anemone / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 Blue
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.34 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 20 mM Tris, NaCl 100 mM, pH 7.9, 0.2 M Lithium Chloride, 20% w/v Polyethylene Glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9777 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→46.81 Å / Num. obs: 60120 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 10.41
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Num. unique obs: 4482 / CC_1/2: 0.691 / R_rim(I) all: 0.607 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ip2

3ip2

解像度: 2→46.802 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 22.48

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2214	1986	3.3 %	Random
R_work	0.1968	-	-	-
obs	0.1976	60120	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.802 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7212	0	0	782	7994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7388
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.014	9985
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.411	4405
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1293

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3268	143	0.2694	4178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1054	0.2815	138	0.2392	4095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1674	0.241	139	0.232	4112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1674-2.2374	0.2586	142	0.2477	4136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2374-2.3173	0.2658	144	0.2538	4160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3173-2.4101	0.2466	144	0.2133	4128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4101-2.5198	0.2742	141	0.2135	4150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.6526	0.2361	143	0.2049	4179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6526-2.8188	0.2338	138	0.2061	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8188-3.0364	0.257	145	0.2112	4187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0364-3.3419	0.2184	143	0.1949	4144	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3419-3.8253	0.1995	145	0.1702	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8253-4.8187	0.1685	140	0.1547	4190	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8187-46.8147	0.1671	141	0.1707	4225	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)