PDB-5ysp: Pyrophosphate-dependent kinase in the ribokinase family complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ysp

タイトル

Pyrophosphate-dependent kinase in the ribokinase family complexed with a pyrophosphate analog and myo-inositol

要素

TM0415

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

PPi-dependent kinase / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Nagata, R. / Fujihashi, M. / Miki, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Identification of a pyrophosphate-dependent kinase and its donor selectivity determinants.
著者: Nagata, R. / Fujihashi, M. / Sato, T. / Atomi, H. / Miki, K.

履歴

登録	2017年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ysp.cif.gz	224.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ysp.ent.gz	178.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ysp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ysp_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ysp_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5ysp_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	5ysp_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ysqC 1vk4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ysq-2 2isi-3 3teb-1 3u8u-5 1gkl-2 6bor-2 6fj4-d 4lxg-d 4jd0-d 2jc4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TM0415

B: TM0415

ヘテロ分子

64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TM0415

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TM0415

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.673, 63.009, 89.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	TM0415 分子量: 32104.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0415 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9WYP6

#1: タンパク質

TM0415

分子量: 32104.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0415 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9WYP6

-
非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物	ChemComp-INS / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / MYO-INOSITOL / イノシト-ル分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MDN / METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID / メチレンビスホスホン酸分子量: 176.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₆O₆P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 54308 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000	715	データスケーリング
MOLREP	11.2.08	位相決定
Coot	0.7	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VK4

1vk4

解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 5.561 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21042	2727	5 %	RANDOM
R_work	0.19644	-	-	-
obs	0.19713	51566	97.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.113 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.05 Å²	0 Å²	0.61 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4079	0	39	95	4213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.958	5839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	9066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.986	5	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.238	22.739	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.15	15	661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.499	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.489	1.477	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.489	1.477	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.812	2.211	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.812	2.212	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.591	1.563	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.588	1.559	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.941	2.315	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.836	12.102	4623
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.824	11.99	4594
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	185	-
R_work	0.28	3677	-
obs	-	-	94.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8577	-1.0851	-0.8497	6.6336	1.095	2.5366	-0.004	0.2008	0.0924	-0.235	-0.0173	0.3748	-0.3686	-0.0598	0.0212	0.067	-0.0081	-0.0196	0.0241	0.01	0.1375	-11.8585	9.4484	33.3895
2	2.1852	-0.4678	-1.1104	1.2846	0.919	4.5287	-0.0234	0.4111	-0.06	-0.1214	-0.0824	0.3334	-0.0199	-0.3193	0.1058	0.0487	-0.0153	-0.0071	0.0879	-0.0353	0.2161	-17.3278	0.3152	28.8566
3	2.4853	0.7598	0.1829	7.5176	0.3293	2.1517	-0.0907	0.0992	0.0743	-0.0691	0.0256	-0.0139	-0.0569	0.1059	0.0651	0.0276	-0.0037	0.0154	0.0088	0.01	0.1207	-10.3337	3.5037	40.2331
4	2.6495	-1.0913	-1.5521	5.8449	0.4764	4.2922	-0.1249	0.1655	-0.375	-0.0364	-0.0101	0.1408	0.3718	0.0015	0.135	0.0334	-0.0002	0.0145	0.0146	-0.0361	0.2107	-5.4085	-9.5296	34.595
5	3.3716	-0.5177	-0.0817	2.6154	1.0237	1.4907	-0.0788	-0.0327	-0.0441	0.1998	0.1125	-0.2081	0.0038	0.1599	-0.0338	0.0543	0.0121	-0.021	0.0735	0.0028	0.1968	5.4424	-0.1322	37.497
6	3.1253	-0.0507	0.6298	2.5873	0.2909	4.1394	-0.019	0.353	-0.154	-0.1076	0.127	-0.1925	0.1362	0.2789	-0.108	0.0414	-0.0058	0.0591	0.2186	-0.0689	0.2543	10.5481	-2.9546	26.0375
7	2.5796	-1.4946	-0.2552	4.6494	0.6661	2.1636	0.0296	0.4798	0.0764	-0.4087	-0.0548	-0.0365	-0.2219	0.2691	0.0253	0.1177	-0.0586	0.0104	0.2651	0.0143	0.1421	-2.6576	4.8596	18.2807
8	2.5358	1.0634	0.3914	5.4165	2.2819	5.1142	-0.0351	0.0556	-0.1546	-0.228	-0.1054	0.3825	0.3535	-0.2546	0.1405	0.2063	0.0154	0.0121	0.1374	0.0113	0.2113	14.5629	26.371	3.8343
9	4.2685	1.3518	1.4058	1.6224	-0.0916	5.5715	-0.0399	0.0618	0.2316	-0.2091	0.0625	0.1187	-0.1898	-0.6922	-0.0226	0.1725	0.0313	0.0306	0.2074	-0.0143	0.2417	10.7324	36.5012	8.5259
10	2.2911	0.1215	0.1935	2.6624	0.3841	5.0332	0.0126	0.1074	0.0538	-0.2078	0.0245	0.0312	0.0046	0.0634	-0.0371	0.1944	0.0093	0.0299	0.1469	0.0041	0.1937	20.8539	32.6682	2.7628
11	2.1456	-0.3035	0.0622	4.4555	1.2323	5.2976	0.0007	-0.0253	0.0692	-0.0045	0.0349	-0.306	0.2487	0.6393	-0.0356	0.1752	0.045	-0.0057	0.2791	-0.0264	0.2323	28.5601	30.6448	15.8642
12	2.1629	-1.8833	-0.2097	6.3527	-3.0465	4.5867	0.0262	-0.3371	-0.2116	0.2557	-0.039	-0.0189	0.5649	0.152	0.0128	0.3151	0.0213	-0.0457	0.2791	-0.0322	0.2088	22.9159	25.3946	26.2896
13	1.3728	2.2733	-0.2671	3.8378	-0.3586	5.5172	0.0915	-0.1571	-0.0924	0.1316	-0.1885	-0.0644	0.4395	-0.5813	0.097	0.2282	-0.0168	-0.017	0.3451	-0.0271	0.2179	14.2705	28.0288	28.582
14	2.4389	0.8659	0.8038	2.8899	0.7389	4.7351	-0.0549	-0.2449	0.155	-0.0006	0.0975	0.1315	0.2065	-0.992	-0.0426	0.1573	-0.0572	0.0315	0.4046	-0.0179	0.2106	5.6069	31.1873	18.1045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	72 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	107 - 138
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	139 - 190
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	191 - 217
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	218 - 280
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 22
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	23 - 43
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 121
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	122 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	166 - 199
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	200 - 218
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	219 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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