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万見
- PDB-5yrm: PPL3C-isomaltose complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yrm
タイトルPPL3C-isomaltose complex
要素PPL3-b
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Biomineralization / Post-translational modification / Calcite / Docking simulation
機能・相同性Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / carbohydrate binding / Jacalin-related lectin
機能・相同性情報
生物種Pteria penguin (マベ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Nakae, S. / Shionyu, M. / Ogawa, T. / Shirai, T.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
MEXTJP17H01818 日本
AMED17am0101069j0001 日本
MEXT#25107703 日本
MEXT#23107505 日本
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: Structures of jacalin-related lectin PPL3 regulating pearl shell biomineralization
著者: Nakae, S. / Shionyu, M. / Ogawa, T. / Shirai, T.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PPL3-b
B: PPL3-b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1687
ポリマ－31,4422
非ポリマー7275
水8,665481
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.350, 74.400, 90.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PPL3-b


分子量: 15720.907 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pteria penguin (マベ) / 参照: UniProt: A0A2Z5V8U8*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細For PPL3-b, the genebank assession is LC334154.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate 25% (w/v) PEG 3350 0.1 M bis-Tris buffer pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 44601 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.016 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique obs: 6404 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YRK

5yrk


解像度: 1.5→19.741 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1939 2178 4.97 %
Rwork0.1656 --
obs0.167 43862 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.741 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2195 0 43 481 2719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2163161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.452873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.394348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.499-1.53160.29491390.27812469X-RAY DIFFRACTION95
1.5316-1.56720.29581180.24922531X-RAY DIFFRACTION96
1.5672-1.60640.25751170.23912519X-RAY DIFFRACTION97
1.6064-1.64980.25611280.22282554X-RAY DIFFRACTION98
1.6498-1.69830.24821410.21452552X-RAY DIFFRACTION98
1.6983-1.75310.24621410.19532573X-RAY DIFFRACTION98
1.7531-1.81570.22241560.18622532X-RAY DIFFRACTION98
1.8157-1.88830.22811380.17562583X-RAY DIFFRACTION99
1.8883-1.97420.23711310.16772613X-RAY DIFFRACTION99
1.9742-2.07820.22621340.16172604X-RAY DIFFRACTION99
2.0782-2.20820.15521350.14332644X-RAY DIFFRACTION100
2.2082-2.37850.15311430.1432638X-RAY DIFFRACTION100
2.3785-2.61730.19681470.15522633X-RAY DIFFRACTION100
2.6173-2.99490.16191410.15032665X-RAY DIFFRACTION100
2.9949-3.7690.18271440.14252714X-RAY DIFFRACTION100
3.769-19.74270.15531250.15812860X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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