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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yrk | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of PPL3C | |||||||||||||||
要素 | PPL3-b | |||||||||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Biomineralization / Post-translational modification / Calcite / Docking simulation | |||||||||||||||
機能・相同性 | Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / carbohydrate binding / Jacalin-related lectin 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Pteria penguin (マベ) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.35 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Nakae, S. / Shionyu, M. / Ogawa, T. / Shirai, T. | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2018 タイトル: Structures of jacalin-related lectin PPL3 regulating pearl shell biomineralization 著者: Nakae, S. / Shionyu, M. / Ogawa, T. / Shirai, T. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yrk.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yrk.ent.gz | 60.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yrk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yrk_validation.pdf.gz | 439.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yrk_full_validation.pdf.gz | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5yrk_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yrk_validation.cif.gz | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15720.907 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pteria penguin (マベ) / 参照: UniProt: A0A2Z5V8U8*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | For PPL3-b, the genebank assession is LC334154.1. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 25%(w/v) PEG3350, 0.1M bis-Tris buffer pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→20 Å / Num. obs: 60077 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.018 / Net I/σ(I): 45 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / Num. unique obs: 8669 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.35→19.723 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.22
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.723 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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