PDB-5yrh: Crystal structure of PPL3B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yrh

タイトル

Crystal structure of PPL3B

要素

PPL3-a
PPL3-b

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Biomineralization / Post-translational modification / Calcite / Docking simulation

機能・相同性

Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / carbohydrate binding / Jacalin-related lectin / Jacalin-related lectin

機能・相同性情報

生物種

Pteria penguin (マベ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Nakae, S. / Shionyu, M. / Ogawa, T. / Shirai, T.

資金援助

日本, 4件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: Structures of jacalin-related lectin PPL3 regulating pearl shell biomineralization
著者: Nakae, S. / Shionyu, M. / Ogawa, T. / Shirai, T.

履歴

登録	2017年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yrh.cif.gz	84.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yrh.ent.gz	61.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yrh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yreC 5yrfC 5yrgC 5yriC 5yrjC 5yrkSC 5yrlC 5yrmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yrm-d 4lay-d 5yrj-d 5yrf-d 5yri-d 5yrl-d 5yre-d 5yrg-d 3ee8-d 3d32-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PPL3-a

B: PPL3-b

ヘテロ分子

32 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.350, 50.440, 107.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PPL3-a 分子量: 15754.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pteria penguin (マベ) / 参照: UniProt: B6F0T7
#2: タンパク質	PPL3-b 分子量: 15720.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pteria penguin (マベ) / 参照: UniProt: A0A2Z5V8U8*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	The genebank accession for PPL3-a is AB425240.2. For PPL3-b, the genebank assession is LC334154.1. ...The genebank accession for PPL3-a is AB425240.2. For PPL3-b, the genebank assession is LC334154.1. The N-terminus of subunit after signal peptide removal is Gln20-Val21 from mRNA, but is changed to pGlu20-Val21 or Gln20-Ile21 because of post-translational modifications.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: small tubes 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 25%(w/v) PEG 3350, 0.1M Tris/bis-Tris buffer. pH 5.5 microgravity environments on ISS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 76214 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.009 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 11005 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YRK

5yrk

解像度: 1.2→19.772 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2248	3718	4.94 %
R_work	0.1914	-	-
obs	0.193	75307	96.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→19.772 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2211	0	25	408	2644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2480
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.183	3395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.551	983
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	428

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2152	0.3755	139	0.3643	2572	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2152-1.2312	0.3414	143	0.3561	2536	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2312-1.248	0.3806	154	0.3418	2547	X-RAY DIFFRACTION	96
1.248-1.2659	0.3849	126	0.3305	2570	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2659-1.2848	0.3571	134	0.3291	2606	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2848-1.3048	0.338	139	0.3144	2527	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3048-1.3262	0.3282	126	0.3062	2581	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3262-1.3491	0.3033	136	0.285	2558	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3491-1.3736	0.3298	128	0.2951	2600	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3736-1.4	0.3308	119	0.2725	2586	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4-1.4286	0.3042	123	0.2601	2575	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4286-1.4596	0.2642	127	0.2479	2602	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4596-1.4936	0.3009	142	0.2334	2577	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4936-1.5309	0.2675	132	0.2257	2569	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5309-1.5723	0.2277	148	0.2089	2576	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5723-1.6185	0.2385	135	0.2064	2620	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6185-1.6708	0.2353	139	0.2021	2618	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6708-1.7304	0.2035	147	0.1911	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7304-1.7997	0.203	129	0.1888	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7997-1.8815	0.2014	152	0.1847	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8815-1.9806	0.2276	143	0.1736	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9806-2.1046	0.1862	133	0.1721	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1046-2.2669	0.2015	148	0.162	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2669-2.4946	0.1916	152	0.1636	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4946-2.8547	0.2221	121	0.1726	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8547-3.5931	0.1952	157	0.1517	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5931-19.7747	0.1946	146	0.1622	2941	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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