PDB-5yq0: Crystal structure of secreted protein CofJ from ETEC.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yq0

タイトル

Crystal structure of secreted protein CofJ from ETEC.

要素

CofJ

キーワード

CELL ADHESION / Colonization factor / Type IVb pili / CFA/III

機能・相同性

: / CofJ protein / metal ion binding / CofJ

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Oki, H. / Kawahara, K. / Maruno, T. / Imai, T. / Muroga, Y. / Fukakusa, S. / Iwashita, T. / Kobayashi, Y. / Matsuda, S. / Kodama, T. ...

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Interplay of a secreted protein with type IVb pilus for efficient enterotoxigenicEscherichia colicolonization
著者: Oki, H. / Kawahara, K. / Maruno, T. / Imai, T. / Muroga, Y. / Fukakusa, S. / Iwashita, T. / Kobayashi, Y. / Matsuda, S. / Kodama, T. / Iida, T. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Nakamura, S.

履歴

登録	2017年11月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yq0.cif.gz	560.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yq0.ent.gz	454.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yq0_validation.pdf.gz	487.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yq0_full_validation.pdf.gz	506.5 KB	表示
XML形式データ	5yq0_validation.xml.gz	133.9 KB	表示
CIF形式データ	5yq0_validation.cif.gz	189.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/5yq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/5yq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ypzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ijy-d 5no6-2 6ws0-1 6wgh-d 3lxy-d 3ndd-d 4bqn-2 5ce1-d 4ig9-3 5txw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CofJ

B: CofJ

C: CofJ

D: CofJ

E: CofJ

F: CofJ

G: CofJ

H: CofJ

ヘテロ分子

298 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CofJ

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CofJ

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: CofJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: CofJ

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: CofJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: CofJ

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
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7

G: CofJ

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: CofJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.208, 147.540, 149.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	(chain C and (resid 23 through 47 or resid 51 through 326))
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	ASP	ASP	chain A	A	A	23 - 326	23 - 326
2	1	ILE	ILE	ASP	ASP	chain B	B	B	23 - 326	23 - 326
3	1	ILE	ILE	ASN	ASN	(chain C and (resid 23 through 47 or resid 51 through 326))	C	C	23 - 47	23 - 47
3	2	TYR	TYR	ASP	ASP	(chain C and (resid 23 through 47 or resid 51 through 326))	C	C	51 - 326	51 - 326
4	1	ILE	ILE	ASP	ASP	chain D	D	D	23 - 326	23 - 326
5	1	ILE	ILE	ASP	ASP	chain E	E	E	23 - 326	23 - 326
6	1	ILE	ILE	ASP	ASP	chain F	F	F	23 - 326	23 - 326
7	1	ILE	ILE	ASP	ASP	chain G	G	G	23 - 326	23 - 326
8	1	ILE	ILE	ASP	ASP	chain H	H	H	23 - 326	23 - 326

#1: タンパク質	CofJ 分子量: 37292.191 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cofJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93I65
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3044 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris-HCl pH 7.0, 14% PEG3350, 200mM CaCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→49.23 Å / Num. obs: 307221 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.81 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 2325718 / Scaling rejects: 1340

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.76-1.79	7.4	2.016	109819	14749	0.521	0.783	2.164	1.3	97.6
9.64-49.23	6.7	0.048	14033	2091	0.996	0.02	0.052	28.6	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
Aimless	0.2.8	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.76→49.228 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	30597	9.97 %
R_work	0.1802	276349	-
obs	0.1833	306946	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.8 Å² / B_iso mean: 26.7577 Å² / B_iso min: 10.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.76→49.228 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19697	0	4	3044	22745
B_iso mean	-	-	24.13	35.07	-
残基数	-	-	-	-	2411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	20210
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	27346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	2771
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.088	7446

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	11954	X-RAY DIFFRACTION	9.163	TORSIONAL
1	2	B	11954	X-RAY DIFFRACTION	9.163	TORSIONAL
1	3	C	11954	X-RAY DIFFRACTION	9.163	TORSIONAL
1	4	D	11954	X-RAY DIFFRACTION	9.163	TORSIONAL
1	5	E	11954	X-RAY DIFFRACTION	9.163	TORSIONAL
1	6	F	11954	X-RAY DIFFRACTION	9.163	TORSIONAL
1	7	G	11954	X-RAY DIFFRACTION	9.163	TORSIONAL
1	8	H	11954	X-RAY DIFFRACTION	9.163	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7601-1.7801	0.3672	1052	0.3401	8749	9801	96
1.7801-1.801	0.3476	1021	0.3051	9056	10077	99
1.801-1.823	0.3235	1030	0.2897	9069	10099	99
1.823-1.846	0.3125	975	0.2703	9100	10075	99
1.846-1.8703	0.2825	1012	0.2548	9078	10090	99
1.8703-1.896	0.2931	986	0.2448	9161	10147	99
1.896-1.923	0.2647	998	0.2349	9114	10112	99
1.923-1.9517	0.2575	1019	0.2217	9109	10128	99
1.9517-1.9822	0.2468	973	0.2118	9206	10179	99
1.9822-2.0147	0.2575	1034	0.2132	9084	10118	99
2.0147-2.0495	0.2479	999	0.2056	9158	10157	99
2.0495-2.0868	0.2493	1008	0.2062	9159	10167	99
2.0868-2.1269	0.2394	997	0.2032	9215	10212	99
2.1269-2.1703	0.2424	1015	0.2013	9179	10194	99
2.1703-2.2175	0.2251	986	0.1903	9203	10189	100
2.2175-2.2691	0.2304	991	0.1834	9186	10177	99
2.2691-2.3258	0.235	1061	0.1892	9198	10259	100
2.3258-2.3887	0.2312	1071	0.1908	9137	10208	100
2.3887-2.459	0.2309	1060	0.1858	9182	10242	100
2.459-2.5384	0.223	1062	0.1819	9225	10287	100
2.5384-2.6291	0.2113	1012	0.1767	9268	10280	100
2.6291-2.7343	0.21	998	0.1758	9269	10267	100
2.7343-2.8588	0.213	1028	0.1792	9260	10288	100
2.8588-3.0095	0.1982	1043	0.1682	9278	10321	100
3.0095-3.198	0.2035	980	0.1652	9352	10332	100
3.198-3.4448	0.1782	1025	0.1576	9359	10384	100
3.4448-3.7914	0.1737	1010	0.1451	9372	10382	100
3.7914-4.3397	0.1601	1030	0.1384	9408	10438	100
4.3397-5.4665	0.1583	1006	0.1404	9524	10530	100
5.4665-49.2476	0.198	1115	0.1899	9691	10806	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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