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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ypy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of IlvN. Val-1c | ||||||
![]() | Acetolactate synthase isozyme 1 small subunit | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Transferase subunit / Regulatory subunit / ACT protein / amino acid binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetolactate synthase regulator activity / acetolactate synthase / acetolactate synthase complex / branched-chain amino acid biosynthetic process / acetolactate synthase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sarma, S.P. / Bansal, A. / Schindelin, H. / Demeler, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Structures of IlvN·Val/Ile Complexes: Conformational Selectivity for Feedback Inhibition of Aceto Hydroxy Acid Synthases. 著者: Bansal, A. / Karanth, N.M. / Demeler, B. / Schindelin, H. / Sarma, S.P. #1: ![]() タイトル: The coil-to-helix transition in IlvN regulates the allosteric control of Escherichia coli acetohydroxyacid synthase I. 著者: Karanth, N.M. / Sarma, S.P. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: Escherichia coli ilvN interacts with the FAD binding domain of ilvB and activates the AHAS I enzyme. 著者: Mitra, A. / Sarma, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11262.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: ilvN, b3670, JW3645 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-VAL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.11 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.966→62.72 Å / Num. obs: 36151 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.01 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2421 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.589 / Rrim(I) all: 0.893 / % possible all: 95.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2LVW 解像度: 1.966→44.25 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.46
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.966→44.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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