PDB-5ypt: Crystal structure of Marchantia paleacea chalone synthase like 1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ypt

タイトル

Crystal structure of Marchantia paleacea chalone synthase like 1 (CHSL1)

要素

Stilbenecarboxylate synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / CHALCONE SYNTHASE / PKS TYPE III / CHSL1

機能・相同性

機能・相同性情報

polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Marchantia polymorpha (ゼニゴケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.394 Å

データ登録者

Lou, H.X. / Yu, H.

引用

ジャーナル: Plant Physiol. Biochem. / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical characterization of the plant type III polyketide synthases of the liverwort Marchantia paleacea.
著者: Yu, H.N. / Liu, X.Y. / Gao, S. / Sun, B. / Zheng, H.B. / Ji, M. / Cheng, A.X. / Lou, H.X.

履歴

登録	2017年11月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ypt.cif.gz	452.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ypt.ent.gz	369.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ypt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ypt_validation.pdf.gz	495.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ypt_full_validation.pdf.gz	523 KB	表示
XML形式データ	5ypt_validation.xml.gz	82.3 KB	表示
CIF形式データ	5ypt_validation.cif.gz	114.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/5ypt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/5ypt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p0uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3eut-1 5uco-d 6gw3-2 3eut-2 6l7j-1 3a5s-d 5wx3-1 5w8q-d 1qlv-d 5wx6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Stilbenecarboxylate synthase 1

B: Stilbenecarboxylate synthase 1

C: Stilbenecarboxylate synthase 1

D: Stilbenecarboxylate synthase 1

E: Stilbenecarboxylate synthase 1

F: Stilbenecarboxylate synthase 1

280 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Stilbenecarboxylate synthase 1

B: Stilbenecarboxylate synthase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Stilbenecarboxylate synthase 1

D: Stilbenecarboxylate synthase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Stilbenecarboxylate synthase 1

F: Stilbenecarboxylate synthase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.183, 74.581, 262.155
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	chain A and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	A	A	15 - 253	51 - 289
1	2	ALA	ALA	ILE	ILE	chain A and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	A	A	255 - 266	291 - 302
1	3	ASP	ASP	HIS	HIS	chain A and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	A	A	272 - 393	308 - 429
2	1	ALA	ALA	ASP	ASP	chain B and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	B	B	15 - 253	51 - 289
2	2	ALA	ALA	ILE	ILE	chain B and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	B	B	255 - 266	291 - 302
2	3	ASP	ASP	HIS	HIS	chain B and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	B	B	272 - 393	308 - 429
3	1	ALA	ALA	ASP	ASP	chain C and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	C	C	15 - 253	51 - 289
3	2	ALA	ALA	ILE	ILE	chain C and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	C	C	255 - 266	291 - 302
3	3	ASP	ASP	HIS	HIS	chain C and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	C	C	272 - 393	308 - 429
4	1	ALA	ALA	ASP	ASP	chain D and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	D	D	15 - 253	51 - 289
4	2	ALA	ALA	ILE	ILE	chain D and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	D	D	255 - 266	291 - 302
4	3	ASP	ASP	HIS	HIS	chain D and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	D	D	272 - 393	308 - 429
5	1	ALA	ALA	ASP	ASP	chain E and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	E	E	15 - 253	51 - 289
5	2	ALA	ALA	ILE	ILE	chain E and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	E	E	255 - 266	291 - 302
5	3	ASP	ASP	HIS	HIS	chain E and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	E	E	272 - 393	308 - 429
6	1	ALA	ALA	ASP	ASP	chain F and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	F	F	15 - 253	51 - 289
6	2	ALA	ALA	ILE	ILE	chain F and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	F	F	255 - 266	291 - 302
6	3	ASP	ASP	HIS	HIS	chain F and (resid 15:253 or resid 255:266 or resid 272:393 )	F	F	272 - 393	308 - 429

#1: タンパク質	Stilbenecarboxylate synthase 1 分子量: 46595.859 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 遺伝子: STCS1 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5I6Y2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS buffer pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.394→50 Å / Num. obs: 93629 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 33.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.394→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P0U

2p0u

解像度: 2.394→48.247 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.49

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2483	4701	5.02 %	Random
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.1967	93591	98.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.394→48.247 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17682	0	0	582	18264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	18065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.263	24542
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.203	6634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2809
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3188

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	4	D	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	5	E	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	6	F	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3936-2.4208	0.3509	114	0.2599	2364	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4208-2.4492	0.3005	130	0.2474	2775	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4492-2.4791	0.2937	151	0.2347	2924	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4791-2.5105	0.2917	152	0.2344	2817	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5105-2.5435	0.3016	142	0.2374	3027	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5435-2.5784	0.3091	160	0.2467	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6152	0.3216	134	0.2442	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6152-2.6542	0.3303	167	0.2406	2997	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6542-2.6957	0.3196	163	0.2206	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6957-2.7399	0.2975	156	0.2266	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7399-2.7871	0.2716	154	0.2248	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7871-2.8378	0.3006	171	0.2172	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8378-2.8924	0.3151	156	0.2286	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8924-2.9514	0.3011	152	0.2142	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9514-3.0156	0.288	163	0.2155	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0156-3.0857	0.2761	172	0.2201	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0857-3.1629	0.2647	171	0.2133	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1629-3.2484	0.2482	156	0.2114	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2484-3.3439	0.2607	172	0.2052	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3439-3.4518	0.2549	186	0.2057	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4518-3.5752	0.2813	145	0.1983	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5752-3.7183	0.2267	176	0.1874	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7183-3.8874	0.228	139	0.1782	3005	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8874-4.0923	0.1954	158	0.1617	3013	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0923-4.3485	0.1985	161	0.1616	2990	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3485-4.684	0.2273	169	0.1557	3012	X-RAY DIFFRACTION	99
4.684-5.1549	0.2101	150	0.159	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1549-5.8997	0.1996	151	0.1837	3022	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8997-7.4286	0.2605	156	0.1931	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4286-48.2567	0.188	174	0.1556	3081	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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