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- PDB-5ymw: Crystal structure of 8-mer peptide from Rous sarcoma virus in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ymw
タイトルCrystal structure of 8-mer peptide from Rous sarcoma virus in complex with BF2*1201
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain
  • LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / chicken / Rous sarcoma virus
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / osteoclast development / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / osteoclast development / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / progesterone receptor signaling pathway / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell adhesion / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / SH3 domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / SH2 domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / SH3 domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / SH2 domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase transforming protein Src / Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Xiao, J. / Xiang, W. / Qi, J. / Chai, Y. / Liu, W.J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2018
タイトル: An Invariant Arginine in Common with MHC Class II Allows Extension at the C-Terminal End of Peptides Bound to Chicken MHC Class I.
著者: Xiao, J. / Xiang, W. / Zhang, Y. / Peng, W. / Zhao, M. / Niu, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Wang, F. / Qi, P. / Pan, C. / Han, L. / Wang, M. / Kaufman, J. / Gao, G.F. / Liu, W.J.
履歴
登録2017年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL
D: Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL
G: Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL
J: Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,09212
ポリマ－172,09212
非ポリマー00
水19,8891104
1
A: Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0233
ポリマ－43,0233
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
2
D: Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0233
ポリマ－43,0233
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
3
G: Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0233
ポリマ－43,0233
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
4
J: Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0233
ポリマ－43,0233
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.817, 117.268, 92.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Class I histocompatibility antigen, F10 alpha chain / B-F histocompatibility F10 antigen / B-F-beta-IV / B12


分子量: 31117.568 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15979
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11062.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド
LEU-PRO-ALA-CYS-VAL-LEU-GLU-VAL


分子量: 843.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
参照: UniProt: P00526*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M BICINE pH 8.5, 20% W/V PEG 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→36.916 Å / Num. obs: 112857 / % possible obs: 96.46 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 16

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化解像度: 1.997→36.916 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 5652 5.01 %
Rwork0.1941 --
obs0.1961 112824 96.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→36.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12124 0 0 1104 13228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03616984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5494532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9966-2.01930.25941450.2192619X-RAY DIFFRACTION71
2.0193-2.0430.25841750.21593052X-RAY DIFFRACTION84
2.043-2.06790.25621870.21113546X-RAY DIFFRACTION95
2.0679-2.09410.28461870.2133576X-RAY DIFFRACTION98
2.0941-2.12170.28351850.20923586X-RAY DIFFRACTION96
2.1217-2.15070.25082020.21213536X-RAY DIFFRACTION97
2.1507-2.18140.29741930.20563563X-RAY DIFFRACTION97
2.1814-2.2140.25051790.2043595X-RAY DIFFRACTION97
2.214-2.24860.23641870.19863603X-RAY DIFFRACTION97
2.2486-2.28550.26641980.20793532X-RAY DIFFRACTION96
2.2855-2.32490.24132000.20583608X-RAY DIFFRACTION98
2.3249-2.36710.24211690.20913618X-RAY DIFFRACTION97
2.3671-2.41260.25091890.20513610X-RAY DIFFRACTION97
2.4126-2.46190.25241750.20473610X-RAY DIFFRACTION98
2.4619-2.51540.25771810.20093648X-RAY DIFFRACTION98
2.5154-2.57390.24861960.20163597X-RAY DIFFRACTION98
2.5739-2.63820.2351920.20773635X-RAY DIFFRACTION98
2.6382-2.70960.26681920.21493623X-RAY DIFFRACTION98
2.7096-2.78930.23541720.21823665X-RAY DIFFRACTION99
2.7893-2.87930.25351780.21483658X-RAY DIFFRACTION99
2.8793-2.98210.24451780.21263696X-RAY DIFFRACTION99
2.9821-3.10150.28182090.20673622X-RAY DIFFRACTION98
3.1015-3.24250.23431980.20493651X-RAY DIFFRACTION99
3.2425-3.41340.22322000.20023655X-RAY DIFFRACTION99
3.4134-3.62710.23422060.19353662X-RAY DIFFRACTION99
3.6271-3.90680.23381720.18293701X-RAY DIFFRACTION99
3.9068-4.29950.20281960.17473682X-RAY DIFFRACTION99
4.2995-4.92040.1951850.15753681X-RAY DIFFRACTION99
4.9204-6.19440.20462280.16953653X-RAY DIFFRACTION98
6.1944-36.92250.20371980.17143689X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 74.8807 Å / Origin y: -11.4182 Å / Origin z: 265.1987 Å
111213212223313233
T0.1377 Å2-0 Å2-0.0015 Å2-0.1322 Å2-0.0021 Å2--0.1433 Å2
L0.024 °20.021 °20.0182 °2-0.0198 °20.0009 °2--0.0756 °2
S0.01 Å °0.0163 Å °-0.0093 Å °-0.0032 Å °0.0085 Å °-0.0058 Å °-0.0077 Å °0.0041 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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