[日本語] English
万見
- PDB-5yk9: Crystal structure of selenomethionine-labelled indole prenyltrans... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yk9
タイトルCrystal structure of selenomethionine-labelled indole prenyltransferase AmbP1
要素AmbP1
キーワードTRANSFERASE / cyanobacteria
機能・相同性Aromatic prenyltransferase, CloQ-type / Prenyltransferase-like superfamily / Aromatic prenyltransferase Orf2 / Aromatic prenyltransferase / prenyltransferase activity / metal ion binding / AmbP1
機能・相同性情報
生物種Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Awakawa, T. / Nakashima, Y. / Liu, X. / Abe, I.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
JSPSJP15H01836 日本
JSPSJP16H06443 日本
JSPSJP17H04763 日本
引用
ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Molecular Insight into the Mg2+-Dependent Allosteric Control of Indole Prenylation by Aromatic Prenyltransferase AmbP1
著者: Awakawa, T. / Mori, T. / Nakashima, Y. / Zhai, R. / Wong, C.P. / Hillwig, M.L. / Liu, X. / Abe, I.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of selenomethionine-labelled indole prenyltransferase AmbP1 at 3.00 Angstroms resolution.
著者: Awakawa, T. / Nakashima, Y. / Liu, X. / Abe, I.
履歴
登録2017年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AmbP1
B: AmbP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6852
ポリマ－70,6852
非ポリマー00
水00
1
A: AmbP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3421
ポリマ－35,3421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AmbP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3421
ポリマ－35,3421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.259, 142.350, 157.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 AmbP1 / Aromatic prenyltransferase / Orf2-1-related aromatic prenyltransferase


分子量: 35342.262 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-309 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella ambigua UTEX 1903 (バクテリア)
遺伝子: ambP1, famD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5TDZ4
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG8000, MES, magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.16 Å / Num. obs: 21912 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Num. unique obs: 2545 / Rpim(I) all: 0.213 / Rrim(I) all: 0.556 / Rsym value: 0.513 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
SHELXDE位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.001→49.16 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 1122 5.14 %
Rwork0.2387 --
obs0.2401 21844 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4474 0 0 0 4474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.176282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.8382689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007834
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0006-3.1371133254299
3.1371-3.3024109254699
3.3024-3.5093148252099
3.5093-3.7802154254299
3.7802-4.16040.21711330.2148258799
4.1604-4.7620.22731440.2143259799
4.762-5.99791412638100
5.9979160275099

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る