PDB-5yk4: Mismatch Repair Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yk4

タイトル

Mismatch Repair Protein

要素

DNA mismatch repair protein MutS

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / MutS / Mismatch sensor / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / damaged DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

Nirwal, S. / Nair, D.T.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Mechanism of formation of a toroid around DNA by the mismatch sensor protein.
著者: Nirwal, S. / Kulkarni, D.S. / Sharma, A. / Rao, D.N. / Nair, D.T.

履歴

登録	2017年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yk4.cif.gz	610.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yk4.ent.gz	502.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yk4_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yk4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5yk4_validation.xml.gz	57.6 KB	表示
CIF形式データ	5yk4_validation.cif.gz	78 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/5yk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/5yk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x9wC 1e3mS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5x9w-d 6li9-d 2ipc-1 2ipc-2 5fec-d 5brp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA mismatch repair protein MutS

B: DNA mismatch repair protein MutS

ヘテロ分子

181 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.940, 102.400, 236.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	DNA mismatch repair protein MutS 分子量: 90099.852 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-814 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌) 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: mutS, NGO1930 / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: Q5F5J4
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.43 % / 解説: FLAT RECTANGLES
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10-14% (W/V) PEG 4000, 0.1-0.2M MGCL2, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.97→50 Å / Num. obs: 43285 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.97→3.05 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1E3M

1e3m

解像度: 2.97→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 42.556 / SU ML: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	2301	5 %	RANDOM
R_work	0.246	-	-	-
obs	0.247	43285	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.97→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11810	0	54	119	11983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	12088
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.084	1.969	16400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.147	5	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.634	24.117	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.812	15	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.601	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9070
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.524	5.297	6147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.4	7.943	7675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.89	5.512	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	14.263	49.547	50319
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.97→3.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	190	-
R_work	0.34	3115	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7732	-0.3352	-1.5956	0.1157	0.2126	2.2416	0.0406	0.0274	-0.1029	-0.1157	0.0279	-0.0449	-0.0134	-0.0163	-0.0684	0.3791	-0.0194	0.039	0.5617	0.0033	0.4634	3.8275	-3.4131	-11.8828
2	0.3484	-0.2139	0.6147	1.0479	-0.0947	1.8854	-0.033	-0.0551	-0.0485	-0.2771	-0.0131	-0.0335	-0.1346	-0.2479	0.0461	0.4666	0.0043	0.0041	0.5486	-0.0038	0.4249	15.1889	11.376	-34.6943
3	0.4153	0.3153	0.2821	2.3433	0.6527	0.3237	0.0791	-0.0895	0.0308	-0.8244	-0.0724	-0.2681	-0.0882	0.0743	-0.0067	0.7611	0.0746	0.1865	0.4887	0.0513	0.3938	36.2463	-10.6219	-53.3766
4	0.6875	-0.2343	-1.034	0.2781	0.3054	2.5043	-0.0772	-0.2086	-0.0153	-0.0263	0.0282	-0.0787	-0.2907	0.3036	0.0491	0.3926	-0.0828	0.015	0.6023	-0.0096	0.4647	40.8008	7.9137	-23.3954
5	0.6167	0.848	-1.6069	1.9532	-1.4939	5.2482	0.0982	-0.0065	0.0367	0.4337	0.0546	-0.0094	-0.3204	-0.1214	-0.1528	0.4395	0.0296	-0.0174	0.6708	-0.0091	0.3027	21.3498	5.8187	17.1759
6	1.8119	0.0209	2.1317	0.2729	-0.4721	3.8307	-0.0606	0.3348	-0.1525	0.2111	0.1733	0.085	-0.7823	0.267	-0.1127	0.5677	-0.059	0.1569	0.3764	-0.0296	0.5375	42.1903	-48.9381	-11.7609
7	0.8769	-0.1291	0.4517	2.665	-0.7157	1.684	-0.0683	-0.0338	0.0226	-0.0771	0.2607	0.1851	0.0969	0.4559	-0.1925	0.2204	0.0221	0.0847	0.4483	0.047	0.5866	34.2192	-61.805	-37.0254
8	0.4059	-0.3516	0.2036	3.0535	-0.5641	0.2457	0.0864	-0.0852	-0.3303	-0.9796	0.1317	0.8093	-0.0346	-0.0564	-0.2182	0.8128	0.0503	-0.2938	0.2063	0.016	0.6039	15.4912	-37.7884	-56.3798
9	0.654	1.0569	0.0042	1.8447	-0.0975	2.6623	0.0074	-0.1243	0.333	0.1194	-0.1037	0.8971	0.2476	-0.1847	0.0963	0.1067	0.1051	0.2742	0.3168	0.1735	1.175	7.4669	-59.0286	-29.1241
10	1.2485	0.3879	2.7409	1.4177	0.7802	6.0384	0.0958	-0.1528	0.0113	0.3521	-0.0337	0.1467	0.1406	-0.4291	-0.0622	0.4225	0.0482	0.4323	0.7399	0.2491	0.53	22.034	-58.7335	13.9298

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	123 - 261
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	263 - 310
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	560 - 785
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	901
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	313 - 393
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	532 - 558
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	395 - 531
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	4 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	123 - 261
11	X-RAY DIFFRACTION	8	B	263 - 310
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	560 - 785
13	X-RAY DIFFRACTION	8	B	901
14	X-RAY DIFFRACTION	9	B	313 - 393
15	X-RAY DIFFRACTION	9	B	532 - 558
16	X-RAY DIFFRACTION	10	B	395 - 531

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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