+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yjz | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The native crystal structure of Rv3197 from Mycobacterium tuberculosis | ||||||||||||
![]() | Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Mycobacterial tuberculosis / macrolide antibiotic binding protein / non-canonical ABC protein | ||||||||||||
機能・相同性 | ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / ABC1 atypical kinase-like domain / ubiquinone biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / Protein kinase-like domain superfamily / ATP binding / Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Zhang, Q.Q. / Rao, Z.H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of the first macrolide antibiotic binding protein in Mycobacterium tuberculosis: a new antibiotic resistance drug target. 著者: Zhang, Q. / Liu, H. / Liu, X. / Jiang, D. / Zhang, B. / Tian, H. / Yang, C. / Guddat, L.W. / Yang, H. / Mi, K. / Rao, Z. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 146.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 455.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49599.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3197 / プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0M lithium sulfate, 0.1 M Tris (pH 8.5), 2% (w/v) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00849 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 37838 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 45.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique obs: 1817 / % possible all: 97.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.16→35.39 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 74.9316 Å / Origin y: -23.7694 Å / Origin z: 9.2916 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |