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- PDB-5yjz: The native crystal structure of Rv3197 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yjz
タイトルThe native crystal structure of Rv3197 from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Mycobacterial tuberculosis / macrolide antibiotic binding protein / non-canonical ABC protein
機能・相同性ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / : / ABC1 atypical kinase-like domain / peptidoglycan-based cell wall / Protein kinase-like domain superfamily / ATP binding / Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Zhang, Q.Q. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
State Key Development Program for Basic Research of the Ministry of Science and Technology of China2014CB542800 中国
National Natural Science Foundation of China81330036 中国
National Natural Science Foundation of China81520108019 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2018
タイトル: Discovery of the first macrolide antibiotic binding protein in Mycobacterium tuberculosis: a new antibiotic resistance drug target.
著者: Zhang, Q. / Liu, H. / Liu, X. / Jiang, D. / Zhang, B. / Tian, H. / Yang, C. / Guddat, L.W. / Yang, H. / Mi, K. / Rao, Z.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2648
ポリマ－49,5991
非ポリマー6657
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,58348
ポリマ－297,5966
非ポリマー3,98742
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/21
Buried area36470 Å2
ΔGint-388 kcal/mol
Surface area99640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.290, 187.290, 67.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter / macrolide antibiotic binding protein


分子量: 49599.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3197 / プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus (DE3) RIL / 参照: UniProt: O53343
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0M lithium sulfate, 0.1 M Tris (pH 8.5), 2% (w/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.00849 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00849 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 37838 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique obs: 1817 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.16→35.39 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 1892 5 %
Rwork0.1765 --
obs0.1781 37811 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→35.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3114 0 37 338 3489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0354348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7291224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1601-2.21410.19591330.16522467X-RAY DIFFRACTION98
2.2141-2.2740.24331240.17472532X-RAY DIFFRACTION100
2.274-2.34090.20481190.17122554X-RAY DIFFRACTION100
2.3409-2.41640.21671170.18022543X-RAY DIFFRACTION100
2.4164-2.50280.22651480.17662515X-RAY DIFFRACTION100
2.5028-2.60290.2171450.18292530X-RAY DIFFRACTION100
2.6029-2.72140.23311210.18632556X-RAY DIFFRACTION100
2.7214-2.86480.25451460.19362516X-RAY DIFFRACTION100
2.8648-3.04420.2391330.20492571X-RAY DIFFRACTION100
3.0442-3.27910.1991200.1892582X-RAY DIFFRACTION100
3.2791-3.60880.19221470.1742567X-RAY DIFFRACTION100
3.6088-4.13030.18071550.15122578X-RAY DIFFRACTION100
4.1303-5.20110.19131490.15632639X-RAY DIFFRACTION100
5.2011-35.39920.21051350.19132769X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 74.9316 Å / Origin y: -23.7694 Å / Origin z: 9.2916 Å
111213212223313233
T0.2368 Å2-0.0174 Å20.044 Å2-0.0992 Å20.027 Å2--0.1668 Å2
L0.0728 °2-0.0625 °20.2053 °2-0.7106 °2-0.1233 °2--0.4202 °2
S-0.003 Å °-0.0319 Å °-0.0342 Å °0.0489 Å °0.0226 Å °-0.0114 Å °-0.2014 Å °0.02 Å °0.0116 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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