PDB-5yjd: Structural insights into the CRISPR-Cas-associated ribonuclease a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yjd

タイトル

Structural insights into the CRISPR-Cas-associated ribonuclease activity of Staphylococcus epidermidis Csm3

要素

Csm3

キーワード

HYDROLASE / CRISPR-Associated Proteins / ferredoxin-like fold / Staphylococcus epidermidis

機能・相同性

CRISPR-associated RAMP Csm3 / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Zhao, Y.Q. / Gu, Y.J. / Zhu, X.F. / Cheng, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the CRISPR-Cas-associated ribonuclease activity of Staphylococcus epidermidis Csm3 and Csm6
著者: Zhao, Y.Q. / Gu, Y.J. / Zhu, X.F. / Cheng, W.

履歴

登録	2017年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yjd.cif.gz	165.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yjd.ent.gz	131.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yjd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yjd_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yjd_full_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示
XML形式データ	5yjd_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	5yjd_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/5yjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/5yjd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yjcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nbt-2 2n83-d 1zth-2 5xgr-2 6fms-2 5cv1-d 5ien-d 1zp9-2 6cqk-2 1fap-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Csm3

B: Csm3

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Csm3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Csm3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.623, 105.760, 155.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-411- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 216 / Label seq-ID: 3 - 216

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Csm3 / Csm3 分子量: 25247.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌) 株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: SERP2459 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HK91
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.16M Calcium acetate, 14% (w/v) PEG8000, 20% (w/v) glycerol, 0.08M Sodium cacodylate pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→52.88 Å / Num. obs: 21671 / % possible obs: 98.54 % / 冗長度: 12.2 % / Net I/σ(I): 18.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.26→52.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 17.767 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.209 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24097	1143	5 %	RANDOM
R_work	0.19697	-	-	-
obs	0.19917	21671	98.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.26→52.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2925	0	1	68	2994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.953	4052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.94	3	6539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.388	5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.242	24.403	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.929	15	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.946	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.88	2.696	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.875	2.692	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.547	4.015	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.546	4.021	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.225	3.132	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.225	3.135	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.604	4.534	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.849	30.966	3137
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.855	30.909	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11216 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	70	-
R_work	0.373	1375	-
obs	-	-	86.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5262	-0.3339	0.4333	2.5031	-1.4915	8.6421	0.0442	0.288	-0.0038	-0.3113	-0.0916	0.0544	0.3869	0.144	0.0474	0.1824	0.0436	0.0308	0.1631	0.0218	0.4056	-8.7347	-14.9221	-20.5473
2	5.0986	-1.5244	1.5582	2.5164	-1.8998	4.0775	0.2766	0.2971	-0.0484	-0.3073	-0.3325	-0.4716	0.3005	0.6826	0.0559	0.1932	0.0186	0.0699	0.2791	0.0361	0.476	3.067	-18.098	-15.445
3	2.0736	-0.455	1.2512	1.8701	-1.4875	5.3341	0.0041	0.2612	0.0988	-0.3564	0.0445	0.0374	-0.0153	-0.1308	-0.0486	0.2195	0.0124	0.0114	0.1618	0.0241	0.3764	-11.687	-12.7583	-24.1331
4	3.1709	-0.4792	2.0649	3.2237	-2.0021	8.2504	-0.0784	0.305	0.4748	0.0369	-0.1317	-0.4213	-0.6392	0.8754	0.2101	0.2028	-0.0744	0.0152	0.2023	0.0412	0.5296	-0.4964	-7.7191	-15.1647
5	6.6395	-2.1496	1.4485	6.0445	-2.2745	8.149	-0.2958	-0.6188	0.5556	0.6062	0.2295	-0.2783	-0.9584	-0.0192	0.0663	0.3154	0.059	0.0099	0.2558	-0.0937	0.3427	-8.0078	-10.2186	0.8531
6	2.0357	-0.3414	-1.1283	3.081	0.2023	7.2402	-0.1642	0.1738	0.0413	0.6913	0.2622	-0.2463	-0.596	-0.0004	-0.098	0.7119	0.099	0.0479	0.1832	0.0785	0.4515	-20.9828	16.0077	-23.7337
7	1.4314	-2.0975	-0.9647	4.6443	1.3489	2.8392	-0.4497	-0.0783	-0.0577	1.0444	0.1908	0.3459	-0.0791	-0.2385	0.2589	0.8349	0.0752	0.1082	0.2217	0.0711	0.3376	-26.6636	15.1603	-18.884
8	3.7877	-1.3875	-3.0784	3.5366	2.3865	3.027	0.1597	0.462	0.0094	0.0472	-0.2599	0.2052	-0.0838	-0.4236	0.1002	0.4023	-0.0349	0.0517	0.2764	0.0738	0.3529	-21.122	10.9699	-39.246
9	4.1738	0.1184	-0.4547	4.0695	1.7062	5.9685	-0.416	0.0364	-0.3837	1.2584	0.0859	0.5432	0.219	-0.5115	0.3301	0.9536	0.1081	0.2656	0.1678	0.108	0.3993	-29.6314	10.2921	-15.6543
10	9.6725	3.2592	4.8503	8.3296	4.4254	6.1269	-0.347	-0.7638	-0.7678	2.5438	0.0822	-0.1838	1.2858	-0.0127	0.2648	1.7037	0.2534	0.1506	0.5015	0.2259	0.4748	-24.8097	9.4567	-1.022

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	93 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	158 - 197
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	198 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	43 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	115 - 147
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	148 - 200
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	201 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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