[日本語] English
万見
- PDB-5yht: Crystal structure of a phosphatase from Mycobacterium tuberculosi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yht
タイトルCrystal structure of a phosphatase from Mycobacterium tuberculosis in complex with its substrate
要素Histidinol-phosphatase
キーワードHYDROLASE / Mycobacterium tuberculosis / phosphatase / histidinol / enzyme activity
機能・相同性
機能・相同性情報


Mycothiol biosynthesis / phosphoric ester hydrolase activity / mycothiol biosynthetic process / histidinol-phosphatase / histidinol-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / L-histidine biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histidinol-phosphate phosphatase, putative, inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HSA / L-histidinol / PHOSPHATE ION / Histidinol-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Biswal, B.K. / Jha, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology インド
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Identification and structural characterization of a histidinol phosphate phosphatase fromMycobacterium tuberculosis
著者: Jha, B. / Kumar, D. / Sharma, A. / Dwivedy, A. / Singh, R. / Biswal, B.K.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidinol-phosphatase
B: Histidinol-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,21411
ポリマ－57,3042
非ポリマー9109
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The functional unit of the enzyme is a dimer. There are 4 such dimers in an asymmetric unit. Therefore, no symmetry operation is required to generate a functional unit.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.664, 142.446, 48.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 5 - 258 / Label seq-ID: 12 - 265

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.084333, 0.755885, 0.649251), (0.757441, -0.374729, 0.53466), (0.647434, 0.536858, -0.540936)33.64782, 66.459709, -125.131538
3given(1), (1), (1)
4given(-0.999994, 0.000673, 0.003325), (0.000674, 1, 0.000243), (-0.003325, 0.000245, -0.999994)33.56509, 46.295471, -100.946716
5given(1), (1), (1)
6given(0.084727, 0.75507, -0.650146), (-0.756568, -0.375854, -0.535106), (-0.648403, 0.537218, 0.539417)0.2091, 20.38658, -24.046659
7given(1), (1), (1)
8given(0.084788, -0.755804, 0.649285), (-0.756078, 0.375612, 0.535968), (-0.648967, -0.536353, -0.539599)20.42193, 35.942169, -39.491451
9given(1), (1), (1)
10given(-1, -0.000472, 0.000765), (0.000472, -1, 5.0E-6), (0.000765, 6.0E-6, 1)33.476582, 47.376331, -71.186447
11given(1), (1), (1)
12given(-0.083435, -0.75647, -0.648684), (0.756795, 0.375392, -0.535109), (0.648305, -0.535568, 0.541172)15.08734, 50.132038, -108.475113
13given(1), (1), (1)
14given(1, -5.0E-6, 0.000623), (-4.0E-6, -1, -0.00074), (0.000623, 0.00074, -1)-0.09949, 1.12237, -29.775221
15given(1), (1), (1)
16given(0.082742, 0.757589, -0.647467), (-0.75779, -0.37412, -0.534592), (-0.647231, 0.534877, 0.543138)0.3939, 20.471069, -23.920549
17given(1), (1), (1)
18given(-1, 0.000651, -0.000258), (0.000651, 0.999997, -0.00243), (0.000256, -0.00243, -0.999997)33.42329, 46.183369, -101.014328
19given(1), (1), (1)
20given(-1, 0.000108, 0.000986), (-0.000107, -1, 0.000671), (0.000986, 0.000671, 0.999999)33.47596, 47.382252, -71.216988
21given(1), (1), (1)
22given(0.08517, -0.757331, 0.647453), (-0.755623, 0.374464, 0.537412), (-0.649446, -0.535002, -0.540364)20.484209, 35.981411, -39.493919
23given(1), (1), (1)
24given(0.999999, 0.001106, 0.000155), (0.001105, -0.999999, 0.000587), (0.000156, -0.000587, -1)-0.03483, 1.03682, -29.78964
25given(1), (1), (1)
26given(-0.084034, -0.756878, -0.648131), (0.756084, 0.375235, -0.536224), (0.649058, -0.535102, 0.540731)15.10329, 50.18145, -108.422981
27given(1), (1), (1)
28given(-0.083094, -0.757008, 0.648101), (-0.756738, -0.375229, -0.535305), (0.648416, -0.534923, -0.541677)33.089531, -25.906139, -77.015312
29given(1), (1), (1)
30given(-0.083055, 0.7579, -0.647062), (-0.756269, 0.374904, 0.536195), (0.648968, 0.533887, 0.542038)12.92933, -10.34344, -61.50209
31given(1), (1), (1)
32given(0.999992, -0.000257, -0.004065), (-0.000255, -1, 0.000349), (-0.004065, -0.000348, -0.999992)-0.00967, 1.08843, -29.75897
33given(1), (1), (1)
34given(0.081895, 0.758554, 0.646444), (0.756827, 0.374694, -0.535554), (-0.648465, 0.533105, -0.543408)18.50687, 3.82241, 7.46682
35given(1), (1), (1)
36given(-0.999996, -0.000617, 0.002846), (0.000614, -0.999999, -0.001007), (0.002847, -0.001006, 0.999995)33.394211, -45.176289, -71.299057
37given(1), (1), (1)
38given(1, -0.000319, -0.000106), (-0.000319, -1, -0.000635), (-0.000106, 0.000635, -1)-0.0655, 1.09403, -29.801069
39given(1), (1), (1)
40given(-0.085524, 0.75649, -0.64839), (-0.754865, 0.375544, 0.537722), (0.65028, 0.535435, 0.53893)12.96478, -10.35014, -61.500149
41given(1), (1), (1)
42given(-0.999999, -0.000955, -0.000966), (0.000953, -0.999997, 0.00223), (-0.000968, 0.002229, 0.999997)33.490959, -45.31036, -71.126694
43given(1), (1), (1)
44given(0.084328, 0.756135, 0.64896), (0.755294, 0.3763, -0.536591), (-0.649939, 0.535405, -0.539371)18.26738, 3.94166, 7.41495
45given(1), (1), (1)
46given(-0.085618, 0.756013, -0.648933), (0.755564, -0.375297, -0.536912), (-0.649456, -0.53628, -0.539084)13.03219, 11.42807, 31.709881
47given(1), (1), (1)
48given(-0.999999, -0.000569, -0.00126), (-0.000568, 0.999999, -0.001138), (0.001261, -0.001137, -0.999999)33.576302, 46.364719, 41.368351
49given(1), (1), (1)
50given(0.084432, 0.755629, 0.649535), (-0.756124, -0.375962, 0.535658), (0.648959, -0.536356, 0.539606)18.282181, -2.78322, -37.228481
51given(1), (1), (1)
52given(0.08426, 0.756121, 0.648985), (-0.75675, -0.375156, 0.535339), (0.648251, -0.536227, 0.540584)18.355709, -2.74946, -37.300991
53given(1), (1), (1)
54given(-0.999999, -0.000409, -0.001338), (-0.00041, 1, 0.000689), (0.001338, 0.00069, -0.999999)33.586121, 46.270229, 41.387199
55given(1), (1), (1)
56given(-0.083251, -0.756229, -0.648989), (-0.756853, -0.375669, 0.534833), (-0.648262, 0.535715, -0.541079)15.21094, -49.053619, 78.667969

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histidinol-phosphatase / HolPase / Histidinol-phosphate phosphatase


分子量: 28652.160 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-260 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: hisN, impC, Rv3137 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: P95189, histidinol-phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 32分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HSA / PHOSPHORIC ACID MONO-[2-AMINO-3-(3H-IMIDAZOL-4-YL)-PROPYL]ESTER / L-ヒスチジノ-ルりん酸


分子量: 221.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12N3O4P
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-HSO / L-histidinol


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 142.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12N3O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→142.37 Å / Num. obs: 14904 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 12.74
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1464 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZON

5zon


解像度: 2.87→77.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 18.739 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27876 1098 7.4 %RANDOM
Rwork0.22929 ---
obs0.23303 13776 96.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.414 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.86 Å20 Å2-0 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.87→77.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3425 0 43 23 3491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.9494818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2145496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.77522.143112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.82215429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.941531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7656.5172007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.4879.7582495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9656.3191532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.43914738
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 1596 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 9.51 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.869→2.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.473 41 -
Rwork0.318 626 -
obs--60.42 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る