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- PDB-5ygp: Human TNFRSF25 death domain mutant-D412E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ygp
タイトルHuman TNFRSF25 death domain mutant-D412E
要素TNFRSF25 death domain
キーワードAPOPTOSIS / TNFRSF25 / TL1A / death domain / NFkappaB
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Death domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Yin, X. / Jin, T.C.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure and activation mechanism of DR3 death domain.
著者: Yin, X. / Li, W. / Ma, H. / Zeng, W. / Peng, C. / Li, Y. / Liu, M. / Chen, Q. / Zhou, R. / Jin, T.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human TNFRSF25 death domain mutant-D412E at 2.0 Angstroms resolution
著者: Yin, X.Y. / Jin, T.C.
履歴
登録2017年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNFRSF25 death domain
B: TNFRSF25 death domain
C: TNFRSF25 death domain
D: TNFRSF25 death domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,76615
ポリマ－204,7244
非ポリマー2,04211
水1,18966
1
A: TNFRSF25 death domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7154
ポリマ－51,1811
非ポリマー5343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TNFRSF25 death domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8125
ポリマ－51,1811
非ポリマー6304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TNFRSF25 death domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6193
ポリマ－51,1811
非ポリマー4382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TNFRSF25 death domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6193
ポリマ－51,1811
非ポリマー4382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.620, 155.020, 74.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
TNFRSF25 death domain


分子量: 51181.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
解説: the entry contains Friedel pairs in I_Plus/Minus columns
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 M ammonium sulfate, sodium citrate 5.6, 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.43
反射解像度: 2.09→46.99 Å / Num. obs: 126843 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 10.57
反射 シェル解像度: 2.092→2.167 Å / Rmerge(I) obs: 0.5573 / % possible all: 91.22

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.12-2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H7Q

5h7q


解像度: 2.09→46.99 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: the entry contains Friedel pairs in I_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 3853 1.6 %random selection
Rwork0.2178 ---
obs-126833 94.3863 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→46.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14064 0 127 66 14257
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7207-0.1442-0.03770.76580.09320.4954-0.2491-0.14990.4198-0.0240.3223-0.0113-0.19730.062-0.12160.23850.0462-0.07190.5097-0.01560.446234.60829.7973112.9911
20.505-0.1268-0.44260.413-0.18861.36780.00190.03670.0432-0.08960.09420.11260.1375-0.0519-0.10340.2045-0.0212-0.07040.3433-0.05390.353944.401616.849499.1447
30.3832-0.25070.33330.69840.69691.80220.03270.02280.098-0.08030.0127-0.0667-0.04910.1750.00640.17340.015-0.02180.4433-0.05580.396964.212415.6441118.1005
40.3832-0.20170.25770.3495-0.21210.4375-0.0068-0.21490.22210.00950.10410.14840.01450.0594-0.05820.20390.031-0.05020.3784-0.08070.359348.866717.8752131.8829
50.75060.25210.01370.62360.0010.4728-0.0843-0.2236-0.304-0.02370.0917-0.20990.07950.12890.06040.2140.05610.02480.4420.03260.462959.3096-22.8803130.6847
60.37980.03330.35370.91340.17150.3578-0.07780.1273-0.10870.02030.1460.16450.0115-0.09310.03130.18480.0675-0.00950.3758-0.00240.358838.3531-24.6678129.3001
70.4832-0.00920.22951.03810.12270.4197-0.0432-0.1588-0.04610.11630.04610.1550.0940.04780.04380.2290.07470.0090.46490.06560.337731.8079-15.7427140.6566
80.67670.16350.51660.50860.1480.554-0.03410.0287-0.26090.05190.0623-0.02040.11070.03040.09080.19080.06560.01420.34470.01990.432743.0103-29.7411131.164
90.97890.29240.3610.8491-0.02730.1599-0.051-0.25-0.1330.12540.17790.1180.1017-0.01540.17360.18910.06770.03270.4240.06210.37737.2686-17.0825137.7024
102.20590.75080.06860.97920.39940.2007-0.013-0.3593-0.09480.1158-0.02930.0624-0.08370.22880.05060.27710.04510.01080.4852-0.08460.297247.17660.8595144.0634
110.43250.2642-0.09060.7322-0.21460.07780.0017-0.1577-0.0992-0.0131-0.1278-0.062-0.07640.0017-0.00220.15420.0347-0.02080.4638-0.01850.284563.3672-0.2916131.3364
122.0094-0.0840.48381.17490.01241.68610.13220.1149-0.11840.0651-0.0456-0.08280.40330.22780.00050.23160.052-0.02920.3915-0.07440.39220.9876-30.1388111.5418
130.6677-0.28180.16830.3406-0.15980.74720.01020.07620.0203-0.0735-0.0195-0.0326-0.01380.022-0.02250.21280.04780.03290.3360.00750.363110.7113-16.392103.8183
140.777-0.2109-0.34390.53930.07521.40680.03130.0568-0.0158-0.0321-0.05-0.01660.098-0.20130.02410.27460.0164-0.01040.40210.01410.3081-3.8249-12.514695.995
150.4892-0.23870.48550.6194-0.43771.03520.01960.1767-0.0499-0.1996-0.0743-0.22370.06840.2211-0.06620.22590.04320.07920.4164-0.00090.358914.4829-20.554997.5974
160.1533-0.0685-0.26570.30540.28570.7211-0.06270.16770.0681-0.1820.01150.07290.15660.0529-0.05670.29150.00850.03110.44220.04250.33970.639-14.4768100.2057
170.3688-0.2373-0.4250.5252-0.38751.9687-0.02450.3017-0.19140.0604-0.06640.09790.169-0.0443-0.10640.13260.01660.00680.5595-0.00450.4249-11.5575-15.2367118.1458
180.66780.09790.03360.7289-0.14810.7113-0.071-0.1206-0.20560.0780.0719-0.0675-0.0344-0.03820.00280.15930.04250.01860.49390.03830.33823.9373-17.3094132.0861
191.53210.40380.01120.86820.50260.45760.04110.02550.61650.0542-0.00020.2533-0.0222-0.0958-0.08340.22070.095-0.02530.4652-0.06290.5336-9.298928.7646128.6191
200.88370.31910.18070.7219-0.17150.4601-0.18750.07370.1518-0.10630.0496-0.04440.1080.05560.09960.15810.0391-0.02550.47650.00950.35130.051915.2575125.2762
210.4569-0.2097-0.20540.6937-0.25210.3311-0.0355-0.25130.48630.12530.1652-0.3022-0.373-0.0414-0.10860.25610.0907-0.07510.5947-0.15270.629421.48330.6292140.8051
220.66610.018-0.15410.572-0.2330.151-0.1592-0.43930.19950.2320.1688-0.1365-0.0453-0.1269-0.03440.26410.1378-0.11140.6386-0.19990.478520.16417.6322142.2706
230.8705-0.0071-0.35220.55050.05430.2994-0.07580.08670.6997-0.0120.15190.0078-0.08870.0262-0.01660.2040.078-0.03940.4567-0.01980.63578.257329.7984127.7199
240.62570.0998-0.03931.20010.10210.1012-0.0295-0.38070.4056-0.0005-0.01420.01220.08440.05610.06790.16630.0716-0.03560.4815-0.06280.387815.220917.358137.7219
251.41390.83320.04050.95720.04720.3252-0.1167-0.5757-0.01420.0197-0.0472-0.13950.0054-0.0082-0.01260.15290.0516-0.02410.73110.0570.3215.1826-0.5094144.0627
260.48220.0790.0760.69960.25490.0881-0.0098-0.0534-0.05940.0854-0.00810.14770.0339-0.03430.0340.15610.04050.00430.4903-0.00280.3389-11.02740.5261130.8689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 51 )A4 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 357 )A52 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 358 through 398 )A358 - 398
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 399 through 456 )A399 - 456
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 73 )B4 - 73
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 74 through 143 )B74 - 143
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 144 through 201 )B144 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 202 through 315 )B202 - 315
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 316 through 357 )B316 - 357
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 358 through 398 )B358 - 398
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 399 through 456 )B399 - 456
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 6 through 43 )C6 - 43
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 44 through 142 )C44 - 142
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 143 through 201 )C143 - 201
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 202 through 315 )C202 - 315
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 316 through 357 )C316 - 357
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 358 through 398 )C358 - 398
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 399 through 457 )C399 - 457
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 4 through 43 )D4 - 43
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 44 through 106 )D44 - 106
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 107 through 162 )D107 - 162
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 163 through 219 )D163 - 219
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 220 through 315 )D220 - 315
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 316 through 357 )D316 - 357
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 358 through 398 )D358 - 398
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 399 through 457 )D399 - 457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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