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- PDB-5yfc: Crystal structure of a new DPP III family member -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yfc
タイトルCrystal structure of a new DPP III family member
要素Dipeptidyl peptidase 3
キーワードHYDROLASE / dipeptidyl peptidase III / aflatoxin-oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase III / metalloexopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl-peptidase 3 / Peptidase family M49 / Peptidase family M49
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptidyl peptidase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Armillaria tabescens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Xu, T. / Liu, J.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of Aflatoxin-oxidase from Armillariella tabescens reveal a dual activity enzyme.
著者: Xu, T. / Xie, C. / Yao, D. / Zhou, C.Z. / Liu, J.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 3
B: Dipeptidyl peptidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,24223
ポリマ－156,3622
非ポリマー1,88021
水26,3381462
1
A: Dipeptidyl peptidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,13912
ポリマ－78,1811
非ポリマー95811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27050 Å2
手法PISA
2
B: Dipeptidyl peptidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,10311
ポリマ－78,1811
非ポリマー92210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.390, 207.730, 59.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 3 / Dipeptidyl aminopeptidase III / Dipeptidyl peptidase III


分子量: 78181.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Armillaria tabescens (菌類) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0S4Q0, dipeptidyl-peptidase III

-
非ポリマー , 5種, 1483分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2.5 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→59.01 Å / Num. obs: 134694 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 22.6 / Num. measured all: 968571 / Scaling rejects: 5046
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.76-1.797.10.0844624764910.9940.0340.09114.895.8
9.66-59.015.20.05831136040.9910.0290.06520.168.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.9データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.76→59.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 1.954 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.113
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1978 6535 4.9 %RANDOM
Rwork0.1521 ---
obs0.1543 128119 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.3 Å2 / Biso mean: 10.813 Å2 / Biso min: 2.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å2-0.04 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→59.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10814 0 101 1462 12377
Biso mean--35.05 18.15 -
残基数----1380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01911543
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9911.9715779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.098325128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8651519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.45425.115524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.942152018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7921549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022263
LS精密化 シェル解像度: 1.764→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 483 -
Rwork0.148 9306 -
all-9789 -
obs--96.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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