PDB-5yez: Regulatory domain of HypT M206Q mutant from Salmonella typhimurium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yez

タイトル

Regulatory domain of HypT M206Q mutant from Salmonella typhimurium

要素

Cell density-dependent motility repressor

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / HOCl / HOCl-specific transcription factor / LysR-type transcription regulator / Hypochlorous acid / hypochlorite / regulatory domain

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Jo, I. / Hong, S. / Ahn, J. / Ha, N.C.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for HOCl recognition and regulation mechanisms of HypT, a hypochlorite-specific transcriptional regulator.
著者: Jo, I. / Kim, D. / No, T. / Hong, S. / Ahn, J. / Ryu, S. / Ha, N.C.

履歴

登録	2017年9月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yez.cif.gz	310 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yez.ent.gz	253.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yez_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yez_full_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示
XML形式データ	5yez_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	5yez_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ydoSC 5ydvC 5ydwC 5yerC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ydo-1 2xkp-1 2xkp-2 3voe-d 5iqi-4 3vod-d 5vvh-1 5byl-3 1aup-d 1vjt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell density-dependent motility repressor

B: Cell density-dependent motility repressor

C: Cell density-dependent motility repressor

D: Cell density-dependent motility repressor

95.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell density-dependent motility repressor

B: Cell density-dependent motility repressor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cell density-dependent motility repressor

D: Cell density-dependent motility repressor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.204, 67.326, 192.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cell density-dependent motility repressor / Quorum-sensing regulator protein D 分子量: 23884.186 Da / 分子数: 4 / 変異: M206Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: qseD_2, DD95_15310, STMU2UK_04484 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0J5DK07, UniProt: Q7CP75*PLUS

#1: タンパク質

Cell density-dependent motility repressor / Quorum-sensing regulator protein D

分子量: 23884.186 Da / 分子数: 4 / 変異: M206Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: qseD_2, DD95_15310, STMU2UK_04484 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0J5DK07, UniProt: Q7CP75*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.08 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.6) 2 % (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 18% (v/v) PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 20398 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 18.72
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.7 % / Num. unique obs: 933 / R_pim(I) all: 0.239 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YDO

5ydo

解像度: 2.6→49.479 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2907	904	4.84 %
R_work	0.2337	-	-
obs	0.2366	18684	87.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5988	0	0	0	5988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6113
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.551	8273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.804	3674
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	922
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1065

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6002-2.7631	0.3421	89	0.2958	1722	X-RAY DIFFRACTION	52
2.7631-2.9764	0.3425	132	0.2799	2808	X-RAY DIFFRACTION	85
2.9764-3.2759	0.3003	142	0.2637	3126	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2759-3.7497	0.3137	183	0.2408	3253	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7497-4.7237	0.2547	178	0.2018	3335	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7237-49.4881	0.2787	180	0.217	3536	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9014	0.6873	0.0524	3.2225	-0.4313	2.2963	-0.1386	-0.0215	0.2333	0.1977	0.2148	-0.1917	0.0359	0.0987	-0.1029	0.4477	-0.0293	-0.0912	0.0434	0.0231	0.1777	5.722	-11.4368	-21.56
2	1.3358	-0.2232	-0.2824	1.2036	-0.3861	0.3316	0.078	0.2026	-0.4345	0.2978	-0.0216	0.1275	0.2908	-0.0677	0.0263	0.3618	-0.0259	-0.0189	0.0587	-0.1399	0.1518	-3.9871	-21.1061	-26.699
3	4.9949	-1.1969	-2.4146	2.1989	1.0326	4.4909	0.0943	0.4525	0.0522	-0.1137	-0.258	0.3255	0.318	-0.1769	0.1717	0.1103	0.0769	0.0255	0.167	0.0192	0.1816	-15.1435	-5.6822	-38.7514
4	1.4692	0.0699	0.7935	0.1305	0.2849	0.9204	-0.0481	0.0102	0.1266	0.2151	0.1024	0.306	0.0671	-0.0114	-0.0589	0.3187	0.0503	-0.0052	-0.0283	0.0793	0.1302	-0.4137	-20.2916	-17.3166
5	3.1801	0.4877	-1.1379	2.9359	1.1543	4.7312	0.3357	0.4205	0.0205	0.0406	-0.1271	0.0621	-0.0345	0.3677	-0.0992	0.3206	-0.0151	0.0028	0.3723	-0.0177	0.0204	5.8815	-3.2832	-48.6326
6	2.6244	-0.2542	-0.5253	3.1916	0.4212	2.9134	-0.0273	0.0623	0.2389	-0.2061	0.0126	0.0818	0.0763	0.1774	-0.1084	0.1608	0.0685	0.027	0.0077	-0.0462	0.1016	13.0037	3.999	-25.2554
7	7.6186	2.1271	5.5944	2.0798	1.1929	4.3105	-0.2738	0.1628	0.445	-0.5976	0.2173	0.2028	-0.3292	-0.5565	0.079	0.3827	0.0475	0.0544	0.3624	0.0725	0.21	6.8063	2.8847	-54.0567
8	3.6213	1.5034	-1.6939	6.4995	1.4346	1.999	0.0415	0.3648	0.2889	-0.3962	0.456	-0.0795	-0.1384	0.1754	-0.4117	0.3744	-0.0838	0.0263	0.5192	-0.0696	0.2986	14.0285	-35.3208	-3.3232
9	2.0289	-0.276	-0.0725	4.0529	-0.5972	1.0556	0.2359	-0.0003	0.6272	-0.6117	-0.2447	-0.2871	0.0109	-0.119	-0.0235	0.2826	0.0361	0.0117	0.0105	-0.1844	0.3056	19.2991	-39.1476	-27.0329
10	2.0462	-0.7024	-1.4265	1.9151	-1.5196	5.5554	0.1231	-0.303	0.048	0.4422	0.0937	0.1184	-0.2611	0.0038	-0.5218	0.124	-0.0939	-0.0372	0.1975	-0.081	0.3893	8.7245	-34.039	-9.5124
11	5.7728	-0.4624	-0.5993	0.985	-0.3759	1.5202	-0.2046	-1.0535	0.8428	0.1107	-0.1567	0.0982	-0.4055	-0.0928	0.2815	0.3208	0.0321	-0.2855	0.6592	-0.0667	1.0218	33.9482	-43.1926	-19.5184
12	0.1978	0.252	-0.1022	2.9243	2.1035	1.9678	-0.2311	-0.6571	-0.3548	0.3127	0.3048	-0.5266	-0.0406	0.8908	-0.1075	0.3885	0.0875	0.018	0.5365	-0.0774	0.5479	38.4913	-39.4937	-17.9266
13	1.8588	-0.6149	0.3852	2.8677	-0.437	7.7276	-0.0913	0.7791	-0.2269	-0.0734	-0.0708	0.0586	0.1719	0.4805	0.1891	0.2918	-0.1675	0.0506	0.57	-0.1032	0.2335	30.2775	-23.8196	-5.3263
14	1.6724	0.5495	-0.5947	3.447	1.5189	1.0961	-0.1936	0.1051	-0.6385	-0.3557	0.653	-0.8257	-0.0212	0.4371	-0.3514	0.3227	-0.1095	-0.0098	0.7217	-0.1839	0.4575	43.9218	-39.9499	-16.6019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 98 through 135 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 136 through 177 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 178 through 270 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 271 through 300 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 100 through 167 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 168 through 270 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 271 through 302 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 102 through 170 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 171 through 258 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 259 through 298 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 100 through 120 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 121 through 179 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 180 through 263 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 264 through 300 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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