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万見
- PDB-5yew: Structural basis for GTP hydrolysis and conformational change of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yew
タイトルStructural basis for GTP hydrolysis and conformational change of mitofusin 1 in mediating mitochondrial fusion
要素(Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion ...) x 2
キーワードHYDROLASE / Mitochondria / Fusion / MFN1
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOT2 GTPase cycle / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrion localization / GTP metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrial fusion / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / mitochondrial outer membrane ...RHOT2 GTPase cycle / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrion localization / GTP metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrial fusion / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / mitochondrial outer membrane / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Fzo/mitofusin HR2 domain / fzo-like conserved region / Mitofusin family / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Mitofusin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yan, L. / Qi, Y. / Huang, X. / Yu, C.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China31700659 中国
the National Natural Science Foundation of China31225006 中国
the National Natural Science Foundation of China81322023 中国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for GTP hydrolysis and conformational change of MFN1 in mediating membrane fusion
著者: Yan, L. / Qi, Y. / Huang, X. / Yu, C. / Lan, L. / Guo, X. / Rao, Z. / Hu, J. / Lou, Z.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / software / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion protein
B: Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion protein
C: Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,90915
ポリマ－142,1923
非ポリマー1,71812
水00
1
A: Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion protein
B: Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,94410
ポリマ－94,7992
非ポリマー1,1458
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area35340 Å2
手法PISA
2
C: Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion protein
ヘテロ分子

C: Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,93110
ポリマ－94,7862
非ポリマー1,1458
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area5750 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area35230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.942, 207.942, 107.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA6 - 7356 - 415
21PROPROBB6 - 7356 - 415
12LEULEUAA6 - 7346 - 414
22LEULEUCC6 - 7346 - 414
13SERSERBB6 - 7366 - 416
23SERSERCC6 - 7366 - 416

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion protein / Fzo homolog / Transmembrane GTPase MFN1


分子量: 47405.887 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-364,UNP residues 694-741 / 変異: T138V, V139N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MFN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IWA4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 Mitofusin-1,Mitofusin-1 fusion protein / Fzo homolog / Transmembrane GTPase MFN1


分子量: 47392.887 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-364,UNP residues 694-741 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MFN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IWA4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 160mM potassium thiocyanate, 16% PEG3350, 1% tacsimate (pH 7.0), 20mM HEPES, 2% PEG5000, 4% 1-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 44371 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / Net I/σ(I): 14.33

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 20.02 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.73 / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25733 1941 4.8 %RANDOM
Rwork0.22265 ---
obs0.22429 38433 90.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.655 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9329 0 102 0 9431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0199587
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5371.96512929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.017321360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99451157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.14525.098459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.235151794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4651548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4567.6544655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4527.6544654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.39811.4735803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.39811.4745804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7798.0544932
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.778.0584921
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.01411.9267111
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.28339564
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.27939531
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A237840.13
12B237840.13
21A242960.11
22C242960.11
31B238480.13
32C238480.13
LS精密化 シェル解像度: 3.203→3.286 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 122 -
Rwork0.381 2411 -
obs--77.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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