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- PDB-5yel: Crystal structure of CTCF ZFs6-11-gb7CSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yel
タイトルCrystal structure of CTCF ZFs6-11-gb7CSE
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Transcriptional repressor CTCF
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc fingers / insulators / enhancers / promoters / 3D genome / topological domains / contact loops / higher-order chromatin structure / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / protein localization to chromosome, centromeric region / genomic imprinting / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region ...chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / protein localization to chromosome, centromeric region / genomic imprinting / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / epigenetic regulation of gene expression / transcription coregulator binding / male germ cell nucleus / mitochondrion organization / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / gene expression / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor CTCF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X. / Wang, Y.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31630015 中国
National Natural Science Foundation of China91440201 中国
National Natural Science Foundation of China31571335 中国
National Natural Science Foundation of China31400640 中国
National Natural Science Foundation of China31630039 中国
National Natural Science Foundation of China91640118 中国
National Natural Science Foundation of China31470820 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites
著者: Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X. / Zhang, M. / Wu, Q. / Wang, Y.
履歴
登録2017年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (26-MER)
A: Transcriptional repressor CTCF
B: Transcriptional repressor CTCF
C: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
E: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,57618
ポリマ－73,7916
非ポリマー78512
水00
1
D: DNA (26-MER)
B: Transcriptional repressor CTCF
C: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2889
ポリマ－36,8963
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
2
A: Transcriptional repressor CTCF
F: DNA (26-MER)
E: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2889
ポリマ－36,8963
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.993, 69.631, 84.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7940.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 20922.227 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 405-580 / Mutation: C504S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P49711
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8033.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.1M Sodium chloride, 17-20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→37.87 Å / Num. obs: 30548 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 2.96→3.01 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rpim(I) all: 0.221 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.96→37.874 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 34.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2856 1029 5 %
Rwork0.2678 --
obs0.2687 20571 98.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→37.874 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2642 2118 12 0 4772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.317285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.2912002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9602-3.11620.4421650.39082762X-RAY DIFFRACTION99
3.1162-3.31140.31451150.35522741X-RAY DIFFRACTION95
3.3114-3.56690.30771600.31242682X-RAY DIFFRACTION96
3.5669-3.92550.30831560.2832835X-RAY DIFFRACTION99
3.9255-4.49270.26331530.26122797X-RAY DIFFRACTION100
4.4927-5.65740.2691360.24692883X-RAY DIFFRACTION100
5.6574-37.87720.24751440.21462842X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.5134-0.38710.7744.7093-0.6091.5857-0.0956-0.0705-0.13860.3510.1461-0.1008-0.0783-0.0359-0.05950.40440.0355-0.0650.5596-0.06670.304389.067914.9713125.6457
26.27391.54862.07081.90330.39991.81610.10490.1976-0.7331-0.17290.25520.53690.1709-0.251-0.26320.50660.1891-0.22660.6019-0.03240.7532369.018514.6126113.7829
35.2704-0.41781.54641.3347-0.18641.23340.18470.0461-0.90090.21590.2515-0.06650.2778-0.4372-0.35640.70720.141-0.58240.9098-0.13281.813337.097413.214597.2166
41.0575-0.1026-0.98580.13880.28851.21890.0134-0.12840.40030.1527-0.10930.1562-0.9684-0.18680.04591.02830.1929-0.17610.81-0.14510.8952305.984260.1986141.6625
50.00580.00440.0020.0028-0.00610.0087-0.135-0.01340.0342-0.03730.00790.0328-0.1166-0.042900.33690.12870.06850.165-0.15880.4104320.852841.7044136.1259
60.0038-0.00250.00060.0062-0.00060.0048-0.0512-0.03630.04480.056-0.0721-0.0353-0.0934-0.0107-00.2978-0.01720.02110.3869-0.07290.3494339.717136.8921134.6999
70.0019-0.0003-0.0016-0.00210.00530.00180.00710.0311-0.0111-0.0340.06050.00470.0027-0.016400.5766-0.0493-0.01980.5198-0.16850.4362359.939741.6473139.4741
8-0.00320.0060.0002-0.0034-0.00110.00510.04160.0207-0.08130.01020.03310.06340.0199-0.0253-00.3107-0.39370.46960.52220.4075-0.3598371.231758.8917142.6635
90.0011-0.0015-0.0005-0.0042-0.0005-0.00020.01230.0309-0.02460.0482-0.0250.03030.01650.0249-00.3157-0.02880.0850.16660.04790.0813365.896156.0541169.1424
100.8225-0.18790.19430.085-0.23010.988-0.03660.2684-0.4207-0.29230.04420.09620.49130.10090.0930.71320.0965-0.03671.1877-0.18410.9285336.21517.429780.8069
110.00990.0012-0.00530.0035-0.00620.0062-0.06060.0741-0.1445-0.05090.0154-0.016-0.0117-0.0126-00.35670.0084-0.0370.2459-0.26140.3514340.730526.036695.7842
120.00150.0019-0.00070.00150.00550.00450.01580.001-0.0602-0.0035-0.0985-0.06360.01930.029700.36730.0969-0.00470.22710.00540.2566351.098130.7738111.6859
130.003-0.0092-0.0018-0.00060.00350.00240.0078-0.01040.04390.00070.03210.0402-0.0061-0.0168-00.05850.32510.02450.1474-0.22130.4305367.185826.0454124.797
140.0005-0.0012-0.00590.0031-0.00750.0009-0.0628-0.01740.05770.0021-0.03530.0202-0.0146-0.024200.1218-0.00070.55920.48530.5123-0.2338376.60378.7083131.6979
150.4244-0.11920.59992.4669-0.35170.83870.07460.07250.0713-0.3718-0.0559-0.2660.04170.08520.0192-0.20940.07970.3690.00180.1327-0.1308394.490311.6262111.24
165.88772.25764.07614.74740.89043.128-0.18940.49180.1876-0.39760.2906-0.0326-0.44940.2309-0.02180.4574-0.0303-0.11570.44760.07360.7164327.24118.339788.718
175.6402-0.01972.21450.0025-0.00690.88680.25480.0001-0.56020.01510.2488-0.13460.4160.0881-0.36331.04320.0172-0.54790.9875-0.08871.2345347.278912.6508102.5645
184.96470.10281.48562.09520.02212.3280.0214-0.34580.36860.04560.15440.2387-0.3-0.2917-0.17330.65830.0458-0.16960.46330.06450.7062377.792516.6893119.3366
193.2890.25963.22052.2146-0.24265.5843-0.11570.0206-0.0933-0.06640.1609-0.2679-0.1245-0.0868-0.02270.3489-0.03260.03750.7528-0.04420.4743373.929152.7346156.3409
205.1051-0.90582.60781.6487-0.80252.3935-0.38350.15610.5133-0.26750.24160.3683-0.2114-0.29680.07780.4659-0.0962-0.17980.645-0.17670.8065352.327853.123147.6317
214.13560.08482.64331.6590.25592.4738-0.2150.22520.6748-0.15230.3217-0.2215-0.5054-0.26010.08210.84490.0305-0.70480.8304-0.12271.509319.739454.4831132.3932
227.5835-1.69641.24373.7418-0.44680.9181-0.176-0.1935-0.31810.18110.08620.1220.1087-0.24190.04440.4625-0.0442-0.14240.4657-0.02490.7341307.032249.3746129.8181
235.28860.81243.54370.130.53922.3773-0.2608-0.00390.51380.04850.3044-0.1637-0.22520.12290.01040.6574-0.0004-0.23270.93510.05741.5719330.174655.0819137.2009
245.0572-0.1281.89311.5629-0.17832.2790.02930.3101-0.3222-0.33770.19880.17080.2290.0763-0.30010.445-0.1075-0.07330.46160.01610.7382362.065551.0341151.2469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 6 through 15 )D6 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 16 through 26 )D16 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 406 through 430 )A406 - 430
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 436 through 461 )A436 - 461
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 466 through 491 )A466 - 491
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 494 through 518 )A494 - 518
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 522 through 547 )A522 - 547
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 554 through 577 )A554 - 577
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 406 through 430 )B406 - 430
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 436 through 461 )B436 - 461
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 466 through 491 )B466 - 491
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 494 through 518 )B494 - 518
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 522 through 547 )B522 - 547
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 554 through 578 )B554 - 578
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 6 through 15 )C6 - 15
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 16 through 26 )C16 - 26
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 1 through 5 )F1 - 5
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 6 through 15 )F6 - 15
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 16 through 26 )F16 - 26
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 1 through 5 )E1 - 5
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 6 through 15 )E6 - 15
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 16 through 26 )E16 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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