[日本語] English
万見
- PDB-5yef: Crystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yef
タイトルCrystal structure of CTCF ZFs2-8-Hs5-1aE
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • Transcriptional repressor CTCF
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc fingers / insulators / enhancers / promoters / 3D genome / topological domains / contact loops / higher-order chromatin structure / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / protein localization to chromosome, centromeric region / genomic imprinting / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region ...chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / protein localization to chromosome, centromeric region / genomic imprinting / chromatin looping / cardiac muscle cell development / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / epigenetic regulation of gene expression / transcription coregulator binding / male germ cell nucleus / mitochondrion organization / chromosome segregation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / gene expression / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / C2H2-type zinc-finger domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor CTCF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.807 Å
データ登録者Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X. / Wang, Y.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31630015 中国
National Natural Science Foundation of China91440201 中国
National Natural Science Foundation of China31571335 中国
National Natural Science Foundation of China31400640 中国
National Natural Science Foundation of China31630039 中国
National Natural Science Foundation of China91640118 中国
National Natural Science Foundation of China31470820 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites
著者: Yin, M. / Wang, J. / Wang, M. / Li, X. / Zhang, M. / Wu, Q. / Wang, Y.
履歴
登録2017年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor CTCF
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
B: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA (27-MER)
F: DNA (27-MER)
G: Transcriptional repressor CTCF
H: DNA (27-MER)
I: DNA (27-MER)
J: Transcriptional repressor CTCF
K: DNA (27-MER)
L: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,42736
ポリマ－161,85712
非ポリマー1,57024
水00
1
A: Transcriptional repressor CTCF
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8579
ポリマ－40,4643
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional repressor CTCF
E: DNA (27-MER)
F: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8579
ポリマ－40,4643
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
3
G: Transcriptional repressor CTCF
H: DNA (27-MER)
I: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8579
ポリマ－40,4643
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
4
J: Transcriptional repressor CTCF
K: DNA (27-MER)
L: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8579
ポリマ－40,4643
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.115, 143.064, 90.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog


分子量: 23556.379 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 292-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49711
#2: DNA鎖
DNA (27-MER)


分子量: 8268.321 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (27-MER)


分子量: 8639.581 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M Bis-tris pH 5.6-6.0, 0.2 M Sodium chloride and 17-24% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→45.14 Å / Num. obs: 45830 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.81→2.86 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / Rpim(I) all: 0.359 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.807→45.057 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 2455 5.14 %
Rwork0.2238 --
obs0.2253 45830 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.807→45.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5311 4396 24 0 9731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33314906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.5915412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8074-2.86140.4401950.39832110X-RAY DIFFRACTION83
2.8614-2.91980.44721660.38942555X-RAY DIFFRACTION100
2.9198-2.98330.37961240.3642524X-RAY DIFFRACTION100
2.9833-3.05270.37851230.342539X-RAY DIFFRACTION100
3.0527-3.1290.40491400.32052602X-RAY DIFFRACTION100
3.129-3.21360.33581140.31252541X-RAY DIFFRACTION100
3.2136-3.30810.28371090.2982483X-RAY DIFFRACTION97
3.3081-3.41480.33981550.29962459X-RAY DIFFRACTION98
3.4148-3.53680.32361660.25942499X-RAY DIFFRACTION99
3.5368-3.67840.22491520.22282517X-RAY DIFFRACTION99
3.6784-3.84570.2551940.22272612X-RAY DIFFRACTION100
3.8457-4.04840.2164830.2182603X-RAY DIFFRACTION100
4.0484-4.30180.19721440.20372541X-RAY DIFFRACTION100
4.3018-4.63360.24641480.18522528X-RAY DIFFRACTION100
4.6336-5.09940.24081640.19062560X-RAY DIFFRACTION100
5.0994-5.83590.19971690.18412525X-RAY DIFFRACTION100
5.8359-7.34750.21941710.20642533X-RAY DIFFRACTION100
7.3475-45.06280.22321380.17992590X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.92970.7122-1.03634.44450.02792.03090.50720.6016-0.4417-1.41670.3403-0.12670.756-0.4721-0.64231.7378-0.4699-0.5031.02060.2590.7625-30.9103-17.319352.1799
22.57370.92470.25482.9215-1.76274.97180.7906-0.65570.1863-0.08520.59682.16380.5612-0.6928-0.80240.8021-0.0488-0.11561.44370.53911.3436-42.7174-15.042870.6491
32.34341.1452-0.96173.61622.21224.93980.02730.19120.6023-0.1193-0.23351.24830.8767-1.0294-0.22480.5652-0.1367-0.08661.36170.73621.3611-36.0386-33.14479.6075
40.9741.3692-0.08632.30970.42343.00490.1109-0.3025-0.6036-0.12370.2251-0.0178-0.3038-0.3727-0.31380.37880.181-0.06660.65020.10870.6694-14.736-28.946478.0828
55.7955-0.4607-2.0523.4849-0.2586.77780.3107-0.55950.1078-0.1749-0.3574-0.241-0.9860.693-0.42610.96570.13210.21040.5652-0.00530.5494-18.4578-10.75993.4636
66.19781.6216-1.40394.21853.67736.25020.44920.18590.2224-0.3397-0.0041-0.244-0.55920.5107-0.21891.06530.11640.17880.65870.00420.514-19.9545-6.1595112.3033
71.49940.4680.78790.88342.45857.0135-0.05910.9079-1.0953-0.7375-0.0556-0.6385-0.4980.5449-0.21572.58570.7855-0.73272.9491-0.09631.5486-45.666-24.3941.3227
82.204-0.53460.1593.549-1.80774.96190.1364-0.3285-0.5368-0.20890.85480.168-0.3465-1.0904-0.76110.57540.00120.0470.64720.08330.5789-26.2154-24.14582.0644
91.91510.60890.37161.31460.42871.37790.1082-0.5256-0.40320.76920.0862-0.04470.1469-0.2125-0.05040.8390.1141-0.05410.60310.09220.5242-16.2154-24.024198.9765
102.0795-1.57720.27812.7124-1.08761.6310.0162-0.6038-1.2299-1.69881.53421.90060.7876-0.563-0.26730.8159-0.2471-0.24890.87150.20610.7999-32.6626-23.373669.8925
113.601-0.38873.52730.4125-1.19015.23120.3010.221-1.17640.04520.52490.87810.5387-1.6286-0.43872.098-0.8998-1.36812.01280.50151.3167-49.2118-28.063349.9021
121.29940.4622-0.47810.4331-0.79441.72060.66750.54340.9272-0.55710.2625-0.4106-0.86410.0557-0.32432.4217-0.1708-0.39742.0690.06751.4431-52.0858-18.440439.0809
133.3545-2.3750.52074.02160.09860.19470.8629-1.09470.24031.05960.0773-0.42580.2094-0.0808-0.39491.59980.3592-0.3431.2827-0.31160.9498-69.3385-18.6421104.2273
145.2435-1.77242.64445.50312.4543.61270.5840.23270.79110.70610.1104-1.52080.75031.1924-0.8810.5955-0.1101-0.15860.654-0.08921.2852-58.5516-13.445786.6021
153.8371-1.8052-1.1481.8682.24945.58370.10120.52150.02060.10770.2698-1.65340.28920.8286-0.37840.4653-0.03460.01520.7547-0.09171.1038-61.8844-31.382776.0392
162.629-0.86790.21094.0784-2.20536.21050.901-0.7485-0.52590.90010.20130.633-0.4542-0.6643-0.23214.5684-1.0371-1.7122.68810.39292.4623-54.6201-25.3225114.6165
173.54082.99281.85644.445-1.15314.8909-0.44210.01530.10761.1706-0.0602-0.7183-0.98370.2407-0.07341.41020.1179-0.89491.5719-0.6551.3413-54.7686-23.979496.4144
181.38840.1581-0.49653.3074-0.11672.99750.14460.5364-0.56180.20580.41120.3424-0.1748-0.0036-0.56920.44290.0108-0.10920.6410.00110.5796-76.5431-24.649569.5729
191.10050.51250.81013.2753-0.02570.65280.07160.14570.685-0.03240.18980.2378-0.8397-0.1932-0.10671.55960.1922-0.60912.10390.06131.4965-90.7013-19.820846.3093
202.0138-0.4474-0.22462.69910.09641.79620.12591.1373-0.3565-0.9008-0.16890.42830.21320.7887-0.04070.57690.0725-0.06750.811-0.03560.4124-82.3965-24.238556.1195
210.9978-0.9096-0.7162.33232.13344.26720.321-0.2420.57940.125-0.0712-1.3155-0.0761-0.32110.05290.28970.0093-0.05790.5782-0.05350.7296-67.3723-21.99376.5469
226.4998-2.73291.09364.5164-0.54243.43760.5601-0.8159-0.79091.30511.0828-0.6082-0.03560.4828-0.36751.44250.3086-0.44140.76640.27980.8267-66.6804-24.019295.4643
236.41330.06992.27250.0819-0.33492.17990.1459-0.4996-0.1230.14930.1044-0.58040.37450.73320.22832.98180.3618-3.01392.54910.27741.9965-50.1455-27.687105.2607
240.82320.7832-1.35320.7507-1.31142.30020.23520.01060.34020.28810.06710.1328-0.3731-0.4134-0.10554.2836-0.5831-1.28114.73690.0792.8662-48.9553-18.5277117.7409
250.77730.19150.78290.3884-0.5032.11840.2762-0.8805-0.28110.49220.07110.3536-0.4355-0.2230.31441.64770.53650.59870.91630.417-0.1577-31.09498.5141104.6814
263.3123-2.37-1.14536.7229-2.41013.86460.38251.2282-0.27080.32161.39992.770.017-1.6397-0.93950.8477-0.23810.08231.60250.5771.336-42.81056.194286.1034
272.8619-0.9060.05873.0283.40724.41560.0734-0.1466-0.9539-0.3384-0.03611.6428-0.6188-1.2905-0.83230.63870.1746-0.00921.42120.78691.3646-36.0224.168477.2914
280.4972-0.44250.08074.23660.48823.0715-0.04330.66310.74760.12170.41440.01730.0877-0.0397-0.40480.343-0.1552-0.01150.53950.0920.616-14.720119.900178.7026
294.91790.57761.22973.22631.13346.2811-0.03740.82680.04990.5886-0.0065-0.51140.8430.4645-0.21911.0507-0.1093-0.28110.69350.02020.5443-18.52061.821963.2956
302.5632-0.1982.69963.11842.07235.7810.15990.04720.07550.43840.2408-0.52170.44710.8984-0.43021.0513-0.0972-0.25230.65720.01370.6493-20.2804-2.728144.3752
313.7655-0.1659-2.34341.56181.05291.97660.8123-0.59380.26241.66620.26370.2022-0.3477-1.681-0.55581.49050.21860.41331.75820.42460.6365-39.579415.9913100.2779
323.08630.2764-2.06191.7392-0.01044.821-0.2890.97380.3513-0.90280.7739-0.30311.8468-0.1302-0.19310.9725-0.0337-0.04020.9151-0.0640.6593-18.00814.072160.5073
331.8638-0.3880.09791.5172-0.1330.83510.18780.6120.3333-0.499-0.07120.0325-0.2019-0.43880.030.783-0.0561-0.00290.70390.08060.4903-16.317315.068757.819
340.87741.838-0.84334.2966-1.91680.85520.25550.41311.20771.8011.74952.2262-0.9974-1.408-0.1170.85960.26460.2570.93510.21340.7874-32.610114.373286.8848
353.40930.2749-2.34170.8152-0.81224.96860.8113-0.50611.0433-0.34120.53510.5215-0.3546-1.34350.39152.4380.72491.85191.87150.52640.9863-49.020919.0594106.9099
360.9585-0.38720.96730.1747-0.35921.02590.688-0.5136-0.92180.30810.1049-0.27490.90810.251-0.29672.21150.3870.28052.43070.33671.6313-51.7749.0371117.4158
372.11751.391-0.5872.4959-0.29160.20870.7961.4686-0.0393-1.3678-0.17910.35110.55170.1691-0.17851.8763-0.39620.20081.1821-0.2470.8787-70.01029.507552.4406
384.88880.89282.38455.95885.18855.07050.42720.4073-1.3128-0.93540.2593-1.9796-0.40160.3896-1.39370.7090.03420.13710.7756-0.24231.1742-58.50054.384570.1789
394.4673-1.125-0.8992.59731.84217.2741-0.2068-0.3865-0.11860.19090.4298-2.1486-0.39150.7699-0.23050.42140.042-0.11260.6199-0.08391.1839-61.885422.339680.7423
409.72910.3717-0.33465.1561.67074.3499-0.0520.19020.7389-0.1807-0.08530.4503-0.4429-0.24190.33730.3240.023-0.05310.3692-0.00410.4859-83.989321.503480.4824
414.7981-2.62010.00797.4286-5.11919.3846-0.1268-0.8360.0649-0.21060.0111-0.08521.187-0.74840.20240.7161-0.0686-0.17340.64470.08290.4247-82.36542.191894.486
427.94331.43394.51563.74641.54962.8110.8675-1.2687-0.6325-0.0821-0.58690.3612-0.5465-0.909-0.12361.1715-0.0806-0.20390.76980.08820.5889-81.1632-2.2432113.3799
431.70970.02210.29384.764-3.09665.95040.76870.35340.4538-0.69260.15830.18260.3453-0.4678-0.35694.74770.64530.76862.69-0.01292.1186-54.836115.816243.2163
448.559-0.3012-3.72762.2406-1.58714.2145-0.3492-0.14090.0838-1.16090.9583-0.7349-0.44310.8339-0.5280.8295-0.26420.32480.8816-0.27580.763-62.920815.93865.5405
451.0116-0.6139-0.981.6180.12024.3117-0.4709-0.82940.18981.32180.5731.16211.9675-0.4943-0.20860.7924-0.04570.25640.87050.00170.7662-81.165814.03697.2477
462.50930.32531.24784.2937-0.48552.95240.1485-1.26830.44141.5768-0.08720.8961-0.75880.4458-0.28190.7944-0.06730.11850.78710.01230.4859-83.210815.1935100.2844
472.8078-0.5670.09012.7080.17512.7886-0.08160.19850.0864-1.41210.913-0.959-0.08740.4811-0.46830.8096-0.24230.16020.6111-0.03590.599-67.055313.979970.6943
485.1787-1.21550.27922.0684-0.88142.16780.83261.07650.1113-0.4410.26540.020.44360.69430.49452.83010.16532.58852.6240.26221.8772-49.78115.775548.3754
497.5027-0.76310.0158.04990.51863.6310.10060.1398-0.23090.5298-0.14790.55490.2536-0.1050.18360.3772-0.0056-0.00160.3737-0.02280.4847-84.0076-30.542676.3406
505.07862.3565-1.46337.3115-4.06099.536-0.11710.64010.11650.0969-0.0562-0.1982-0.8662-0.87380.23450.65810.10770.06960.58990.08030.3556-82.3938-11.133162.4174
516.15710.5018-2.97967.4032-2.4995.36410.44181.39370.7131-0.2784-0.29950.5287-0.2424-1.4648-0.46661.01840.1820.09580.92810.15910.573-81.1898-6.903243.5448
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 321 through 345 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 351 through 373 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 379 through 402 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 406 through 430 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 437 through 460 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 466 through 489 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 2 through 6 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 7 through 28 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 2 through 11 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 12 through 21 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 22 through 26 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 27 through 28 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 321 through 345 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 351 through 373 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 379 through 402 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 2 through 6 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 7 through 11 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 12 through 26 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 27 through 28 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 2 through 11 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 12 through 16 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 17 through 21 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 22 through 26 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 27 through 28 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 321 through 345 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 351 through 373 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 379 through 402 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 406 through 430 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 437 through 460 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 466 through 489 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 2 through 16 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 17 through 28 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'I' and (resid 2 through 11 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'I' and (resid 12 through 21 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'I' and (resid 22 through 26 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'I' and (resid 27 through 28 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'J' and (resid 321 through 345 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'J' and (resid 351 through 373 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'J' and (resid 379 through 402 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'J' and (resid 406 through 430 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'J' and (resid 437 through 460 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'J' and (resid 466 through 489 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'K' and (resid 2 through 6 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'K' and (resid 7 through 16 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'K' and (resid 17 through 28 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'L' and (resid 2 through 11 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'L' and (resid 12 through 21 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'L' and (resid 22 through 28 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'B' and (resid 406 through 430 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'B' and (resid 437 through 460 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'B' and (resid 466 through 489 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る