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- PDB-5ycl: Crystal structure of HigBA complex from Shigella flexneri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ycl
タイトルCrystal structure of HigBA complex from Shigella flexneri
要素
  • Antitoxin HigA
  • mRNA interferase HigB
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Toxin / antitoxin system
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Toxin-antitoxin system, mRNA interferase HigB / HigB_toxin, RelE-like toxic component of a toxin-antitoxin system / Antitoxin HigA / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA interferase HigB / Antitoxin HigA
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.101 Å
データ登録者Youn, W.S. / Seok, S.H. / Seo, M.D.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Structural changes of antitoxin HigA from Shigella flexneri by binding of its cognate toxin HigB.
著者: Yoon, W.S. / Seok, S.H. / Won, H.S. / Cho, T. / Lee, S.J. / Seo, M.D.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HigA
B: mRNA interferase HigB
C: Antitoxin HigA
D: mRNA interferase HigB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3894
ポリマ－54,3894
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.209, 78.209, 183.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Antitoxin HigA


分子量: 15260.924 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-138 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: higA, SF3122, S3329 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67703
#2: タンパク質 mRNA interferase HigB / Endoribonuclease HigB / Toxin HigB


分子量: 11933.328 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-99 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: higB, SF3123, S3330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P64580, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 % PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 0.2 M lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.101→38.25 Å / Num. obs: 12386 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 34.3 % / Net I/σ(I): 29.19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155位相決定
PHENIX1.10.1_2155data processing
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 3.101→38.25 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3029 1182 10.02 %
Rwork0.2679 --
obs0.2715 11801 95.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.101→38.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3522 0 0 5 3527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6324871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2712158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1006-3.24170.38531520.31061368X-RAY DIFFRACTION100
3.2417-3.41260.38971470.32851365X-RAY DIFFRACTION99
3.4126-3.62630.44171240.37991122X-RAY DIFFRACTION82
3.6263-3.90610.41051350.37751220X-RAY DIFFRACTION88
3.9061-4.29890.2861400.25741237X-RAY DIFFRACTION91
4.2989-4.92040.25221600.1981403X-RAY DIFFRACTION100
4.9204-6.19670.25851590.2321408X-RAY DIFFRACTION100
6.1967-45.44410.22911650.22141496X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93271.6168-0.26533.48022.29976.4538-0.0068-0.09940.89520.01610.06910.9525-0.658-0.5272-0.07320.81940.2865-0.09210.4289-0.04440.5742-50.046934.1002-2.5173
21.02070.779-1.29650.8561-0.87021.70960.4030.53850.86010.01610.48420.18370.0159-0.5888-0.75940.3886-0.0663-0.21140.43640.16510.799-37.538235.92866.1194
36.66632.2754-1.00693.9117-1.31934.32270.490.02380.03560.6782-0.0077-0.53930.05120.0389-0.39730.3496-0.0415-0.17550.247-0.11180.5148-38.123327.364310.9766
42.0118-7.2067-1.17122.004-1.36750.67070.3710.04360.21820.1446-0.35-0.1663-0.18610.3655-0.03360.3473-0.0778-0.0920.25370.01650.4094-18.921527.918212.6379
55.83110.6543-3.55836.31-2.34991.9986-0.3488-0.55441.14820.0931-0.4286-0.39170.09010.52330.73470.14920.0401-0.06570.4144-0.0270.4686-15.198711.208117.3122
60.275-1.2696-0.58027.5118-0.14716.01930.1761-0.26380.18760.12080.1641-0.01310.26210.1878-0.28430.84070.54570.00090.39330.11690.5833-12.94265.000124.6683
74.649-0.22752.27841.4785-0.6571.31830.167-0.1047-0.09940.22580.0220.01360.42920.1597-0.1591.06210.6117-0.180.4530.11331.0853-7.41541.337721.098
81.4535-3.6849-1.8499.53343.48679.9144-0.32440.06860.1477-0.6527-0.17090.4646-0.05450.33880.48180.73990.0829-0.14670.6486-0.15031.4702-2.40174.318917.6042
98.75471.19282.70231.8114-2.21282.0024-0.1437-0.1896-0.4827-0.23970.0453-0.377-0.1511.19270.11840.46660.032-0.00770.6537-0.10710.8789-4.1889.460713.0499
103.285-1.96671.4054.68082.87754.54340.69750.7917-0.2359-0.4424-0.0717-0.3109-0.42670.1824-0.59060.97550.56380.18980.46910.18081.1112-12.9522-0.528211.2344
110.7183-0.12161.47352.698-2.6855.24560.66130.2841-0.4767-0.00390.28090.85060.0957-0.21-0.8660.40170.091-0.09170.3279-0.18030.9097-19.3233.05129.7964
123.7551-0.14891.32825.60740.80474.4873-0.2896-0.52810.20870.3456-0.5203-0.2736-0.00210.44950.81411.0923-0.04810.05750.9423-0.06190.599-11.869412.10520.9078
136.28311.55873.34155.01280.93986.2756-0.4430.08430.36850.07370.3751-0.5231-0.57670.15990.08080.247-0.0237-0.04170.1787-0.02680.476-26.443622.428417.2481
140.5574-0.844-0.87781.96130.71611.95620.01030.1204-0.2879-0.0608-0.5380.26170.16680.07280.228-0.0758-0.4297-0.34270.1131-0.38270.5861-21.673514.180318.3707
157.0608-1.7411-3.54764.7771.34585.3396-0.0472-0.9233-0.25740.5318-0.26740.76221.0168-0.3290.27350.4626-0.19980.03940.4634-0.10610.322-34.13939.056724.1755
162.70930.333-2.68476.52260.71532.83620.16730.0127-0.21020.38720.10520.33270.06840.0331-0.22560.25210.1252-0.03830.2855-0.08970.3745-30.887713.089421.8257
173.2823-0.2264-1.19472.91830.34158.01030.1345-0.5360.00750.026-0.50170.0023-0.80320.30480.28710.355-0.07250.09960.27610.01860.507-33.309718.481329.6128
184.426-0.3721-0.32825.3156-2.44971.3184-0.4502-0.1376-0.3120.5457-0.17141.42370.1312-1.34070.56470.2790.07420.00240.5244-0.11320.6517-52.721228.98815.4369
193.4672-1.1961-1.65935.037-2.60247.7124-0.1177-0.01140.19360.20970.2167-0.01960.2911-0.9634-0.10480.317-0.0762-0.05820.2999-0.08930.4164-43.527621.6232-8.5613
209.48651.1237-3.35375.6376-1.34534.4655-0.21490.2605-0.84970.2359-0.267-0.24410.72120.03940.43240.4805-0.0707-0.08790.2037-0.02920.58-33.76685.6766-12.9142
212.541.05911.16427.2236-2.18536.2925-0.05590.0967-0.8666-0.10520.20460.2083-0.19250.1683-0.17890.1980.09130.00020.4053-0.05440.5043-17.452811.3738-19.5094
225.12250.2629-1.49671.99910.58180.47810.29560.715-0.5283-0.583-0.5336-1.4120.0863-0.11570.19470.4374-0.09630.14351.1856-0.11270.8812-7.43197.9252-24.0571
231.3779-2.0704-2.80233.89192.37459.9354-0.2503-0.1237-0.7417-0.7275-0.4095-0.50160.47040.61940.61520.69640.3319-0.0340.5585-0.23691.0792-10.20992.0859-15.6536
241.36221.15241.65052.28512.46252.8627-0.05380.0241-0.47010.29330.2554-0.48890.40771.0597-0.16350.3750.02240.09381.0311-0.19951.2497-5.858314.8657-15.368
253.8163-2.8851.2993.29340.40672.177-0.6297-0.16530.9123-0.10740.96240.22180.5222-0.0918-0.34270.4903-0.0301-0.24440.71860.11760.5568-13.460313.8016-8.2799
264.78961.1470.48214.7510.90484.7133-0.30510.5459-0.3660.03220.3594-0.34990.47140.1091-0.01790.2718-0.0244-0.03640.2482-0.03640.37-28.195514.8588-18.403
273.5525-0.28683.38811.8449-0.0633.257-0.35120.85920.7678-0.2958-0.11950.1328-0.54940.67820.46540.4641-0.04490.17420.38750.05190.7173-26.274128.9471-24.3832
285.126-0.56271.30178.6934-1.11020.44150.4382-0.37710.6999-0.3778-0.3676-0.697-0.24170.0621-0.08590.1495-0.0559-0.03730.4041-0.00650.4858-27.464323.5742-21.9676
294.2372-1.70012.50962.8508-3.53737.70720.0872-0.12270.4745-0.4498-0.2483-0.28620.24250.03490.11220.258-0.02910.0450.119-0.01110.3454-34.891124.2594-28.3582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 26 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 63 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 76 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 77 through 90 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 91 through 95 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 96 through 100 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 101 through 105 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 106 through 118 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 119 through 129 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 130 through 136 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 137 through 141 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid -1 through 16 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 17 through 43 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 44 through 56 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 57 through 78 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 79 through 99 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 4 through 17 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 18 through 63 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 64 through 76 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 77 through 91 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 92 through 103 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 104 through 119 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 120 through 129 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 130 through 140 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 0 through 43 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 44 through 56 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 57 through 78 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 79 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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