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- PDB-5ybi: Structure of the bacterial pathogens ATPase with substrate AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ybi
タイトルStructure of the bacterial pathogens ATPase with substrate AMPPNP
要素Probable ATP synthase SpaL/MxiB
キーワードHYDROLASE / ATPase / T3SS / hexamer / AMPPNP
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / : / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain ...ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / : / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Type 3 secretion system ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.268 Å
データ登録者Mu, Z.X. / Gao, X.P. / Cui, S.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81572005 中国
National Natural Science Foundation of China81401714 中国
Beijing Natural Science Foundation7154226 中国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: Structural Insight Into Conformational Changes Induced by ATP Binding in a Type III Secretion-Associated ATPase FromShigella flexneri.
著者: Gao, X. / Mu, Z. / Yu, X. / Qin, B. / Wojdyla, J. / Wang, M. / Cui, S.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP synthase SpaL/MxiB
B: Probable ATP synthase SpaL/MxiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,46648
ポリマ－82,3632
非ポリマー2,10246
水6,287349
1
A: Probable ATP synthase SpaL/MxiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,46122
ポリマ－41,1821
非ポリマー1,27921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
2
B: Probable ATP synthase SpaL/MxiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,00526
ポリマ－41,1821
非ポリマー82325
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.017, 105.017, 146.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP synthase SpaL/MxiB


分子量: 41181.637 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 84-430 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / Density meas: 0.01 Mg/m3 / 溶媒含有率: 54.9 %
解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 0.1M Bicine, pH8.6, 1.2M Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97876 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal Type Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→43.4 Å / Num. obs: 82611 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.52 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.56
反射 シェル解像度: 2.2→2.41 Å / 冗長度: 8.44 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 4.27 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YBH

5ybh


解像度: 2.268→43 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 4138 5.01 %
Rwork0.1794 --
obs0.1818 82596 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.268→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5327 0 104 349 5780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1497499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8252067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006965
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.268-2.2940.30461420.27632537X-RAY DIFFRACTION94
2.294-2.3210.30391520.23812616X-RAY DIFFRACTION100
2.321-2.34930.2951390.23242635X-RAY DIFFRACTION100
2.3493-2.3790.26451270.21822743X-RAY DIFFRACTION100
2.379-2.41030.21681330.21312544X-RAY DIFFRACTION100
2.4103-2.44330.29191350.21062775X-RAY DIFFRACTION100
2.4433-2.47820.24051300.20842612X-RAY DIFFRACTION100
2.4782-2.51520.25911310.20412675X-RAY DIFFRACTION100
2.5152-2.55450.22111290.19672656X-RAY DIFFRACTION100
2.5545-2.59640.23921210.19192686X-RAY DIFFRACTION100
2.5964-2.64120.25691400.18812625X-RAY DIFFRACTION100
2.6412-2.68920.21381520.19572669X-RAY DIFFRACTION100
2.6892-2.74090.29821400.19912617X-RAY DIFFRACTION100
2.7409-2.79680.22041650.1922613X-RAY DIFFRACTION100
2.7968-2.85760.29741400.19922675X-RAY DIFFRACTION100
2.8576-2.92410.31951430.19482690X-RAY DIFFRACTION100
2.9241-2.99720.28021420.20652641X-RAY DIFFRACTION100
2.9972-3.07820.24331320.19542646X-RAY DIFFRACTION100
3.0782-3.16880.25711440.19122623X-RAY DIFFRACTION100
3.1688-3.2710.24471550.18722655X-RAY DIFFRACTION100
3.271-3.38790.25611400.19212677X-RAY DIFFRACTION100
3.3879-3.52350.24571480.17752626X-RAY DIFFRACTION100
3.5235-3.68370.2365890.18561910X-RAY DIFFRACTION99
3.6837-3.87780.20631090.15942450X-RAY DIFFRACTION99
3.8778-4.12060.18691780.14582592X-RAY DIFFRACTION100
4.1206-4.43850.16671600.13922616X-RAY DIFFRACTION100
4.4385-4.88460.15611230.12792682X-RAY DIFFRACTION100
4.8846-5.59020.17011440.15322656X-RAY DIFFRACTION100
5.5902-7.03820.23171450.18492639X-RAY DIFFRACTION100
7.0382-43.44120.19971100.16992677X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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