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- PDB-5ybd: X-ray structure of ETS domain of Ergp55 in complex with E74DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ybd
タイトルX-ray structure of ETS domain of Ergp55 in complex with E74DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
  • Transcriptional regulator ERG
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ETS transcription factor / human Ergp55 / ETS-E74DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphorylation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphorylation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Transcriptional regulator ERG
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Drosophila saltans (ハエ)
Drosophila adunca (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.769 Å
データ登録者Saxena, A.K. / Gangwar, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science and TechnologySR/SO/HS-05/2009 インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Comparative structure analysis of the ETSi domain of ERG3 and its complex with the E74 promoter DNA sequence
著者: Sharma, R. / Gangwar, S.P. / Saxena, A.K.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator ERG
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
X: Transcriptional regulator ERG
Y: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8246
ポリマ－34,8246
非ポリマー00
水00
1
A: Transcriptional regulator ERG
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4123
ポリマ－17,4123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8450 Å2
手法PISA
2
X: Transcriptional regulator ERG
Y: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*T)-3')
Z: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4123
ポリマ－17,4123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.279, 233.871, 80.524
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain X and segid X
12chain B and segid B
22chain Y and segid Y
13chain C and segid C
23chain Z and segid Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain X and segid XX0
112chain B and segid BB0
212chain Y and segid YY0
113chain C and segid CC0
213chain Z and segid ZZ0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator ERG / Transforming protein ERG


分子量: 11651.133 Da / 分子数: 2 / 断片: ETS domain, UNP residues 317-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERG / プラスミド: pET21a(+) / Cell (発現宿主): Homo sapiens / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P11308
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*T)-3')


分子量: 2764.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Drosophila saltans (ハエ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Drosophila adunca (ハエ)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 % / 解説: rectangular plate
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20%(w/v) PEG4000, 200mM MgCl2 as precipitant solution
PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月10日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si(111)monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.4 % / 数: 63032 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.68 / D res high: 2.77 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9898 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.515010.0584.4695.4
5.967.5110.0613.1246.1
5.215.9610.0663.1096.2
4.745.2110.0632.336.4
4.44.7410.0592.1936.4
4.144.410.061.9256.5
3.934.1410.0641.8926.5
3.763.9310.0761.8346.5
3.613.7610.0761.4546.5
3.493.6110.0791.3496.5
3.383.4910.0771.3446.5
3.283.3810.0861.3226.5
3.23.2810.0881.1656.5
3.123.210.1161.0626.5
3.053.1210.1721.0096.5
2.983.0510.2640.8536.4
2.922.9810.3040.8286.6
2.872.9210.3550.8746.5
2.822.8710.4150.7966.4
2.772.8210.4560.7966.2
反射解像度: 2.769→50 Å / Num. obs: 9898 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 54.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.681 / Net I/av σ(I): 33.548 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.77-2.826.20.4560.7961100
2.82-2.876.40.4150.7961100
2.87-2.926.50.3550.8741100
2.92-2.986.60.3040.8281100
2.98-3.056.40.2640.8531100
3.05-3.126.50.1721.0091100
3.12-3.26.50.1161.0621100
3.2-3.286.50.0881.1651100
3.28-3.386.50.0861.322199.6
3.38-3.496.50.0771.3441100
3.49-3.616.50.0791.3491100
3.61-3.766.50.0761.4541100
3.76-3.936.50.0761.8341100
3.93-4.146.50.0641.8921100
4.14-4.46.50.061.9251100
4.4-4.746.40.0592.1931100
4.74-5.216.40.0632.331100
5.21-5.966.20.0663.1091100
5.96-7.516.10.0613.1241100
7.51-505.40.0584.469198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.769→38.978 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2816 471 4.78 %
Rwork0.2044 --
obs0.2081 9861 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.91 Å2 / Biso mean: 37.09 Å2 / Biso min: 14.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.769→38.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1603 776 0 0 2379
残基数----228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2653543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.719977
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A903X-RAY DIFFRACTION7.975TORSIONAL
12X903X-RAY DIFFRACTION7.975TORSIONAL
21B174X-RAY DIFFRACTION7.975TORSIONAL
22Y174X-RAY DIFFRACTION7.975TORSIONAL
31C194X-RAY DIFFRACTION7.975TORSIONAL
32Z194X-RAY DIFFRACTION7.975TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7685-3.1690.33851680.24163018318699
3.169-3.9920.29141480.19873113326199
3.992-38.98230.25981550.19832593414100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.3564 Å / Origin y: 30.8682 Å / Origin z: 0.1159 Å
111213212223313233
T0.1542 Å2-0.0396 Å2-0.0322 Å2-0.2107 Å20.0043 Å2--0.2056 Å2
L0.5964 °2-0.7315 °20.0206 °2-2.2711 °2-0.801 °2--1.992 °2
S0.0832 Å °-0.0497 Å °-0.1115 Å °-0.0215 Å °-0.0178 Å °0.0396 Å °-0.008 Å °0.0355 Å °-0.0651 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA311 - 406
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 10
3X-RAY DIFFRACTION1allC14 - 23
4X-RAY DIFFRACTION1allX310 - 403
5X-RAY DIFFRACTION1allY2 - 10
6X-RAY DIFFRACTION1allZ14 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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