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- PDB-5ybc: X-ray structure of native ETS-domain domain of Ergp55 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ybc
タイトルX-ray structure of native ETS-domain domain of Ergp55
要素Transcriptional regulator ERGERG (gene)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / ETS transcription factor / Ergp55
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein phosphorylation / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II ...sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein phosphorylation / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator ERG
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Saxena, A.K. / Gangwar, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & TechnologySR/SO/HS-05/2009 インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Comparative structure analysis of the ETSi domain of ERG3 and its complex with the E74 promoter DNA sequence
著者: Sharma, R. / Gangwar, S.P. / Saxena, A.K.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Transcriptional regulator ERG
A: Transcriptional regulator ERG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9793
ポリマ－21,8872
非ポリマー921
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area11230 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.565, 64.565, 128.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain C and segid C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain C and segid CC0

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator ERG / ERG (gene) / Transforming protein ERG


分子量: 10943.370 Da / 分子数: 2 / 断片: ETS domain, UNP residues 317-408 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERG / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: P11308
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 % / 解説: rectangular bypyramid
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20%(w/v) PEG400, 130mM NaCl, 60mM MgCl2, 100mM sodium citrate pH 5.6
PH範囲: 5.0-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月10日 / 詳細: Grazing angle 2.8 mrad
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 9971 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 27.5 % / Biso Wilson estimate: 60.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.5-2.5425.74870.665199.4
2.54-2.5926.94820.661199.60.989
2.59-2.6427.94700.676199.60.924
2.64-2.6927.75010.684199.80.807
2.69-2.7528.74650.693199.80.7
2.75-2.8228.35030.713199.80.605
2.82-2.8928.64790.732199.80.458
2.89-2.9628.64860.746199.80.346
2.96-3.0528.34940.766199.80.271
3.05-3.1528.54830.785199.60.186
3.15-3.2628.44980.822199.80.151
3.26-3.3928.54950.851199.60.102
3.39-3.55284850.90111000.08
3.55-3.7328.14971.16611000.071
3.73-3.9727.75070.99711000.056
3.97-4.2727.55051.14711000.044
4.27-4.727.25051.478199.40.042
4.7-5.3826.65251.956199.60.046
5.38-6.7826.45241.557199.80.038
6.78-5023.45801.661197.30.032

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
Coot3.22モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→32.283 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 506 5.12 %
Rwork0.2224 --
obs0.2243 9874 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.72 Å2 / Biso mean: 69.22 Å2 / Biso min: 36.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→32.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1533 0 6 0 1539
Biso mean--55.66 --
残基数----183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3682119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.628594
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A867X-RAY DIFFRACTION10.866TORSIONAL
12C867X-RAY DIFFRACTION10.866TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4999-2.75130.35471130.296122852398100
2.7513-3.14920.41841230.318423162439100
3.1492-3.96650.31971260.2432311243799
3.9665-32.28520.18991440.18062456260099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.1384 Å / Origin y: 0.3988 Å / Origin z: -18.7748 Å
111213212223313233
T0.4755 Å2-0.0009 Å2-0.0684 Å2-0.4936 Å2-0.0288 Å2--0.4693 Å2
L0.6909 °2-0.4174 °20.3326 °2-0.6486 °20.3295 °2--0.5186 °2
S0.0376 Å °-0.1543 Å °0.056 Å °0.1166 Å °0.1141 Å °-0.0453 Å °0.3221 Å °-0.0048 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allC310 - 400
2X-RAY DIFFRACTION1allA310 - 401
3X-RAY DIFFRACTION1all1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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