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- PDB-5yba: Dimeric Cyclophilin from T.vaginalis in complex with Myb1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yba
タイトルDimeric Cyclophilin from T.vaginalis in complex with Myb1 peptide
要素
  • Myb1 peptide
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / Divergent loop cyclophilin / Cyclophilin A / Rotamase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA-activating protein complex / snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / cyclosporin A binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein folding ...snRNA-activating protein complex / snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / cyclosporin A binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein folding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Myb domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. ...: / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Myb domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / MYB24
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.062 Å
データ登録者Cho, C.C. / Lin, M.H. / Martin, T. / Chou, C.C. / Chen, C. / Hsu, C.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural basis of interaction between dimeric cyclophilin 1 and Myb1 transcription factor in Trichomonas vaginalis
著者: Martin, T. / Lou, Y.C. / Chou, C.C. / Wei, S.Y. / Sadotra, S. / Cho, C.C. / Lin, M.H. / Tai, J.H. / Hsu, C.H. / Chen, C.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_assembly ...citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Myb1 peptide
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
D: Myb1 peptide
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7634
ポリマ－40,7634
非ポリマー00
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Size-exclusion chromatography with multi-angle light scattering, equilibrium centrifugation, Analytical ultra centrifugation- sedimentation velocity experiments also confirm ...根拠: light scattering, Size-exclusion chromatography with multi-angle light scattering, equilibrium centrifugation, Analytical ultra centrifugation- sedimentation velocity experiments also confirm dimeric nature of TvCyP1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.785, 78.071, 117.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Myb1 peptide


分子量: 1023.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Minimum Binding Sequence of Myb1
由来: (合成) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
参照: UniProt: Q58HP2*PLUS
#2: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 19358.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: human parasite
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_004440 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2DT06, peptidylprolyl isomerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 30% (v/v) polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→29.45 Å / Num. obs: 22285 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 9.81
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.039 / Rsym value: 0.543 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DYW

1dyw


解像度: 2.062→29.448 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 2873 9.72 %
Rwork0.1679 --
obs0.1722 21926 71.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.062→29.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2777 0 0 161 2938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8953803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8641685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0621-2.09590.2677660.2078625X-RAY DIFFRACTION34
2.0959-2.1320.3293660.222631X-RAY DIFFRACTION36
2.132-2.17080.2957750.189696X-RAY DIFFRACTION39
2.1708-2.21250.264870.1818773X-RAY DIFFRACTION43
2.2125-2.25770.2454860.1968796X-RAY DIFFRACTION46
2.2577-2.30670.2201990.1936902X-RAY DIFFRACTION51
2.3067-2.36040.25781060.19341023X-RAY DIFFRACTION55
2.3604-2.41940.2571100.2086984X-RAY DIFFRACTION57
2.4194-2.48480.22971150.1831119X-RAY DIFFRACTION62
2.4848-2.55780.24521300.20731171X-RAY DIFFRACTION66
2.5578-2.64040.2351320.19421247X-RAY DIFFRACTION71
2.6404-2.73470.22771460.17941359X-RAY DIFFRACTION76
2.7347-2.84410.21091590.16861476X-RAY DIFFRACTION83
2.8441-2.97340.2081800.17071601X-RAY DIFFRACTION89
2.9734-3.130.2411790.17221675X-RAY DIFFRACTION93
3.13-3.32580.18371810.1771741X-RAY DIFFRACTION97
3.3258-3.58220.21581890.16421747X-RAY DIFFRACTION99
3.5822-3.9420.18071900.14441801X-RAY DIFFRACTION100
3.942-4.51060.19031930.13661757X-RAY DIFFRACTION100
4.5106-5.67620.18851950.14861790X-RAY DIFFRACTION99
5.6762-29.45050.22931890.18311773X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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