PDB-5yb0: Crystal Structure of Wild Type Phosphoserine aminotransferase (PS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yb0

タイトル

Crystal Structure of Wild Type Phosphoserine aminotransferase (PSAT) from E. histolytica

要素

Phosphoserine aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.94 Å

データ登録者

Singh, R.K. / Gourinath, S.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: N-terminal residues are crucial for quaternary structure and active site conformation for the phosphoserine aminotransferase from enteric human parasite E. histolytica.
著者: Singh, R.K. / Tomar, P. / Dharavath, S. / Kumar, S. / Gourinath, S.

履歴

登録	2017年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / software / struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yb0.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yb0.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/5yb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/5yb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yd2C 5yiiC 1bt4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yd2-d 6czy-2 2bhx-d 2vmv-1 2via-1 5wml-d 6xdk-1 1w3u-1 6xdk-2 5u21-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoserine aminotransferase

B: Phosphoserine aminotransferase

C: Phosphoserine aminotransferase

D: Phosphoserine aminotransferase

E: Phosphoserine aminotransferase

F: Phosphoserine aminotransferase

G: Phosphoserine aminotransferase

H: Phosphoserine aminotransferase

I: Phosphoserine aminotransferase

J: Phosphoserine aminotransferase

K: Phosphoserine aminotransferase

L: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

490 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Phosphoserine aminotransferase

B: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
81.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Phosphoserine aminotransferase

D: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Phosphoserine aminotransferase

H: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.7 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Phosphoserine aminotransferase

G: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.7 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Phosphoserine aminotransferase

J: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.4 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Phosphoserine aminotransferase

L: Phosphoserine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.446, 134.073, 139.064
Angle α, β, γ (deg.)	62.85, 88.58, 74.92
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	7 - 353	7 - 353
2	1	HIS	HIS	GLU	GLU	B	B	7 - 353	7 - 353
1	2	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	7 - 353	7 - 353
2	2	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	7 - 353	7 - 353
1	3	HIS	HIS	GLN	GLN	A	A	7 - 354	7 - 354
2	3	HIS	HIS	GLN	GLN	D	D	7 - 354	7 - 354
1	4	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	7 - 353	7 - 353
2	4	HIS	HIS	GLU	GLU	E	E	7 - 353	7 - 353
1	5	HIS	HIS	CYS	CYS	A	A	7 - 348	7 - 348
2	5	HIS	HIS	CYS	CYS	F	F	7 - 348	7 - 348
1	6	HIS	HIS	GLN	GLN	A	A	7 - 354	7 - 354
2	6	HIS	HIS	GLN	GLN	G	G	7 - 354	7 - 354
1	7	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	7 - 353	7 - 353
2	7	HIS	HIS	GLU	GLU	H	H	7 - 353	7 - 353
1	8	HIS	HIS	GLN	GLN	A	A	7 - 354	7 - 354
2	8	HIS	HIS	GLN	GLN	I	I	7 - 354	7 - 354
1	9	PHE	PHE	GLU	GLU	A	A	9 - 260	9 - 260
2	9	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	9 - 260	9 - 260
1	10	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	38 - 352	38 - 352
2	10	LEU	LEU	PHE	PHE	K	K	38 - 352	38 - 352
1	11	LEU	LEU	ILE	ILE	A	A	35 - 249	35 - 249
2	11	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	12	ILE	ILE	GLN	GLN	B	B	6 - 354	6 - 354
2	12	ILE	ILE	GLN	GLN	C	C	6 - 354	6 - 354
1	13	ILE	ILE	GLN	GLN	B	B	6 - 354	6 - 354
2	13	ILE	ILE	GLN	GLN	D	D	6 - 354	6 - 354
1	14	ILE	ILE	GLU	GLU	B	B	6 - 353	6 - 353
2	14	ILE	ILE	GLU	GLU	E	E	6 - 353	6 - 353
1	15	ILE	ILE	CYS	CYS	B	B	6 - 348	6 - 348
2	15	ILE	ILE	CYS	CYS	F	F	6 - 348	6 - 348
1	16	ILE	ILE	GLN	GLN	B	B	6 - 354	6 - 354
2	16	ILE	ILE	GLN	GLN	G	G	6 - 354	6 - 354
1	17	ILE	ILE	GLN	GLN	B	B	6 - 354	6 - 354
2	17	ILE	ILE	GLN	GLN	H	H	6 - 354	6 - 354
1	18	ILE	ILE	GLN	GLN	B	B	6 - 354	6 - 354
2	18	ILE	ILE	GLN	GLN	I	I	6 - 354	6 - 354
1	19	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	9 - 260	9 - 260
2	19	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	9 - 260	9 - 260
1	20	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	38 - 352	38 - 352
2	20	LEU	LEU	PHE	PHE	K	K	38 - 352	38 - 352
1	21	LEU	LEU	ILE	ILE	B	B	35 - 249	35 - 249
2	21	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	22	ILE	ILE	GLN	GLN	C	C	6 - 354	6 - 354
2	22	ILE	ILE	GLN	GLN	D	D	6 - 354	6 - 354
1	23	ILE	ILE	GLU	GLU	C	C	6 - 353	6 - 353
2	23	ILE	ILE	GLU	GLU	E	E	6 - 353	6 - 353
1	24	ILE	ILE	CYS	CYS	C	C	6 - 348	6 - 348
2	24	ILE	ILE	CYS	CYS	F	F	6 - 348	6 - 348
1	25	ILE	ILE	GLN	GLN	C	C	6 - 354	6 - 354
2	25	ILE	ILE	GLN	GLN	G	G	6 - 354	6 - 354
1	26	ILE	ILE	GLN	GLN	C	C	6 - 354	6 - 354
2	26	ILE	ILE	GLN	GLN	H	H	6 - 354	6 - 354
1	27	ILE	ILE	GLN	GLN	C	C	6 - 354	6 - 354
2	27	ILE	ILE	GLN	GLN	I	I	6 - 354	6 - 354
1	28	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	9 - 260	9 - 260
2	28	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	9 - 260	9 - 260
1	29	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	38 - 352	38 - 352
2	29	LEU	LEU	PHE	PHE	K	K	38 - 352	38 - 352
1	30	LEU	LEU	ILE	ILE	C	C	35 - 249	35 - 249
2	30	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	31	ILE	ILE	GLU	GLU	D	D	6 - 353	6 - 353
2	31	ILE	ILE	GLU	GLU	E	E	6 - 353	6 - 353
1	32	ILE	ILE	CYS	CYS	D	D	6 - 348	6 - 348
2	32	ILE	ILE	CYS	CYS	F	F	6 - 348	6 - 348
1	33	ILE	ILE	GLN	GLN	D	D	6 - 354	6 - 354
2	33	ILE	ILE	GLN	GLN	G	G	6 - 354	6 - 354
1	34	ILE	ILE	GLN	GLN	D	D	6 - 354	6 - 354
2	34	ILE	ILE	GLN	GLN	H	H	6 - 354	6 - 354
1	35	ILE	ILE	GLN	GLN	D	D	6 - 354	6 - 354
2	35	ILE	ILE	GLN	GLN	I	I	6 - 354	6 - 354
1	36	PHE	PHE	GLU	GLU	D	D	9 - 260	9 - 260
2	36	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	9 - 260	9 - 260
1	37	LEU	LEU	PHE	PHE	D	D	38 - 352	38 - 352
2	37	LEU	LEU	PHE	PHE	K	K	38 - 352	38 - 352
1	38	LEU	LEU	ILE	ILE	D	D	35 - 249	35 - 249
2	38	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	39	ILE	ILE	CYS	CYS	E	E	6 - 348	6 - 348
2	39	ILE	ILE	CYS	CYS	F	F	6 - 348	6 - 348
1	40	ILE	ILE	GLU	GLU	E	E	6 - 353	6 - 353
2	40	ILE	ILE	GLU	GLU	G	G	6 - 353	6 - 353
1	41	ILE	ILE	GLU	GLU	E	E	6 - 353	6 - 353
2	41	ILE	ILE	GLU	GLU	H	H	6 - 353	6 - 353
1	42	ILE	ILE	GLU	GLU	E	E	6 - 353	6 - 353
2	42	ILE	ILE	GLU	GLU	I	I	6 - 353	6 - 353
1	43	PHE	PHE	GLU	GLU	E	E	9 - 260	9 - 260
2	43	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	9 - 260	9 - 260
1	44	LEU	LEU	PHE	PHE	E	E	38 - 352	38 - 352
2	44	LEU	LEU	PHE	PHE	K	K	38 - 352	38 - 352
1	45	LEU	LEU	ILE	ILE	E	E	35 - 249	35 - 249
2	45	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	46	ILE	ILE	CYS	CYS	F	F	6 - 348	6 - 348
2	46	ILE	ILE	CYS	CYS	G	G	6 - 348	6 - 348
1	47	ILE	ILE	CYS	CYS	F	F	6 - 348	6 - 348
2	47	ILE	ILE	CYS	CYS	H	H	6 - 348	6 - 348
1	48	ILE	ILE	CYS	CYS	F	F	6 - 348	6 - 348
2	48	ILE	ILE	CYS	CYS	I	I	6 - 348	6 - 348
1	49	PHE	PHE	GLU	GLU	F	F	9 - 260	9 - 260
2	49	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	9 - 260	9 - 260
1	50	LEU	LEU	LYS	LYS	F	F	38 - 347	38 - 347
2	50	LEU	LEU	LYS	LYS	K	K	38 - 347	38 - 347
1	51	LEU	LEU	ILE	ILE	F	F	35 - 249	35 - 249
2	51	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	52	ILE	ILE	GLN	GLN	G	G	6 - 354	6 - 354
2	52	ILE	ILE	GLN	GLN	H	H	6 - 354	6 - 354
1	53	ILE	ILE	GLN	GLN	G	G	6 - 354	6 - 354
2	53	ILE	ILE	GLN	GLN	I	I	6 - 354	6 - 354
1	54	PHE	PHE	GLU	GLU	G	G	9 - 260	9 - 260
2	54	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	9 - 260	9 - 260
1	55	LEU	LEU	PHE	PHE	G	G	38 - 352	38 - 352
2	55	LEU	LEU	PHE	PHE	K	K	38 - 352	38 - 352
1	56	LEU	LEU	ILE	ILE	G	G	35 - 249	35 - 249
2	56	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	57	ILE	ILE	GLN	GLN	H	H	6 - 354	6 - 354
2	57	ILE	ILE	GLN	GLN	I	I	6 - 354	6 - 354
1	58	PHE	PHE	GLU	GLU	H	H	9 - 260	9 - 260
2	58	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	9 - 260	9 - 260
1	59	LEU	LEU	PHE	PHE	H	H	38 - 352	38 - 352
2	59	LEU	LEU	PHE	PHE	K	K	38 - 352	38 - 352
1	60	LEU	LEU	ILE	ILE	H	H	35 - 249	35 - 249
2	60	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	61	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	9 - 260	9 - 260
2	61	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	9 - 260	9 - 260
1	62	LEU	LEU	PHE	PHE	I	I	38 - 352	38 - 352
2	62	LEU	LEU	PHE	PHE	K	K	38 - 352	38 - 352
1	63	LEU	LEU	ILE	ILE	I	I	35 - 249	35 - 249
2	63	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	64	LEU	LEU	GLU	GLU	J	J	38 - 260	38 - 260
2	64	LEU	LEU	GLU	GLU	K	K	38 - 260	38 - 260
1	65	LEU	LEU	ILE	ILE	J	J	35 - 249	35 - 249
2	65	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	35 - 249	35 - 249
1	66	LEU	LEU	ILE	ILE	K	K	38 - 249	38 - 249
2	66	LEU	LEU	ILE	ILE	L	L	38 - 249	38 - 249

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.991396, -0.028755, -0.127698), (-0.028831, -0.999584, 0.00125), (-0.12768, 0.002443, -0.991812)	-4.42575, -29.810089, -61.692909
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(-0.997227, -0.004659, -0.074274), (0.031301, 0.879202, -0.47542), (0.067517, -0.476426, -0.876618)	-9.85708, -17.743139, -135.035782
5	given	(1), (1), (1)
6	given	(-0.997919, 0.062511, 0.015802), (-0.047176, -0.874942, 0.481924), (0.043952, 0.480175, 0.876071)	1.67634, -10.79655, 73.258339
7	given	(1), (1), (1)
8	given	(0.104575, 0.674384, 0.730938), (0.62579, -0.615846, 0.478666), (0.77295, 0.407357, -0.486425)	39.960041, -41.27449, -23.780121
9	given	(1), (1), (1)
10	given	(0.018616, -0.717311, -0.696504), (0.604821, 0.562789, -0.563436), (0.796144, -0.410772, 0.444322)	-23.14794, -54.646198, -6.91186
11	given	(1), (1), (1)
12	given	(-0.081285, -0.661993, -0.74509), (-0.605443, -0.561035, 0.564516), (-0.791727, 0.496996, -0.355195)	-25.99765, 25.165211, -52.33287
13	given	(1), (1), (1)
14	given	(0.00126, 0.61889, 0.785476), (-0.623019, 0.614891, -0.483484), (-0.782206, -0.488757, 0.386355)	38.661049, 11.60818, -43.534389
15	given	(1), (1), (1)
16	given	(-0.329173, 0.379945, -0.864458), (0.796919, 0.602858, -0.038488), (0.506522, -0.701572, -0.50123)	-52.373562, 42.406849, -122.738564
17	given	(1), (1), (1)
18	given	(-0.384335, 0.447571, -0.807445), (-0.789533, -0.612638, 0.036221), (-0.47846, 0.651425, 0.58883)	-42.718609, -72.819763, 65.260307
19	given	(1), (1), (1)
20	given	(-0.232045, -0.370012, 0.899581), (0.812964, -0.581566, -0.029505), (0.534083, 0.724481, 0.435756)	76.590363, -14.28892, 28.601971
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129	given	(1), (1), (1)
130	given	(0.994356, 0.041482, -0.097654), (0.042371, -0.999077, 0.007047), (-0.097271, -0.011145, -0.995196)	-10.49731, -92.517967, -185.011292
131	given	(1), (1), (1)
132	given	(-0.86749, 0.211481, -0.450264), (0.21385, -0.658691, -0.721384), (-0.449144, -0.722082, 0.526182)	-66.54425, -89.553093, -62.073631

#1: タンパク質	Phosphoserine aminotransferase / Phosphoserine aminotransferase / putative 分子量: 40584.965 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EhPSAT, EHI_026360 / プラスミド: pET21C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60I38, phosphoserine transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25-30% PEG 3350 (w/v), 100 mM Tris pH 6.5, 200mM sodium formate, 5 % glycerol (v/v)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77.15 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.888
1	1	H, H-K, -L	2	0.112

反射

解像度: 2.94→50.15 Å / Num. obs: 76771 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 14.911

反射シェル

解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.881 / % possible all: 85.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ収集
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BT4

1bt4

解像度: 2.94→50.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.883 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 42.403 / SU ML: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.301	3764	4.9 %	RANDOM
R_work	0.265	-	-	-
obs	0.267	73001	87.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.03 Å²	-37.97 Å²	23.05 Å²
2-	-	-6.13 Å²	8.3 Å²
3-	-	-	-2.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.94→50.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27082	0	165	155	27402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	27656
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	25136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.553	1.967	37611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.091	3	57361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.333	5	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.526	25.109	873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.187	15	4088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.811	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	4485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	32192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	5782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1601	tight positional	0.13	0.17
1	A	1221	tight positional	0.1	0.17
1	A	3213	tight positional	0.13	0.17
1	A	3076	tight positional	0.13	0.17
1	A	2845	tight positional	0.12	0.17
1	A	2599	tight positional	0.17	0.17
1	A	2891	tight positional	0.15	0.17
1	A	2354	tight positional	0.15	0.17
1	A	2426	tight positional	0.12	0.17
1	A	1480	tight positional	0.12	0.17
2	A	1601	tight positional	0.12	0.17
2	A	1221	tight positional	0.11	0.17
2	A	3074	tight positional	0.11	0.17
2	A	2835	tight positional	0.11	0.17
2	A	2599	tight positional	0.16	0.17
2	A	2881	tight positional	0.13	0.17
2	A	2354	tight positional	0.13	0.17
2	A	2416	tight positional	0.09	0.17
2	A	1480	tight positional	0.09	0.17
2	A	1601	tight positional	0.13	0.17
3	A	1221	tight positional	0.1	0.17
3	A	2790	tight positional	0.22	0.17
3	A	2567	tight positional	0.15	0.17
3	A	2822	tight positional	0.3	0.17
3	A	2333	tight positional	0.12	0.17
3	A	2362	tight positional	0.09	0.17
3	A	1469	tight positional	0.1	0.17
3	A	1580	tight positional	0.12	0.17
3	A	1215	tight positional	0.09	0.17
3	A	2536	tight positional	0.15	0.17
4	A	2686	tight positional	0.29	0.17
4	A	2248	tight positional	0.12	0.17
4	A	2262	tight positional	0.08	0.17
4	A	1471	tight positional	0.1	0.17
4	A	1546	tight positional	0.12	0.17
4	A	1212	tight positional	0.1	0.17
4	A	2435	tight positional	0.14	0.17
4	A	2094	tight positional	0.16	0.17
4	A	2096	tight positional	0.14	0.17
4	A	1480	tight positional	0.11	0.17
5	A	1429	tight positional	0.18	0.17
5	A	1221	tight positional	0.09	0.17
5	A	2209	tight positional	0.16	0.17
5	A	2308	tight positional	0.25	0.17
5	A	1407	tight positional	0.1	0.17
5	A	1564	tight positional	0.15	0.17
5	A	1177	tight positional	0.08	0.17
5	A	2012	tight positional	0.1	0.17
5	A	1387	tight positional	0.12	0.17
5	A	1525	tight positional	0.14	0.17
6	A	1168	tight positional	0.11	0.17
6	A	1418	tight positional	0.09	0.17
6	A	1424	tight positional	0.08	0.17
6	A	1178	tight positional	0.08	0.17
6	A	1023	tight positional	0.08	0.17
6	A	1141	tight positional	0.1	0.17
6	A	990	tight positional	0.09	0.17
1	A	3279	tight thermal	4.61	1.66
2	A	3188	tight thermal	5.97	1.66
3	A	3061	tight thermal	5.58	1.66
4	A	2830	tight thermal	5.33	1.66
5	A	2593	tight thermal	7.37	1.66
6	A	2876	tight thermal	9.11	1.66
7	A	2338	tight thermal	6.9	1.66
8	A	2411	tight thermal	7.36	1.66
9	A	1480	tight thermal	5.78	1.66
10	A	1601	tight thermal	12.65	1.66
11	A	1221	tight thermal	11.59	1.66
12	B	3213	tight thermal	5.39	1.66
13	B	3076	tight thermal	5.46	1.66
14	B	2845	tight thermal	5.1	1.66
15	B	2599	tight thermal	6.81	1.66
16	B	2891	tight thermal	8.68	1.66
17	B	2354	tight thermal	7.76	1.66
18	B	2426	tight thermal	7.23	1.66
19	B	1480	tight thermal	5.28	1.66
20	B	1601	tight thermal	11.82	1.66
21	B	1221	tight thermal	10.96	1.66
22	C	3074	tight thermal	5.38	1.66
23	C	2835	tight thermal	5.43	1.66
24	C	2599	tight thermal	5.21	1.66
25	C	2881	tight thermal	6.95	1.66
26	C	2354	tight thermal	9.05	1.66
27	C	2416	tight thermal	6.22	1.66
28	C	1480	tight thermal	5.73	1.66
29	C	1601	tight thermal	10.2	1.66
30	C	1221	tight thermal	9.37	1.66
31	D	2790	tight thermal	5.95	1.66
32	D	2567	tight thermal	5.84	1.66
33	D	2822	tight thermal	8	1.66
34	D	2333	tight thermal	8.76	1.66
35	D	2362	tight thermal	6.68	1.66
36	D	1469	tight thermal	5.97	1.66
37	D	1580	tight thermal	11.69	1.66
38	D	1215	tight thermal	10.19	1.66
39	E	2536	tight thermal	6.65	1.66
40	E	2686	tight thermal	8.27	1.66
41	E	2248	tight thermal	6.72	1.66
42	E	2262	tight thermal	7.18	1.66
43	E	1471	tight thermal	4.78	1.66
44	E	1546	tight thermal	11.76	1.66
45	E	1212	tight thermal	10.74	1.66
46	F	2435	tight thermal	5.67	1.66
47	F	2094	tight thermal	10.62	1.66
48	F	2096	tight thermal	6.64	1.66
49	F	1480	tight thermal	6.47	1.66
50	F	1429	tight thermal	8.87	1.66
51	F	1221	tight thermal	7.64	1.66
52	G	2209	tight thermal	12.41	1.66
53	G	2308	tight thermal	7.28	1.66
54	G	1407	tight thermal	8.67	1.66
55	G	1564	tight thermal	7.44	1.66
56	G	1177	tight thermal	6.27	1.66
57	H	2012	tight thermal	10.35	1.66
58	H	1387	tight thermal	6.95	1.66
59	H	1525	tight thermal	15.71	1.66
60	H	1168	tight thermal	14.07	1.66
61	I	1418	tight thermal	8.25	1.66
62	I	1424	tight thermal	11.18	1.66
63	I	1178	tight thermal	9.07	1.66
64	J	1023	tight thermal	13.07	1.66
65	J	1141	tight thermal	10.63	1.66
66	K	990	tight thermal	8.04	1.66

LS精密化シェル

解像度: 2.94→3.02 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.432	19	-
R_work	0.272	515	-
obs	-	-	8.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3436	0.0785	0.4333	1.5958	-0.2324	2.8989	-0.0212	0.1488	-0.1079	-0.2775	0.0961	0.1087	-0.0145	-0.206	-0.0749	0.2719	0.1514	-0.1045	0.1657	-0.0732	0.0666	-12.6961	-20.2716	-45.9012
2	1.4312	0.2053	-0.1176	2.0681	0.1861	3.0281	0.0905	-0.1826	0.1582	0.3851	-0.0111	0.0764	-0.3698	-0.1125	-0.0794	0.3766	0.1821	-0.0088	0.1592	-0.064	0.0715	-10.5102	-9.2821	-14.592
3	1.6149	1.2737	0.5022	3.6921	1.8578	2.5012	0.0942	-0.3358	0.0021	0.3396	-0.1447	0.0897	0.0735	0.279	0.0506	0.1354	0.0702	-0.0483	0.3192	-0.0701	0.0397	8.6225	-45.1011	-76.925
4	1.5551	0.9777	0.4851	3.2706	1.3527	2.585	-0.462	0.2776	0.0962	-1.2447	0.5942	0.1614	-0.6434	0.4766	-0.1322	0.589	-0.1244	-0.1039	0.4432	-0.0893	0.1076	9.1026	-48.8812	-108.7573
5	1.6796	0.9195	-0.1514	3.2184	-1.5275	3.8091	0.1426	-0.168	-0.3898	0.3294	0.0035	0.1225	-0.2972	-0.1928	-0.1462	0.2401	0.1592	-0.1011	0.2549	0.071	0.2775	-9.1253	-55.7417	-18.5853
6	2.2992	0.5768	0.162	2.2636	-0.7007	3.6167	-0.0423	-0.053	0.5802	-0.2584	0.083	0.297	0.2487	-0.5119	-0.0407	0.2192	0.1112	-0.0612	0.2094	-0.0058	0.1849	-8.9574	24.1518	-42.4297
7	2.3083	0.1781	1.834	2.4014	-1.1717	3.2222	-0.0449	0.4317	0.3688	-0.1723	-0.4764	-0.4558	0.1075	1.114	0.5212	0.193	0.2144	0.0962	0.5734	0.2238	0.1926	21.6822	20.2516	-38.2688
8	2.3927	1.2833	-1.2305	2.5737	-1.7573	2.1222	0.039	-0.2165	-0.7794	0.1957	-0.6475	-0.7846	-0.1301	1.1716	0.6085	0.4606	0.072	-0.3943	1.027	0.2233	0.7531	20.7068	-51.4708	-25.3582
9	2.5086	0.2734	-1.4622	2.1655	-0.4012	3.1003	-0.3954	0.2722	0.152	-0.4535	0.2743	0.7061	0.5004	-0.512	0.1211	0.448	-0.0418	-0.2464	0.4152	0.0437	0.5311	-23.6047	-77.3737	-70.399
10	3.2792	1.3639	-2.3576	3.392	-1.6646	2.0878	-0.8109	0.1927	-0.4927	-1.0371	0.4362	-0.1307	0.8317	0.0954	0.3748	1.0373	0.0625	-0.0426	0.5215	-0.0171	0.2313	-1.7038	-83.0144	-85.928
11	2.4609	-0.8027	0.0008	3.1044	1.588	4.0487	0.1476	-0.2524	-0.0209	-0.4198	-0.3425	0.7962	-0.4593	-0.5624	0.1949	0.5316	0.0381	-0.3104	0.2053	-0.055	0.3563	-24.5984	-18.7136	-110.9696
12	4.4812	0.1686	1.3163	4.6186	0.8272	2.3075	-0.0713	-0.4772	0.4728	0.112	0.2019	-0.5844	-0.3321	0.5002	-0.1306	0.6236	-0.1289	-0.1591	0.4414	-0.088	0.2422	-1.1278	-11.7194	-96.525

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 354
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 514
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 354
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 402
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501 - 512
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 354
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	501 - 516
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 354
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501 - 511
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	6 - 353
14	X-RAY DIFFRACTION	5	E	401 - 402
15	X-RAY DIFFRACTION	5	E	501 - 518
16	X-RAY DIFFRACTION	6	F	6 - 348
17	X-RAY DIFFRACTION	6	F	401
18	X-RAY DIFFRACTION	6	F	501 - 509
19	X-RAY DIFFRACTION	7	G	6 - 354
20	X-RAY DIFFRACTION	7	G	401
21	X-RAY DIFFRACTION	7	G	501 - 513
22	X-RAY DIFFRACTION	8	H	6 - 354
23	X-RAY DIFFRACTION	8	H	401
24	X-RAY DIFFRACTION	8	H	501 - 519
25	X-RAY DIFFRACTION	9	I	6 - 354
26	X-RAY DIFFRACTION	9	I	401
27	X-RAY DIFFRACTION	9	I	501 - 523
28	X-RAY DIFFRACTION	10	J	9 - 261
29	X-RAY DIFFRACTION	10	J	401 - 410
30	X-RAY DIFFRACTION	11	K	38 - 353
31	X-RAY DIFFRACTION	11	K	401
32	X-RAY DIFFRACTION	11	K	501 - 508
33	X-RAY DIFFRACTION	12	L	35 - 250
34	X-RAY DIFFRACTION	12	L	401 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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