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万見
- PDB-5yam: Solution structure of mice Met-CCL5/RANTES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yam
タイトルSolution structure of mice Met-CCL5/RANTES
要素C-C motif chemokine 5
キーワードCYTOKINE / inflammatory / heparin / dimer / antagonist / chemokine
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 1 cell diapedesis / Chemokine receptors bind chemokines / pseudopodium assembly / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / lymphocyte chemotaxis / : / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / positive regulation of mast cell chemotaxis ...T-helper 1 cell diapedesis / Chemokine receptors bind chemokines / pseudopodium assembly / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / lymphocyte chemotaxis / : / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / positive regulation of mast cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / G alpha (i) signalling events / regulation of programmed cell death / CCR chemokine receptor binding / neutrophil activation / positive regulation of T cell apoptotic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / positive regulation of fever generation / negative regulation of T cell apoptotic process / regulation of T cell activation / positive regulation of calcium ion transport / eosinophil chemotaxis / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of monocyte chemotaxis / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / chemokine activity / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of viral genome replication / phospholipase activator activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell migration / chemoattractant activity / response to type II interferon / exocytosis / cellular response to interleukin-1 / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T cell migration / response to tumor necrosis factor / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of neuron differentiation / regulation of insulin secretion / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of epithelial cell proliferation / cell chemotaxis / response to cytokine / epithelial cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / heparin binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chen, Y.-C. / Chen, S.-P. / Lee, Y.-Z. / Sue, S.-C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
MOST106-2113-M-007 -020 台湾
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Integrative Model to Coordinate the Oligomerization and Aggregation Mechanisms of CCL5.
著者: Chen, Y.C. / Chen, S.P. / Li, J.Y. / Chen, P.C. / Lee, Y.Z. / Li, K.M. / Zarivach, R. / Sun, Y.J. / Sue, S.C.
履歴
登録2017年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 5
B: C-C motif chemokine 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0322
ポリマ－16,0322
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1040 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10150 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 5 / MuRantes / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T-cell-specific protein RANTES


分子量: 8016.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ccl5, Scya5
発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRH1T (その他)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30882

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HN(CO)CA
161isotropic13D HN(COCA)CB
1121isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D H(CCO)NH
1101isotropic13D C(CO)NH
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY
181isotropic23D (H)CCH-COSY
171isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1131isotropic23D 1H-15N NOESY
1141isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1161isotropic22D (HB)CB(CGCD)HD
1171isotropic22D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 200 uM [U-13C; U-15N] C-C motif chemokine 5, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 200 uM / 構成要素: C-C motif chemokine 5 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 3.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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