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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yak | ||||||
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タイトル | The crystal structure of human IYD Thr239 mutant with ligand 3-Fluorotyrosine (F-Tyr) | ||||||
要素 | Iodotyrosine deiodinase 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / hIYD / FMN / MFT / T239A mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iodotyrosine deiodinase / iodotyrosine deiodinase activity / Thyroxine biosynthesis / tyrosine metabolic process / thyroid hormone metabolic process / cytoplasmic vesicle membrane / FMN binding / oxidoreductase activity / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, J.M. / Rokita, S.E. / Schlessman, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019 タイトル: Redox control of iodotyrosine deiodinase 著者: Hu, J. / Su, Q. / Schlessman, J.L. / Rokita, S.E. #1: ジャーナル: To Be Published タイトル: The role of Thr239 on the catalysis of hIYD 著者: Hu, J.M. / Rokita, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yak.cif.gz | 286 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yak.ent.gz | 229.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yak.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yak_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yak_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5yak_validation.xml.gz | 51 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yak_validation.cif.gz | 69.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5yak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5yak | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4ttcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30537.951 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 32-289 / 変異: T239A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FMN(flavin mononucleotide) YOF(3-monofluorotyrosine) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IYD, C6orf71, DEHAL1 / プラスミド: pET28-SUMO / 詳細 (発現宿主): sumo fusion N-terminal / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q6PHW0, iodotyrosine deiodinase #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | ChemComp-YOF / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.17 M sodium acetate, 85 mM Tris-HCl (pH 8.5), 22.5 % w/v polyethylene glycol 4,000 and 15 % glycerol. PH範囲: 7.4-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.52 Å / Num. obs: 82734 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 41.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.084 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4TTC 解像度: 2.3→46.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.406 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→46.52 Å
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拘束条件 |
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