PDB-5ya0: Crystal structure of LsrK and HPr complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ya0

タイトル

Crystal structure of LsrK and HPr complex

要素

Autoinducer-2 kinase
Phosphocarrier protein HPr

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / quorum sensing

機能・相同性

機能・相同性情報

autoinducer-2 kinase / autoinducer-2 kinase activity / phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of carbon utilization / quorum sensing / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / single-species biofilm formation / enzyme inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.997 Å

データ登録者

Ryu, K.S. / Ha, J.H.

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: Evidence of link between quorum sensing and sugar metabolism inEscherichia colirevealed via cocrystal structures of LsrK and HPr
著者: Ha, J.H. / Hauk, P. / Cho, K. / Eo, Y. / Ma, X. / Stephens, K. / Cha, S. / Jeong, M. / Suh, J.Y. / Sintim, H.O. / Bentley, W.E. / Ryu, K.S.

履歴

登録	2017年8月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ya0.cif.gz	450 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ya0.ent.gz	373.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ya0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5ya0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5ya0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ya1C 5ya2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ya1-2 5ya2-1 4tsm-1 6d1u-2 1pgw-d 6uht-1 6smf-d 5l3x-d 6uht-2 5ya1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Autoinducer-2 kinase

B: Autoinducer-2 kinase

C: Phosphocarrier protein HPr

D: Phosphocarrier protein HPr

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Autoinducer-2 kinase

C: Phosphocarrier protein HPr

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Autoinducer-2 kinase

D: Phosphocarrier protein HPr

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.156, 101.156, 344.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Autoinducer-2 kinase / AI-2 kinase 分子量: 58854.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lsrK, ydeV, b1511, JW1504 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77432, autoinducer-2 kinase
#2: タンパク質	Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein 分子量: 9129.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ptsH, hpr, b2415, JW2408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AA04, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ
#3: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 5~20% (v/v) PEG-400, 0.1 M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), and 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 41480 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 22.2
反射シェル	解像度: 2.9972→3.0721 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000	1.9_1692	データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.997→48.004 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 23.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2387	1991	4.8 %
R_work	0.1988	-	-
obs	0.2007	41468	98.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.997→48.004 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8578	0	46	33	8657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8784
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.973	11934
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.924	3146
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9972-3.0721	0.3388	139	0.3301	2729	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0721-3.1552	0.3412	135	0.3107	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1552-3.248	0.3537	138	0.2762	2748	X-RAY DIFFRACTION	98
3.248-3.3528	0.263	140	0.2735	2756	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3528-3.4726	0.2858	140	0.2426	2790	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4726-3.6116	0.2764	144	0.2259	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6116-3.7759	0.2546	139	0.2243	2772	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7759-3.9749	0.2312	141	0.1895	2804	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9749-4.2238	0.2059	146	0.1702	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2238-4.5497	0.1919	137	0.1519	2828	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5497-5.0071	0.1894	147	0.1511	2824	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0071-5.7306	0.2493	140	0.1796	2870	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7306-7.216	0.2087	149	0.2026	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
7.216-48.0104	0.2321	156	0.1795	3067	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0639	-1.493	0.9111	3.7999	0.3747	3.298	0.1252	0.3304	0.8339	-0.082	-0.0284	0.4834	-1.202	-1.1953	-0.1146	0.9279	0.5714	0.098	1.1428	0.1267	0.7886	21.103	23.7767	36.5211
2	4.9522	1.0717	-0.8317	2.0195	0.4624	4.4539	0.2461	0.1549	0.3501	-0.1301	-0.0192	-0.1324	-0.6501	-0.2656	-0.2633	0.7625	0.302	0.0343	0.4984	0.1056	0.5428	43.8839	16.6283	38.6487
3	1.2895	-0.5053	-0.476	0.9019	-0.0914	2.0259	0.1815	0.5753	0.02	-0.2401	-0.1516	-0.0016	-0.2784	-0.5735	0.0013	0.7057	0.4752	-0.0513	1.0804	0.0922	0.7135	33.5302	18.2719	12.0495
4	8.8069	0.7304	-6.2763	3.5624	-1.3663	4.9718	-0.4039	0.9119	-0.3873	-0.6733	0.0869	-0.0957	0.8953	-1.0049	0.1036	0.6233	0.2128	-0.0592	0.9345	0.0319	0.7775	26.4762	8.8482	14.4792
5	6.8128	-0.5374	-1.8891	2.6518	-0.8333	3.4544	0.104	0.3663	-0.8656	-0.0446	0.0207	-0.5075	1.3885	1.3105	-0.046	0.8618	0.5965	-0.1123	1.1958	-0.1408	0.8242	80.0587	-23.773	36.4674
6	5.3155	0.9411	0.3259	1.8888	-0.7789	4.1836	0.2286	0.1117	-0.3353	-0.1225	-0.0469	0.0876	0.6509	0.3412	-0.168	0.7993	0.2915	-0.0529	0.4883	-0.1189	0.5255	57.2581	-16.6479	38.6565
7	1.48	-0.9781	0.4655	0.6304	-0.1396	1.6746	0.191	0.5695	-0.0498	-0.2397	-0.2056	-0.0538	0.3009	0.4902	-0.0024	0.7073	0.4638	0.0669	1.0782	-0.1127	0.6747	67.6249	-18.296	12.0648
8	3.778	0.5191	3.2568	4.2673	2.4353	3.8164	-0.3515	0.6967	0.2777	-0.6971	0.2257	0.1614	-0.7044	0.8512	-0.2289	0.587	0.1728	0.0512	1.1267	-0.0081	0.787	74.6554	-8.8478	14.3912
9	6.314	-2.5265	1.9158	7.7086	-5.5178	4.4294	0.6764	-0.2601	1.4784	0.498	-1.9933	0.1043	-0.8256	3.3929	0.8773	1.0648	-0.3298	0.0887	1.006	-0.0239	0.7119	70.9364	21.9546	49.7037
10	7.6029	-3.7347	5.4404	3.1773	-4.5435	6.5117	-0.0764	0.2374	0.2013	-0.7534	0.4726	-0.3949	0.6107	0.4561	-0.5137	0.7752	0.0151	-0.0028	0.765	-0.0772	0.5238	64.8514	13.2552	46.6531
11	6.8412	-4.5043	2.9016	8.9022	-0.2139	6.3696	0.125	-0.3354	0.0648	1.4146	0.0512	0.3165	-1.4378	0.6776	-0.0915	0.6232	-0.1656	0.1063	0.6326	0.0196	0.5059	63.0877	20.0802	49.9727
12	3.874	2.0189	-3.6324	1.4505	-1.9923	3.9081	0.4144	0.4698	-0.5785	-0.075	-1.1119	-1.7661	-2.1905	2.6916	0.6428	1.1011	-0.201	0.0086	1.4666	0.014	0.87	73.5551	13.5558	50.1632
13	8.2251	-3.5702	-3.9729	4.53	5.2066	5.9169	0.4588	-0.1887	-1.873	0.6367	-1.9115	0.081	0.6589	-3.111	0.9968	0.8361	-0.2628	-0.1431	0.7979	0.0792	0.7927	30.2532	-21.9567	49.7192
14	6.1337	-2.9605	-4.3674	8.1929	4.0477	3.6654	-0.0854	0.2913	0.0056	-0.2966	0.4987	0.4001	-0.8534	-0.2989	-0.5254	0.714	0.0183	0.0295	0.7772	0.0107	0.5656	36.2294	-13.258	46.6394
15	9.5292	-6.6339	-1.6991	9.3011	-1.8647	3.1452	0.2576	-0.235	-0.3529	1.4678	0.0524	-0.2139	1.4088	-0.7529	-0.3847	0.7263	-0.2723	-0.0829	0.6982	-0.0993	0.5156	38.0824	-20.0619	49.993
16	3.7463	2.7384	3.8182	1.9927	2.7627	3.9225	0.0653	1.2318	0.5711	-0.0888	-0.8369	1.7774	1.7265	-2.662	0.6548	1.018	-0.1222	-0.0274	1.6251	-0.1332	0.9061	27.6654	-13.536	50.2002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 240 through 455 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 456 through 505 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 10 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 92 through 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 240 through 455 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 456 through 505 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 15 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 16 through 37 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 38 through 69 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 70 through 85 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 15 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 16 through 37 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 38 through 69 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 70 through 85 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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