PDB-5y9c: Crystal structure of HPV58 pentamer in complex with the Fab fragm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y9c

タイトル

Crystal structure of HPV58 pentamer in complex with the Fab fragment of antibody A12A3

要素

Major capsid protein L1
heavy chain of Fab fragment of antibody A12A3
light chain of Fab fragment of antibody A12A3

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / capsid protein / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.443 Å

データ登録者

Li, S.W. / Li, Z.H.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China	31670935	中国
National Natural Science Foundation of China	81671645	中国
National Natural Science Foundation of China	81571996	中国
Natural Science Foundation of Fujian Province	2015YZ0002	中国

引用

ジャーナル: mBio / 年: 2017
タイトル: Crystal Structures of Two Immune Complexes Identify Determinants for Viral Infectivity and Type-Specific Neutralization of Human Papillomavirus.
著者: Zhihai Li / Daning Wang / Ying Gu / Shuo Song / Maozhou He / Jingjie Shi / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Jinjin Li / Hai Yu / Qingbing Zheng / Xiaodong Yan / Timothy S Baker / Jun Zhang / ...
要旨: Persistent, high-risk human papillomavirus (HPV) infection is the primary cause of cervical cancer. Neutralizing antibodies elicited by L1-only virus-like particles (VLPs) can block HPV infection; ...Persistent, high-risk human papillomavirus (HPV) infection is the primary cause of cervical cancer. Neutralizing antibodies elicited by L1-only virus-like particles (VLPs) can block HPV infection; however, the lack of high-resolution structures has limited our understanding of the mode of virus infection and the requirement for type specificity at the molecular level. Here, we describe two antibodies, A12A3 and 28F10, that specifically bind to and neutralize HPV58 and HPV59, respectively, through two distinct binding stoichiometries. We show that the epitopes of A12A3 are clustered in the DE loops of two adjacent HPV58 L1 monomers, whereas 28F10 recognizes the HPV59 FG loop of a single monomer. Via structure-based mutagenesis and analysis of antibody binding, we further identified the residues HPV58 D154, S168, and N170 and HPV59 M267, Q270, E273, Y276, K278, and R283, which play critical roles in virus infection. By substituting these strategic epitope residues into other HPV genotypes, we could then redirect the type-specific binding of the antibodies to these genotypes, thus highlighting the importance of these specific residues, HPV58 R161, S168, and N308 and HPV59 Q270, E273, and D281. Overall, our findings provide molecular insights into potential structural determinants of HPV required for infectivity and type specificity. High-risk human papillomaviruses (HPVs) are considered the major causative pathogens of cancers that affect epithelial mucosa, such as cervical cancer. However, because of the lack of high-resolution structural information on the sites of neutralization, we have yet to determine the precise mode of HPV infection and how different types of HPV cause infection. Our crystal structures in this study have uncovered discrete binding stoichiometries for two different antibodies. We show that one A12A3 Fab binds to the center of one HPV58 pentamer, whereas five 28F10 Fabs bind along the top fringe of one HPV59 pentamer. Furthermore, through targeted epitope analysis, we show that 6 to 7 discontinuous residues of the L1 major capsid protein of HPV are determinants, at least in part, for virus infection and type specificity. This knowledge will help us to unravel the process of HPV infection and can potentially be used to drive the development of therapeutics that target neutralization-sensitive sites.

履歴

登録	2017年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y9c.cif.gz	1003.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y9c.ent.gz	840.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6809C 6814C 5y9eC 5y9fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wsl-d 3x0y-d 6dvc-d 6a70-d 3x0x-d 6vtt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (4) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (2)

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「今月の分子」の関連する項目

#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (4)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

H: heavy chain of Fab fragment of antibody A12A3

L: light chain of Fab fragment of antibody A12A3

323 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.571, 102.600, 138.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Major capsid protein L1 分子量: 55250.492 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP RESIDUES 36-524 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 58 (パピローマウイルス) 遺伝子: L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26535
#2: 抗体	heavy chain of Fab fragment of antibody A12A3 分子量: 23374.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	light chain of Fab fragment of antibody A12A3 分子量: 23729.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 14% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 41030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 10.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.443→47.861 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	2024	4.94 %
R_work	0.2023	-	-
obs	0.2046	40995	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.443→47.861 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19789	0	0	0	19789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	20307
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.507	27566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.589	12022
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2956
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4425-3.5286	0.3149	127	0.287	2662	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5286-3.6239	0.3601	129	0.2702	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6239-3.7305	0.3137	144	0.26	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7305-3.8509	0.2795	144	0.2454	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8509-3.9885	0.2853	138	0.2386	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9885-4.1481	0.2771	153	0.2343	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1481-4.3367	0.2571	169	0.2007	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3367-4.5652	0.2316	160	0.1907	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5652-4.851	0.1921	148	0.1667	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.851-5.2251	0.2017	145	0.1702	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2251-5.7502	0.2222	136	0.1835	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7502-6.5804	0.2496	149	0.2073	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5804-8.2836	0.2633	152	0.1948	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2836-47.8653	0.2169	130	0.1609	2899	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1847	-0.5067	0.0273	0.7755	0.0707	-0.119	0.215	-0.1062	-0.0797	0.2725	-0.0816	-0.0618	-0.0305	0.0871	0	0.5822	0.0095	-0.0634	0.4531	0.0563	0.5365	11.978	-4.1941	64.5621
2	0.2406	0.1117	0.2922	0.0865	0.1167	0.2541	0.0365	-0.1627	-0.1883	0.7496	-0.3861	-0.2502	-0.0749	-0.2009	-0.0017	0.7467	-0.251	0.0426	0.6128	0.0659	0.5927	-2.2106	-4.87	79.4069
3	0.4837	0.1967	0.5517	0.5252	0.4527	0.4961	-0.0159	-0.0449	-0.1817	-0.006	-0.0101	0.0325	0.1349	0.277	-0	0.5447	0.0474	0.0197	0.449	-0.0089	0.623	13.5914	-1.205	41.923
4	0.4219	0.5951	-0.2704	0.5612	0.6055	0.8803	0.0805	-0.3058	0.1493	0.1397	-0.2203	0.0966	0.3005	0.2997	-0.0007	0.4884	-0.0447	0.033	0.6095	0.1549	0.6753	6.4067	-3.5636	69.2207
5	0.4059	0.0014	0.4056	-0.2521	0.138	0.5697	0.0112	-0.1582	-0.1375	0.0514	-0.0061	-0.1098	-0.3055	-0.0483	0.0118	0.7223	-0.1199	0.0424	0.4549	-0.1118	0.5094	17.588	36.8239	68.2463
6	0.589	0.209	0.3343	1.0786	-0.1055	0.5615	-0.2764	-0.3264	-0.2922	0.4377	0.0408	0.2977	-0.7382	0.5081	0.3746	0.51	-0.1446	-0.0609	0.406	-0.234	0.372	11.0873	36.6158	69.3663
7	0.1755	-0.0565	0.0799	0.0111	0.003	-0.036	0.0768	-0.2147	0.1545	-0.3169	-0.0754	-0.1804	-0.1336	0.4964	0	0.6072	-0.0222	0.0733	0.7797	-0.0269	0.6751	27.7628	17.9253	41.1908
8	0.0669	0.0968	-0.1212	0.2173	-0.0073	0.0464	-0.4904	0.1891	-0.1062	-0.4559	-0.0957	0.0311	0.342	0.5868	-0.0009	0.7506	0.136	0.0477	0.9391	0.1111	0.7623	31.3815	10.4821	64.6555
9	-0.0808	0.5695	-0.7653	0.3833	-0.5186	0.6518	0.0397	-0.2602	-0.1752	0.024	-0.0598	0.1048	-0.111	0.4156	-0	0.443	0.0049	-0.0237	0.6922	-0.0323	0.5605	25.15	15.3544	53.3459
10	0.0173	-0.0099	0.0572	0.1105	0.0801	0.0432	0.033	-0.0492	0.2893	-0.0656	0.0932	-0.1932	0.3619	-0.4672	0	0.6834	-0.0638	0.0575	0.5446	-0.0419	0.7469	3.5983	29.0329	62.694
11	0.1024	-0.4926	-0.3805	0.6476	0.0087	-0.0984	0.0345	-0.0482	0.0027	0.1721	-0.2176	-0.0539	-0.2734	0.382	-0.0311	0.6752	-0.1935	0.0582	0.6803	-0.0951	0.4936	20.1513	40.1717	54.1637
12	0.2535	-0.1919	-0.3937	0.041	0.0214	0.5544	0.2035	-0.4224	0.0099	0.1798	0.0085	0.2686	-0.6691	0.3786	0.0186	0.7725	-0.0745	0.1127	0.63	-0.1818	0.6429	9.3106	36.5379	78.9926
13	0.4073	0.0204	0.1774	0.0908	-0.0089	0.2563	0.1216	-0.0148	-0.4493	-0.4968	-0.1241	0.2013	0.0103	-0.1261	-0.1565	0.6822	-0.2968	-0.0377	0.5125	-0.177	1.0245	-13.1512	-11.1278	31.7606
14	0.4689	0.1231	0.2005	0.0331	0.0668	0.2098	-0.0043	-0.2375	-0.3526	-0.1256	0.2099	0.4463	0.4401	-0.2628	0.3174	0.7554	-0.5053	-0.074	0.9472	0.0496	1.3738	-29.7964	-13.6987	43.4128
15	0.2	0.3417	0.1626	0.7993	0.2671	0.1657	-0.0874	0.8086	-0.2349	-0.5574	-0.413	-0.1821	0.0311	-0.3752	-0.2664	0.4281	-0.1897	-0.1721	0.4797	-0.3494	0.628	4.8824	6.8316	19.1711
16	0.2162	-0.1187	-0.0618	0.2432	0.0286	-0.009	-0.0188	0.6317	-0.548	-0.1364	-0.2692	-0.0324	0.3397	-0.383	-0.4645	0.4535	-0.4546	-0.1721	0.6246	-0.5756	0.5219	-8.6741	3.2987	12.8567
17	0.3541	-0.4738	0.1227	0.4785	-0.1022	0.0352	-0.1078	0.191	-0.2417	-0.1393	0.2391	0.1261	0.1945	-0.0925	0	0.6609	-0.1491	-0.0402	0.8523	-0.159	0.6971	-5.4685	6.6857	19.412
18	0.6766	-0.4941	0.3745	0.48	0.1023	0.4206	-0.0272	0.219	-0.4102	-0.2251	-0.0697	0.0943	0.1818	-0.3756	-0	0.5472	-0.1717	-0.0805	0.6395	-0.1102	0.5849	-6.5076	8.2503	26.7183
19	0.1501	-0.0967	-0.2354	0.2589	-0.4952	0.93	0.2909	0.3337	0.095	-0.14	-0.0889	0.0166	0.3451	-0.3362	0.0001	0.599	-0.1425	0.0192	0.6863	-0.1794	0.9283	-9.9167	-11.0075	31.186
20	0.0077	0.0209	0.0219	0.1751	-0.0526	0.0732	0.1502	-0.0909	-0.2688	-0.0995	0.13	0.2024	-0.0151	-0.3926	0.0001	0.8137	-0.1527	0.1123	0.8343	-0.0712	1.05	-17.3427	-10.9974	45.3008
21	0.0421	-0.338	0.2473	0.0396	-0.2855	0.4389	0.0443	0.1573	0.0854	0.0396	0.1311	0.1526	0.3592	-0.228	0.188	0.5116	-0.0463	-0.2311	1.0367	0.0403	0.664	-23.0691	26.008	15.1368
22	0.036	0.3645	0.1235	0.3753	0.2424	0.3982	0.1286	0.4772	-0.0928	-0.3234	-0.0563	0.162	-0.2562	-0.2882	-0.0184	0.503	0.1058	-0.1957	0.8557	0.0584	0.7163	-10.1131	27.6025	19.1322
23	0.3436	0.0015	0.1737	0.4022	-0.0079	0.225	0.1373	0.2329	-0.1853	-0.2368	-0.0419	0.0709	-0.1577	-0.0486	0	0.6861	0.0674	-0.0756	0.876	0.0604	0.5662	-0.2452	37.4202	19.2565
24	0.114	0.0573	0.0363	0.1806	-0.281	0.5221	0.0472	-0.063	-0.1023	0.2302	-0.1464	0.0885	0.0078	-1.1991	-0.0656	0.6293	-0.0033	-0.1529	0.8347	-0.0151	0.7222	-19.7858	25.5482	31.8412
25	0.0196	0.11	-0.0517	0.1636	0.0884	-0.0855	-0.3038	0.4398	0.2749	-0.0611	0.3605	-0.1728	0.2585	-0.221	0	0.6512	0.0221	-0.0986	1.0814	-0.0948	0.7267	-11.8283	16.6618	13.7781
26	0.5047	0.491	-0.348	0.2368	-0.3077	0.348	0.1564	0.2354	-0.0324	-0.4041	-0.1601	0.3914	0.0438	-0.9298	-0.1343	0.6421	0.1307	-0.2315	1.4243	0.0321	1.0085	-34.7247	29.6658	21.2957
27	-0.0012	0.0051	-0.1469	0.4374	0.0497	0.2916	0.1066	0.0472	0.095	-0.0656	-0.0774	-0.0709	-0.2297	0.1897	-0	0.9446	0.2676	0.0231	0.523	0.0642	0.7178	-4.076	55.6738	37.7782
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33	0.1979	-0.0913	0.0953	0.4391	-0.1328	0.1755	0.0445	-0.0442	0.004	-0.0386	-0.1629	-0.0713	-0.0573	0.278	0	0.9591	0.024	0.0423	0.9451	-0.0841	0.7112	38.3936	16.3269	6.5654
34	0.0595	-0.0227	-0.0531	-0.0017	-0.0003	0.0266	-0.3428	0.0562	-0.5244	0.0784	-0.0388	-0.0803	0.226	0.0672	-0	1.0297	0.1078	0.0926	1.1643	-0.1006	1.3465	32.6331	12.139	5.5967
35	0.2871	0.0547	-0.3671	0.0457	-0.0972	0.1528	-0.2757	0.2267	-0.1207	-0.014	0.1154	0.282	0.3841	0.3351	0	1.0864	0.0687	0.0404	1.2139	-0.1263	0.9673	38.2243	19.1731	4.6198
36	0.0681	0.0839	0.1012	0.0539	0.0041	0.0459	-0.3816	-0.5941	0.6884	0.2626	0.0651	-0.2489	-0.534	0.1409	0	1.2113	0.1369	-0.0226	1.4221	-0.0775	1.6043	69.8105	12.1519	-4.6088
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40	0.0147	0.0159	0.0091	-0.0054	0.008	0.047	-0.0273	0.1016	-0.3151	0.9717	0.4289	0.7613	0.5211	0.2325	0	1.0724	0.066	-0.0501	1.767	0.3182	1.1866	70.2321	9.8212	4.9123
41	0.0653	-0.0361	0.0753	-0.0218	-0.0165	0.036	0.2749	0.2349	-0.1926	-0.6441	-0.4371	-0.3464	-0.1875	-0.562	0.0001	0.8734	-0.0778	0.0423	1.1593	0.073	0.8114	41.5971	34.3826	-13.305
42	0.0599	0.0135	-0.0641	0.0238	-0.0475	0.0938	0.3001	0.264	0.0359	-0.6386	0.102	0.0866	-0.1785	-0.5582	0.0001	0.8808	-0.0412	0.0665	1.1833	-0.0021	0.729	33.0461	32.9498	-4.8848
43	0.0343	-0.0105	-0.0383	0.008	-0.0938	0.2568	-0.1414	-0.3819	0.0418	-0.2184	-0.2435	0.2614	0.0678	0.418	0	0.8596	-0.1238	-0.0479	1.1189	-0.0979	0.9115	42.4856	36.4377	1.4331
44	0.0292	0.0345	-0.0565	0.0588	-0.0417	0.0643	0.3782	0.2032	-0.1177	-0.11	0.1098	0.4681	0.2181	-0.4953	0.0002	1.3918	-0.0557	0.1452	1.279	-0.111	0.7526	36.1741	39.5847	-8.6487
45	-0.0127	0.0121	0.0092	0.3701	-0.0694	0.026	0.3775	0.6043	0.3438	0.1837	-0.033	0.3819	0.1221	0.1366	0	1.0953	-0.1349	0.0633	1.2038	-0.1132	0.6737	41.505	31.7284	-5.1276
46	0.0564	-0.0386	0.0401	0.0043	0.0147	0.0576	0.0725	0.3789	0.1526	0.3373	-0.319	0.2955	0.5908	0.1353	-0.0002	1.1468	-0.1288	0.3392	1.2846	-0.0846	1.0886	61.1865	34.6896	-14.2298
47	0.3941	-0.0178	0.061	0.1134	0.009	-0.0057	0.2701	-0.1405	0.4069	0.2	0.4774	-0.8207	0.2513	0.2784	0.0167	1.3724	0.4089	-0.2168	1.4236	-0.2831	1.1047	73.1565	15.8821	-16.5894
48	0.0797	-0.0981	0.0828	0.0774	-0.0313	-0.0343	0.2319	0.2862	-0.9787	-0.2585	-0.3598	0.7161	-0.7433	0.4002	-0.0003	1.2424	0.1818	0.098	1.7132	-0.331	1.0763	69.7057	17.1187	-14.5367
49	1.5337	1.1014	0.6399	0.7558	0.4165	0.2764	-0.6174	-0.1735	0.4409	-0.2512	-0.0482	0.4966	-0.2784	0.5353	-0.0363	0.9796	0.1328	0.1754	1.5101	-0.2151	0.723	75.3332	24.2976	-22.8277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 355 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 356 through 473 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 20 through 83 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 84 through 126 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 127 through 161 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 162 through 187 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 188 through 296 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 297 through 324 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 325 through 381 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 382 through 473 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 20 through 83 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 84 through 110 )SOU 2137 O SER
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 111 through 172 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 173 through 209 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 210 through 272 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 273 through 338 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 339 through 442 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 443 through 473 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 20 through 83 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 84 through 146 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 147 through 296 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 297 through 324 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 325 through 381 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 382 through 473 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 20 through 83 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 84 through 146 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 147 through 209 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 210 through 296 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 297 through 324 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 325 through 473 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 1 through 60 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 61 through 77 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 78 through 113 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 114 through 141 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 142 through 160 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 161 through 179 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 180 through 199 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 200 through 216 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resid 1 through 25 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resid 26 through 38 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'L' and (resid 39 through 61 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'L' and (resid 62 through 75 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'L' and (resid 76 through 101 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resid 102 through 112 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'L' and (resid 113 through 157 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'L' and (resid 158 through 188 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'L' and (resid 193 through 209 )

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