PDB-5y8t: Crystal structure of Bacillus subtilis PadR in complex with p-cou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y8t

タイトル

Crystal structure of Bacillus subtilis PadR in complex with p-coumaric acid

要素

Transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

Transcription regulator PadR, C-terminal / Virulence activator alpha C-term / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Park, S.C. / Kwak, Y.M. / Song, W.S. / Hong, M. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of effector and operator recognition by the phenolic acid-responsive transcriptional regulator PadR.
著者: Park, S.C. / Kwak, Y.M. / Song, W.S. / Hong, M. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2017年8月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y8t.cif.gz	223.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y8t.ent.gz	178.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y8t_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y8t_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	5y8t_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	5y8t_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/5y8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/5y8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x11C 5x12SC 5x13C 5x14C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q83-1 4jfg-4 5msn-1 3pjg-d 3k90-2 2r3v-4 4dkn-d 3pg1-d 2g3o-3 3h2z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator

B: Transcriptional regulator

C: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

65.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional regulator

C: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.217, 125.301, 79.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-478- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	B
3	1	A
1	2	C
2	2	B
3	2	A
1	3	B
2	3	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	HIS	HIS	C	C	2 - 87	8 - 93
2	1	ARG	ARG	HIS	HIS	B	B	2 - 87	8 - 93
3	1	ARG	ARG	HIS	HIS	A	A	2 - 87	8 - 93
1	2	LEU	LEU	ASP	ASP	C	C	100 - 180	106 - 186
2	2	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	100 - 181	106 - 187
3	2	LEU	LEU	ASP	ASP	A	A	100 - 180	106 - 186
1	3	GLN	GLN	MET	MET	B	B	88 - 99	94 - 105
2	3	GLN	GLN	MET	MET	A	A	88 - 99	94 - 105

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Transcriptional regulator 分子量: 21750.912 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (strain ATCC 23059 / NRRL B-14472 / W23) (バクテリア) 株: ATCC 23059 / NRRL B-14472 / W23 / 遺伝子: padR, BSUW23_04210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0TW95
#2: 化合物	ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / 4-ヒドロキシけい皮酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 3350, 0.1 M phosphate-citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 56648 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.496

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X12

5x12

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 5.937 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22215	2656	4.7 %	RANDOM
R_work	0.19532	-	-	-
obs	0.19657	53676	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.861 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.75 Å²	0 Å²	0.99 Å²
2-	-	-0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4060	0	24	304	4388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.393	1.98	5635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.866	3	7154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.356	5	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.479	23.946	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.666	15	789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.324	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	879
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.783	1.5	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.241	1.5	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.414	2	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.18	3	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.427	4.5	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	422	medium positional	0.42	0.5
1	1	B	422	medium positional	0.25	0.5
1	1	C	422	medium positional	0.25	0.5
2	2	A	458	medium positional	0.22	0.5
2	2	B	458	medium positional	0.18	0.5
2	2	C	458	medium positional	0.13	0.5
3	3	A	70	medium positional	0.53	0.5
1	1	A	579	loose positional	0.9	5
1	1	B	579	loose positional	0.51	5
1	1	C	579	loose positional	0.5	5
2	2	A	597	loose positional	0.38	5
2	2	B	597	loose positional	0.27	5
2	2	C	597	loose positional	0.24	5
3	3	A	90	loose positional	1.11	5
1	1	A	422	medium thermal	0.67	2
1	1	B	422	medium thermal	0.69	2
1	1	C	422	medium thermal	0.59	2
2	2	A	458	medium thermal	0.63	2
2	2	B	458	medium thermal	0.65	2
2	2	C	458	medium thermal	0.62	2
3	3	A	70	medium thermal	1.04	2
1	1	A	579	loose thermal	0.77	10
1	1	B	579	loose thermal	0.78	10
1	1	C	579	loose thermal	0.6	10
2	2	A	597	loose thermal	0.8	10
2	2	B	597	loose thermal	0.78	10
2	2	C	597	loose thermal	0.75	10
3	3	A	90	loose thermal	0.83	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	205	-
R_work	0.254	3921	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2875	-0.7017	-3.7288	8.7502	3.806	10.8324	-0.1821	0.3334	-0.4809	-0.9483	-0.0135	0.7513	0.0108	-0.6542	0.1956	0.3151	-0.0699	-0.0161	0.2001	0.0672	0.2458	89.644	-23.26	79.244
2	2.3017	1.729	-0.1868	7.0561	-0.3998	0.8639	0.0651	-0.0496	0.0319	0.2633	-0.1895	-0.3379	-0.137	0.1554	0.1244	0.1617	-0.043	-0.0591	0.0963	0.0473	0.1108	102.551	28.883	44.894
3	5.1307	-0.6562	-1.22	1.9211	0.2498	3.4632	0.1728	0.8438	0.0188	-0.3022	-0.1213	-0.0062	-0.0658	0.0917	-0.0514	0.1294	0.0325	0.0583	0.292	-0.02	0.0684	104.596	-4.394	23.875
4	2.2763	-0.2897	-0.3437	0.4514	0.2514	1.9562	0.1018	0.1993	0.0069	-0.0125	0.0504	0.0127	0.0341	-0.0926	-0.1522	0.0939	0.0018	0.0325	0.0917	0.0138	0.0297	106.401	-5.285	67.216
5	0.9659	-0.2456	0.0772	1.9225	0.5506	1.9214	-0.0709	-0.0325	-0.0114	0.2862	0.0127	0.0123	-0.0659	0.1027	0.0582	0.0974	-0.0031	0.0146	0.0397	0.0014	0.014	95.951	1.444	48.288
6	0.934	0.0358	0.3649	2.1139	-0.1677	0.7758	-0.03	0.0764	0.0307	0.0084	-0.0634	0.2668	-0.0534	-0.0325	0.0935	0.071	0.0004	0.0195	0.0603	-0.0153	0.0627	87.416	5.954	42.035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	87 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	87 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	87 - 180

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