PDB-5y8e: Crystal Structure of a prokaryotic SEFIR domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y8e

タイトル

Crystal Structure of a prokaryotic SEFIR domain

要素

Sefir domain protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SEFIR

機能・相同性

SEFIR domain / SEFIR domain profile. / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / TIR domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / signal transduction / Sefir domain protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus F65185 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.804 Å

データ登録者

Zhang, R. / Ye, S. / Zhu, Y. / Yang, H.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structure of a prokaryotic SEFIR domain reveals two novel SEFIR-SEFIR interaction modes.
著者: Yang, H. / Zhu, Y. / Chen, X. / Li, X. / Ye, S. / Zhang, R.

履歴

登録	2017年8月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y8e.cif.gz	81.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y8e.ent.gz	60.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y8e_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y8e_full_validation.pdf.gz	421.7 KB	表示
XML形式データ	5y8e_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	5y8e_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/5y8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/5y8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y8fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m81-2 5ua4-d 5vsn-d 6hdu-2 5m85-d 5dzg-1 2dmm-d 6hdu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sefir domain protein

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.739, 61.673, 39.272
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Sefir domain protein 分子量: 18042.453 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 8-160 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus F65185 (バクテリア) 遺伝子: bcere0025_60270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2XMK4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M imidozale pH 8.0, 30% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→35.33 Å / Num. obs: 108121 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 11.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.804→35.327 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1963	765	5.01 %
R_work	0.1668	-	-
obs	0.1683	15269	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.804→35.327 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1268	0	0	221	1489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1316
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.963	1785
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.539	493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	187
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	229

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8036-1.9429	0.2315	132	0.1712	2872	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9429-2.1384	0.2043	152	0.1612	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1384-2.4477	0.2346	171	0.1713	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4477-3.0836	0.1936	159	0.1771	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0836-35.3339	0.1731	151	0.1603	2954	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6913	0.0459	0.0644	2.5999	0.3193	1.5118	0.1121	-0.1359	-0.1628	0.2046	-0.0418	-0.0637	0.1457	0.1511	-0.0656	0.0918	0.0136	-0.0106	0.1083	-0.0095	0.1026	16.6368	32.2238	13.9414
2	1.8575	1.0496	-0.3401	2.2087	-0.9188	0.686	0.0897	-0.1945	-0.0459	0.3764	-0.1346	0.0848	-0.1425	0.0447	-0.0188	0.1501	-0.0118	-0.0214	0.1047	0.0068	0.0973	10.5657	30.9351	19.6864
3	1.0416	0.3127	0.3818	6.6137	-0.0192	1.0394	-0.0332	0.118	-0.0554	-0.4453	0.1534	0.4935	-0.0471	-0.0313	-0.1068	0.1186	-0.0029	0.0313	0.148	0.0222	0.2001	0.5213	29.6249	14.264
4	2.0699	0.0774	-0.0536	1.7383	-0.2232	2.0778	-0.0236	0.3515	-0.2381	-0.2084	-0.0858	0.0732	0.3602	-0.1819	0.0302	0.1485	-0.0088	0.0159	0.162	-0.0367	0.1026	9.2921	32.1351	3.0689
5	2.2951	0.7356	-0.0842	1.7165	-0.5132	3.5794	0.1375	0.1751	-1.2571	-0.4373	0.0568	-0.0877	1.2874	0.235	0.0941	0.393	-0.0138	-0.0495	0.2592	-0.0483	0.4792	1.2613	24.5751	4.3396
6	3.8803	1.0673	0.4851	0.7572	-0.1431	0.4509	0.0053	0.4156	0.3028	0.016	0.0404	0.1447	-0.0203	-0.0613	-0.0357	0.1121	0.0132	0.0002	0.1469	0.0146	0.1426	2.9816	40.1233	4.8499
7	1.6638	0.6964	0.4533	0.7767	0.162	0.7653	-0.1851	0.5213	0.0634	-0.3188	0.1838	-0.0146	-0.1775	-0.0952	0.0008	0.1925	0.0141	0.0097	0.2759	0.0108	0.1236	14.872	37.6296	-2.3215
8	3.9069	-1.2641	-1.5909	1.9483	0.8203	2.2564	0.0802	-0.0805	0.3484	-0.0859	-0.036	-0.137	-0.3197	0.1324	-0.073	0.1451	-0.0298	0.0068	0.0976	-0.0154	0.1061	19.9158	45.5902	10.2341
9	0.6506	-1.3581	-0.0447	3.3855	0.0449	0.0077	0.0702	0.6425	0.0826	-0.4883	-0.272	-0.2288	-0.6057	-0.5606	0.0901	0.3551	0.0901	-0.0081	0.2944	-0.0452	0.2255	5.9084	55.9938	10.752

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:29)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 30:42)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 43:56)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 57:74)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 75:87)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 88:103)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 104:129)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 130:142)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 143:150)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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