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- PDB-5y8e: Crystal Structure of a prokaryotic SEFIR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y8e
タイトルCrystal Structure of a prokaryotic SEFIR domain
要素Sefir domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / SEFIR
機能・相同性SEFIR domain / SEFIR domain profile. / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / TIR domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / signal transduction / Sefir domain protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus F65185 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.804 Å
データ登録者Zhang, R. / Ye, S. / Zhu, Y. / Yang, H.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / : 2018
タイトル: Structure of a prokaryotic SEFIR domain reveals two novel SEFIR-SEFIR interaction modes.
著者: Yang, H. / Zhu, Y. / Chen, X. / Li, X. / Ye, S. / Zhang, R.
履歴
登録2017年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sefir domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0421
ポリマ-18,0421
非ポリマー00
3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.739, 61.673, 39.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sefir domain protein


分子量: 18042.453 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 8-160 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus F65185 (バクテリア)
遺伝子: bcere0025_60270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2XMK4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M imidozale pH 8.0, 30% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.33 Å / Num. obs: 108121 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 11.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.804→35.327 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1963 765 5.01 %
Rwork0.1668 --
obs0.1683 15269 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.804→35.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1268 0 0 221 1489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9631785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.539493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8036-1.94290.23151320.17122872X-RAY DIFFRACTION98
1.9429-2.13840.20431520.16122891X-RAY DIFFRACTION100
2.1384-2.44770.23461710.17132901X-RAY DIFFRACTION100
2.4477-3.08360.19361590.17712886X-RAY DIFFRACTION100
3.0836-35.33390.17311510.16032954X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69130.04590.06442.59990.31931.51180.1121-0.1359-0.16280.2046-0.0418-0.06370.14570.1511-0.06560.09180.0136-0.01060.1083-0.00950.102616.636832.223813.9414
21.85751.0496-0.34012.2087-0.91880.6860.0897-0.1945-0.04590.3764-0.13460.0848-0.14250.0447-0.01880.1501-0.0118-0.02140.10470.00680.097310.565730.935119.6864
31.04160.31270.38186.6137-0.01921.0394-0.03320.118-0.0554-0.44530.15340.4935-0.0471-0.0313-0.10680.1186-0.00290.03130.1480.02220.20010.521329.624914.264
42.06990.0774-0.05361.7383-0.22322.0778-0.02360.3515-0.2381-0.2084-0.08580.07320.3602-0.18190.03020.1485-0.00880.01590.162-0.03670.10269.292132.13513.0689
52.29510.7356-0.08421.7165-0.51323.57940.13750.1751-1.2571-0.43730.0568-0.08771.28740.2350.09410.393-0.0138-0.04950.2592-0.04830.47921.261324.57514.3396
63.88031.06730.48510.7572-0.14310.45090.00530.41560.30280.0160.04040.1447-0.0203-0.0613-0.03570.11210.01320.00020.14690.01460.14262.981640.12334.8499
71.66380.69640.45330.77670.1620.7653-0.18510.52130.0634-0.31880.1838-0.0146-0.1775-0.09520.00080.19250.01410.00970.27590.01080.123614.87237.6296-2.3215
83.9069-1.2641-1.59091.94830.82032.25640.0802-0.08050.3484-0.0859-0.036-0.137-0.31970.1324-0.0730.1451-0.02980.00680.0976-0.01540.106119.915845.590210.2341
90.6506-1.3581-0.04473.38550.04490.00770.07020.64250.0826-0.4883-0.272-0.2288-0.6057-0.56060.09010.35510.0901-0.00810.2944-0.04520.22555.908455.993810.752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:29)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 30:42)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 43:56)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 57:74)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 75:87)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 88:103)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 104:129)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 130:142)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 143:150)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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