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- PDB-5y7q: Crystal structure of paFAN1 bound to 2nt 5'flap DNA with gap -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y7q
タイトルCrystal structure of paFAN1 bound to 2nt 5'flap DNA with gap
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
  • Fanconi-associated nuclease 1 homolog
キーワードHYDROLASE/DNA / Nuclease / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / phosphodiesterase I activity / 5'-3' exonuclease activity / interstrand cross-link repair / manganese ion binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Fanconi-associated nuclease 1, SAP domain / Fanconi anemia-associated nuclease SAP domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain / VRR_NUC / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Fanconi-associated nuclease 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jin, H. / Cho, Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural mechanism of DNA interstrand cross-link unhooking by the bacterial FAN1 nuclease.
著者: Jin, H. / Roy, U. / Lee, G. / Scharer, O.D. / Cho, Y.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fanconi-associated nuclease 1 homolog
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2594
ポリマ－81,2594
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.845, 104.560, 105.243
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fanconi-associated nuclease 1 homolog / pFAN1


分子量: 66913.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: fan1, PA1865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2N0, phosphodiesterase I
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3131.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')


分子量: 3894.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3')


分子量: 7319.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M HEPES (pH7.2), 25%(w/v) PEG 8000, 30mM Gly-gly-gly

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 31458 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェルRmerge(I) obs: 2.416 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.649 / Rsym value: 2.416

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_1069: ???)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R8A

4r8a


解像度: 2.7→33.71 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1245 5.01 %
Rwork0.1934 --
obs0.1959 24874 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4444 734 0 9 5187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0797433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5833081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.80810.45591330.38232554X-RAY DIFFRACTION99
2.8081-2.93580.38551330.31872577X-RAY DIFFRACTION99
2.9358-3.09050.36591310.28712612X-RAY DIFFRACTION99
3.0905-3.2840.3171480.26192546X-RAY DIFFRACTION99
3.284-3.53730.26361390.20742630X-RAY DIFFRACTION99
3.5373-3.89280.24621370.18892628X-RAY DIFFRACTION99
3.8928-4.4550.23751470.17092637X-RAY DIFFRACTION100
4.455-5.60860.20851400.16842669X-RAY DIFFRACTION100
5.6086-33.71240.1911370.162776X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9863-0.30931.55852.5846-0.11125.59450.27380.18460.1222-0.0010.0293-0.5564-0.22040.5032-0.28780.5156-0.03450.14820.583-0.05760.59934.8091-23.6271-30.1195
20.561-1.2916-1.18016.11954.52173.94940.0561-0.0080.1107-0.09640.1485-0.5282-0.16860.2086-0.1830.59080.04010.04540.74570.15860.588515.0234-4.9986-28.2516
31.00782.5508-0.07427.4522-0.8091.02650.0863-0.188-0.24140.5602-0.27630.4379-0.0065-0.1680.1740.70940.04220.09880.75390.07750.6681-7.7146-1.4428-12.7688
46.95771.3327-4.10023.205-1.37696.57240.41090.57390.44120.1211-0.18550.5939-0.2906-0.5041-0.19050.43750.0364-0.01630.536-0.0550.5259-10.2309-21.9702-29.813
55.3735-1.641-3.08086.1384-0.08051.940.8399-1.6045-1.28141.32640.34880.08520.8993-1.5387-0.99461.135-0.2697-0.21831.24110.2760.750924.3416-36.8981-18.1885
66.80944.14364.5494.52454.60424.7308-0.2530.1198-1.29280.7339-0.2822-0.18421.03111.00930.34742.2677-0.24920.22151.4706-0.11411.516-0.8935-12.0431-3.0196
79.5759-0.30054.07793.8542-3.55764.80130.9971.3863-0.83110.9874-1.6748-4.3572-0.4068-0.30770.86791.29960.1286-0.00871.2005-0.05192.69191.4617-7.6396-7.0771
85.42690.4764-0.19933.7204-2.42175.17340.0362-0.0429-0.86531.30220.83540.4056-0.726-1.1083-0.58991.14340.05570.00171.32610.11310.707223.1192-36.0338-16.9289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 194 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 195 through 289 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 290 through 366 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 367 through 559 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 1 through 10 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 8 through 14 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 5 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 11 through 24 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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