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- PDB-5y7a: Crystal structure of Pseudomonas fluorescens Kynurenine 3-monooxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y7a
タイトルCrystal structure of Pseudomonas fluorescens Kynurenine 3-monooxygenase in complex with L-KYN
要素Kynurenine 3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme / L-kynurenine (L-Kyn) / 3-hydroxy-L-kynurenine (L-3OHKyn) / KMO / Ro61-8048
機能・相同性
機能・相同性情報


kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / NAD metabolic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Kynurenine 3-monooxygenase / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / (2S)-2-amino-4-(2-aminophenyl)-4-oxobutanoic acid / Kynurenine 3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.846 Å
データ登録者Xiang, Y. / Gao, J.J. / Zhu, D.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Beijing Municipal Science & Technology CommissionZ161100000116032 中国
引用ジャーナル: FASEB J. / 年: 2018
タイトル: Biochemistry and structural studies of kynurenine 3-monooxygenase reveal allosteric inhibition by Ro 61-8048
著者: Gao, J. / Yao, L. / Xia, T. / Liao, X. / Zhu, D. / Xiang, Y.
履歴
登録2017年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1073
ポリマ－52,1131
非ポリマー9942
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.480, 46.513, 71.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kynurenine 3-monooxygenase / PfKMO / Kynurenine 3-hydroxylase


分子量: 52113.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: kmo, qbsG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84HF5, kynurenine 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-KYN / (2S)-2-amino-4-(2-aminophenyl)-4-oxobutanoic acid / L-KYNURENINE / L-キヌレニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 208.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris at pH 6.5, 18% w/v PEG3350, and 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.846→50 Å / Num. obs: 36572 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 33.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y77

5y77


解像度: 1.846→38.584 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 1829 5 %
Rwork0.1736 --
obs0.1759 36557 96.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.846→38.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3491 0 68 370 3929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3355053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9451388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8463-1.89620.25751170.20382442X-RAY DIFFRACTION89
1.8962-1.9520.21251380.19282664X-RAY DIFFRACTION97
1.952-2.0150.22951250.18932652X-RAY DIFFRACTION97
2.015-2.08710.23921430.18112650X-RAY DIFFRACTION97
2.0871-2.17060.23731440.18152663X-RAY DIFFRACTION97
2.1706-2.26940.21421420.18122650X-RAY DIFFRACTION97
2.2694-2.3890.26911500.18572678X-RAY DIFFRACTION98
2.389-2.53870.24621300.18222711X-RAY DIFFRACTION98
2.5387-2.73460.24061570.18652702X-RAY DIFFRACTION98
2.7346-3.00970.20911490.18332676X-RAY DIFFRACTION98
3.0097-3.4450.23111400.17142741X-RAY DIFFRACTION98
3.445-4.33940.18761480.14452721X-RAY DIFFRACTION98
4.3394-38.59230.19211460.17122778X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3819-0.58291.47643.6751-0.50152.0659-0.00230.14710.1705-0.06830.05320.055-0.113-0.0965-0.02690.0979-0.0008-0.01080.10930.00550.12121.85526.036149.8114
24.8613-1.6403-2.311.68220.86582.6696-0.0140.1235-0.4452-0.0677-0.14980.07080.26880.21370.12120.15560.0261-0.02390.1545-0.02480.148532.4228-9.770444.969
31.1335-0.6468-0.65251.04530.76652.09720.0247-0.03570.2027-0.08630.0949-0.1201-0.32360.1533-0.09840.1645-0.0468-0.00290.11980.00790.18334.2858.453949.051
40.693-0.2717-0.46630.54410.32672.12880.0146-0.06840.048-0.0490.0956-0.1303-0.13370.5463-0.10130.1531-0.0459-0.02130.2267-0.04340.173542.21093.291650.7858
54.3342-3.38171.76294.2987-0.91053.06720.22210.33830.0898-0.1798-0.1026-0.22590.43870.0274-0.09590.3125-0.051-0.04510.19420.00190.184750.0439-19.58961.4095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 125 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 126 through 232 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 233 through 373 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 374 through 457 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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