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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y6y | ||||||
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タイトル | The crystal structure of VrEH2 mutant M263N | ||||||
要素 | Epoxide hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Epoxide Hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vigna radiata (リョクトウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Li, F.L. / Yu, H.L. / Chen, Q. / Kong, X.D. / Zhou, J.H. / Xu, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018 タイトル: Regioselectivity Engineering of Epoxide Hydrolase: Near-Perfect Enantioconvergence through a Single Site Mutation 著者: Li, F.L. / Kong, X.D. / Chen, Q. / Zheng, Y.C. / Xu, Q. / Chen, F.F. / Fan, L.Q. / Lin, G.Q. / Zhou, J.H. / Yu, H.L. / Xu, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5y6y.cif.gz | 85.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5y6y.ent.gz | 62.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5y6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5y6y_validation.pdf.gz | 423.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5y6y_full_validation.pdf.gz | 424.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5y6y_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5y6y_validation.cif.gz | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y6y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37316.250 Da / 分子数: 1 / 変異: G3E,V4I, M263N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vigna radiata (リョクトウ) / 遺伝子: EH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0R5NGA4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.21 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 3350, Tri-HCL, ethylene glycol / PH範囲: 8.3-8.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 52501 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.094 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2545 / CC1/2: 0.896 / Rpim(I) all: 0.274 / Rsym value: 1.069 / Χ2: 0.834 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XMD 解像度: 1.5→49.334 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→49.334 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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