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万見
- PDB-5y6h: Crystal structure of YcgR-N domain of YcgR from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y6h
タイトルCrystal structure of YcgR-N domain of YcgR from Escherichia coli
要素Flagellar brake protein YcgR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / YcgR-N domain / YcgR / Flagellar brake protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility by regulation of motor speed / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum basal body / cyclic-di-GMP binding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system flagellar brake protein YcgR / Flagellar regulator YcgR, PilZN domain / Type III secretion system flagellar brake protein YcgR, PilZN domain / PilZ domain / PilZ domain / FMN-binding split barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar brake protein YcgR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.774 Å
データ登録者Hou, Y.J. / Yang, W.S. / Wang, D.C. / Li, D.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the mechanism of c-di-GMP-bound YcgR regulating flagellar motility inEscherichia coli.
著者: Hou, Y.J. / Yang, W.S. / Hong, Y. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Li, D.F.
履歴
登録2017年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar brake protein YcgR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4831
ポリマ－13,4831
非ポリマー00
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6830 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)91.960, 91.960, 32.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Flagellar brake protein YcgR / Cyclic di-GMP binding protein YcgR


分子量: 13483.472 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ycgR, b1194, JW1183 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76010
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M MES pH 5.6, 0.01M Magnesium chloride hexahydrate, 1.8M Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→30.11 Å / Num. obs: 9774 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.77→1.87 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 1396 / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.1 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y6F

5y6f


解像度: 1.774→16.982 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1932 976 10 %
Rwork0.1713 --
obs0.1736 9762 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.774→16.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数870 0 0 94 964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.771215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.266534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.774-1.86740.2441400.20991230X-RAY DIFFRACTION98
1.8674-1.98430.23981340.18711253X-RAY DIFFRACTION98
1.9843-2.13720.21471400.17721237X-RAY DIFFRACTION98
2.1372-2.35180.21071380.17681258X-RAY DIFFRACTION98
2.3518-2.69090.19361400.18541273X-RAY DIFFRACTION99
2.6909-3.38580.20241420.17621263X-RAY DIFFRACTION99
3.3858-16.98250.16151420.15181272X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0002-1.13080.60941.2185-0.80780.64870.2937-0.66751.97260.7559-0.03-0.3137-1.3981-1.1828-0.09850.8633-0.00180.15130.7624-0.02330.3425-7.9018-17.33719.3823
20.8969-0.0401-0.65771.7401-0.05640.38830.2173-0.112-0.332-0.2057-0.07350.2290.3176-0.3617-0.02860.1385-0.0305-0.03680.20410.02760.1933-9.58-26.32836.9009
30.2685-0.0421-0.32650.01960.01850.6321-0.3157-0.08490.90780.05180.19610.2156-0.27320.24260.00080.1836-0.0358-0.03460.2521-0.00560.21072.3234-14.25662.2728
40.3347-0.1159-0.29890.10150.20860.8895-0.00690.04970.2103-0.04240.12440.0635-0.1402-0.1175-0.00040.157-0.0292-0.01130.17790.02410.2081-0.5331-20.6241-0.7256
50.6538-0.02370.37240.65460.56810.8373-0.05250.09790.1020.02760.1141-0.0531-0.10640.08960.00020.1579-0.02330.00440.18730.01250.15387.0326-21.4172-1.7786
60.374-0.0991-0.26060.29950.43271.1711-0.6685-0.66340.23810.28750.3532-0.0659-0.1320.037-0.010.18220.0329-0.03390.24380.01230.24112.304-16.18697.0533
70.1566-0.2559-0.44870.30220.46420.8519-0.2948-0.60960.46650.0960.1785-0.3492-0.2728-0.16530.00030.21460.0122-0.03030.1807-0.00680.1812-5.0335-15.60928.7509
80.32530.2211-0.04870.9823-0.46720.17380.3908-0.4291-0.16640.3889-0.05010.04151.0444-0.7070.01020.3364-0.06820.00980.3926-0.01980.27586.3686-28.2341-2.4926
90.81840.11760.56510.1056-0.31411.1123-0.0232-0.06620.03990.003-0.026-0.0788-0.132-0.3845-0.00080.18580.019-0.02710.2827-0.0140.1848-1.8848-21.59947.847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 26 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 36 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 37 through 47 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 48 through 67 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 68 through 77 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 78 through 86 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 87 through 96 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 97 through 113 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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