PDB-5y6c: Crystal structure of ZmASCH S128A mutant protein from Zymomonas m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y6c

タイトル

Crystal structure of ZmASCH S128A mutant protein from Zymomonas mobilis

要素

Helix-turn-helix domain-containing protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA cleavage activity

機能・相同性

ASCH domain / ASCH domain / exonuclease activity / PUA-like superfamily / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / ASCH domain-containing ribonuclease

機能・相同性情報

生物種

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.398 Å

データ登録者

Park, S.-Y. / Kim, J.-S.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of an ASCH protein from Zymomonas mobilis and its ribonuclease activity specific for single-stranded RNA.
著者: Kim, B.N. / Shin, M. / Ha, S.C. / Park, S.Y. / Seo, P.W. / Hofmann, A. / Kim, J.S.

履歴

登録	2017年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y6c.cif.gz	72.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y6c.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y6c_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y6c_full_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示
XML形式データ	5y6c_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	5y6c_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5guqSC 5gusSC 5y6bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xym-1 4ahe-d 4esn-d 5ccj-1 4l1l-d 2j7m-d 6d5b-2 4o1w-1 6m8m-d 1g43-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Helix-turn-helix domain-containing protein

B: Helix-turn-helix domain-containing protein

ヘテロ分子

34.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Helix-turn-helix domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Helix-turn-helix domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.149, 52.149, 207.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-337- HOH

#1: タンパク質	Helix-turn-helix domain-containing protein / Activating signal cointegrator-1 homology protein 分子量: 17301.846 Da / 分子数: 2 / 変異: S128A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 10988 / DSM 424 / LMG 404 / NCIMB 8938 / NRRL B-806 / ZM1) (バクテリア) 株: ATCC 10988 / DSM 424 / LMG 404 / NCIMB 8938 / NRRL B-806 / ZM1 遺伝子: Zmob_0380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3G0N3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 800mM Sodium phosphate monobasic/1200mM Potassium phosphate dibasic, 100mM Sodium acetate/Acetic acid pH 4.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 13604 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 33.6 / Num. measured all: 126205

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	9	0.114	662	0.988	0.04	0.121	0.986	99.7
2.44-2.49	9	0.106	663	0.992	0.037	0.112	1.055	99.8
2.49-2.53	9.2	0.1	638	0.988	0.035	0.106	1.067	99.8
2.53-2.58	9.1	0.102	670	0.987	0.036	0.109	1.046	100
2.58-2.64	9.2	0.09	658	0.995	0.031	0.096	1.022	99.7
2.64-2.7	9.1	0.087	668	0.995	0.03	0.092	1.038	100
2.7-2.77	9.1	0.087	677	0.994	0.03	0.093	1.093	100
2.77-2.84	9.2	0.084	659	0.996	0.029	0.089	1.003	100
2.84-2.93	9.4	0.08	676	0.994	0.028	0.084	1.022	100
2.93-3.02	9.3	0.073	673	0.996	0.025	0.078	1.037	100
3.02-3.13	9.6	0.069	667	0.996	0.024	0.073	1.008	100
3.13-3.25	9.4	0.07	688	0.997	0.024	0.074	1.085	100
3.25-3.4	9.8	0.062	658	0.997	0.021	0.065	1.117	100
3.4-3.58	9.7	0.067	680	0.997	0.023	0.071	1.017	100
3.58-3.8	9.6	0.062	691	0.997	0.021	0.066	1.136	100
3.8-4.09	9.6	0.064	690	0.997	0.022	0.068	1.104	100
4.09-4.5	9.4	0.077	693	0.997	0.027	0.082	1.053	100
4.5-5.14	9.4	0.085	707	0.994	0.03	0.09	0.998	100
5.14-6.44	9.4	0.063	727	0.997	0.022	0.067	1.044	100
6.44-20	8.1	0.055	759	0.995	0.021	0.059	1.044	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GUQ, 5GUS

5guq

5gus

解像度: 2.398→19.834 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2354	1346	9.93 %
R_work	0.2058	12204	-
obs	0.2088	13550	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.77 Å² / B_iso mean: 26.1215 Å² / B_iso min: 7.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.398→19.834 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2340	0	4	87	2431
B_iso mean	-	-	42.46	26.38	-
残基数	-	-	-	-	284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	2389
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.66	3240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	353
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	414
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.158	906

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3975-2.483	0.3166	132	0.2504	1182	1314	99
2.483-2.5823	0.3075	134	0.235	1174	1308	100
2.5823-2.6995	0.2311	133	0.2352	1191	1324	100
2.6995-2.8415	0.2429	133	0.2237	1194	1327	100
2.8415-3.0189	0.2827	133	0.2435	1220	1353	100
3.0189-3.2511	0.2609	133	0.2181	1216	1349	100
3.2511-3.5765	0.2162	131	0.2012	1203	1334	100
3.5765-4.0901	0.2172	136	0.1792	1245	1381	100
4.0901-5.1382	0.1834	139	0.158	1256	1395	100
5.1382-19.8348	0.222	142	0.2143	1323	1465	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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