PDB-5y3c: Crystal structure of zebrafish Ccd1 DIX domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y3c

タイトル

Crystal structure of zebrafish Ccd1 DIX domain

要素

Dixin-A

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Wnt signal

機能・相同性

機能・相同性情報

camera-type eye development / forebrain development / canonical Wnt signaling pathway / focal adhesion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Terawaki, S. / Shibata, N. / Higuchi, Y.

資金援助

日本, 17件

組織	認可番号	国
MEXT	22121519	日本
MEXT	23121527	日本
MEXT	25121705	日本
MEXT	23121526	日本
MEXT	25121731	日本
JSPS	22370061	日本
JSPS	22770112	日本
JSPS	25840017	日本
Hyogo Science and Technology Association		日本
Sasakawa Scienti c Research Grant from the Japan Science Society		日本
Sumitomo Foundation
Leave a Nest Grants Caliper Life Science Award		日本
Uehara Memorial Foundation		日本
Takeda Medical Science		日本
Inamori Foundation		日本
JAXA		日本
Grant-in-Aid from the Global COE program		日本

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis for Ccd1 auto-inhibition in the Wnt pathway through homomerization of the DIX domain.
著者: Terawaki, S.I. / Fujita, S. / Katsutani, T. / Shiomi, K. / Keino-Masu, K. / Masu, M. / Wakamatsu, K. / Shibata, N. / Higuchi, Y.

履歴

登録	2017年7月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y3c.cif.gz	51.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y3c.ent.gz	35.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y3c_validation.pdf.gz	415.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y3c_full_validation.pdf.gz	416.5 KB	表示
XML形式データ	5y3c_validation.xml.gz	6 KB	表示
CIF形式データ	5y3c_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/5y3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/5y3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y3bSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pz7-d 6f55-d 6gq4-d 3rnj-d 2orc-d 2dbf-d 6e25-d 5yj1-16 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dixin-A

9.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.724, 46.724, 79.361
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Dixin-A / Coiled-coil protein DIX1-A / Coiled-coil-DIX1-A / DIX domain-containing protein 1-A 分子量: 9598.747 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 356-438 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: dixdc1a, ccd1, dixdc1 / プラスミド: pOPINM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q804T6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Dixin-A / Coiled-coil protein DIX1-A / Coiled-coil-DIX1-A / DIX domain-containing protein 1-A

分子量: 9598.747 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 356-438 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: dixdc1a, ccd1, dixdc1 / プラスミド: pOPINM / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q804T6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 14% poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 100 mM HEPES-Na (pH 7.5), 20 mM MgCl2, 10 mM TCEP-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 7076 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9 % / Net I/σ(I): 35.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Y3B

5y3b

解像度: 1.96→23.362 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	722	10.23 %
R_work	0.1692	-	-
obs	0.1739	7061	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→23.362 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	668	0	0	66	734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	687
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	933
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.947	246
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	101
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	119

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.956-2.1069	0.2353	140	0.1893	1226	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1069-2.3188	0.2415	143	0.1835	1274	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3188-2.6539	0.2654	141	0.1813	1264	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6539-3.3421	0.2324	154	0.1808	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3421-23.3637	0.1809	144	0.1517	1291	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3388	1.2241	1.6137	0.6331	0.8409	1.1117	0.0433	0.4391	1.8304	-0.6226	0.211	-0.4057	-1.4225	0.9544	0.3929	0.9418	-0.4659	0.2594	0.6899	-0.1868	1.0105	25.5592	27.8586	5.9851
2	8.7819	5.5196	0.3164	8.4277	2.919	2.6046	-0.5541	-0.0115	-0.2915	-0.5284	0.2579	-0.0254	-0.3882	0.011	0.2508	0.1614	-0.0304	-0.0189	0.1437	0.0138	0.1403	12.9465	12.8757	5.2741
3	0.8373	-2.523	-1.8251	9.8147	8.7974	8.9951	-0.6252	-1.0435	-2.7005	1.9085	-0.2373	1.8874	1.6216	-1.0661	0.2883	0.4707	-0.01	0.1193	0.3649	0.1753	0.8349	4.3084	7.2392	8.1844
4	4.6853	4.2653	-1.0642	5.8679	2.1584	7.974	-0.0588	-0.4297	0.6299	-0.1282	0.364	0.3183	-0.6853	0.8637	-0.1681	0.2571	-0.0232	-0.0379	0.1766	-0.0017	0.2301	14.2263	16.8163	8.6993
5	2.0205	-5.2278	0.8557	9.8743	6.6362	6.9218	0.3034	0.0369	0.7398	-0.2339	-0.3102	-1.0545	-1.3207	1.9306	0.4386	0.175	-0.3622	-0.0982	0.822	0.1051	0.3157	26.9793	16.9495	4.4193
6	3.5095	-4.8153	-0.4895	7.3811	2.9792	6.7348	-0.5499	-0.0008	0.371	0.2835	0.4348	-0.3316	-0.0751	0.4864	0.0975	0.1576	-0.0615	-0.0472	0.3168	0.0154	0.1974	22.0877	10.0627	11.368
7	5.9496	-3.1928	-3.2899	9.725	5.8091	3.8467	-1.3732	-2.0024	0.2911	2.9193	0.8305	0.4049	2.3274	-0.2028	0.1118	0.7689	0.2244	-0.0873	0.7003	0.117	0.5804	15.7385	4.2836	16.1091
8	2.9003	0.9746	-1.3084	7.6167	-2.1892	7.5866	-0.4155	-0.0865	-0.5492	-0.1556	-0.1969	-0.37	0.6092	0.5847	0.4608	0.1955	0.0046	0.0511	0.1532	0.0288	0.2064	18.7764	4.5421	-0.5775
9	7.2839	0.0556	-0.2072	6.6324	0.7413	2.3201	-0.2201	0.1352	-0.1318	-0.5491	0.0413	-0.4888	0.3422	0.6604	0.3093	0.2953	0.064	0.0881	0.2023	0.0281	0.2146	19.8971	2.8784	-7.8821
10	6.7302	2.1989	-2.1227	3.232	1.0796	6.3495	0.1129	-0.0084	-0.5457	-0.5592	0.1055	-0.2383	0.5545	1.0042	-0.2302	0.2145	0.0205	-0.0045	0.4322	0.0191	0.2547	23.4766	8.9287	1.6108
11	6.1762	2.6672	-0.7484	7.3364	-4.082	2.5295	-0.1394	-0.3506	-0.7922	0.5212	-0.0208	0.286	0.4226	0.0043	0.0185	0.3006	-0.0261	0.0619	0.1452	0.0404	0.296	13.5379	5.2081	4.8669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 355 through 359 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 360 through 366 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 367 through 372 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 373 through 377 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 378 through 385 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 386 through 393 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 394 through 399 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 400 through 407 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 408 through 416 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 417 through 430 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 431 through 437 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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