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- PDB-2dbf: Solution structure of the Death domain in human Nuclear factor NF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dbf
タイトルSolution structure of the Death domain in human Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
要素Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / apoptosis / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / mammary gland involution / antibacterial innate immune response / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of lipid storage ...I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / mammary gland involution / antibacterial innate immune response / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of lipid storage / negative regulation of interleukin-12 production / Regulated proteolysis of p75NTR / CLEC7A/inflammasome pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Interleukin-1 processing / cellular response to interleukin-6 / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to dsRNA / actinin binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / signal transduction involved in regulation of gene expression / TRAF6 mediated NF-kB activation / Transcriptional Regulation by VENTX / cellular response to angiotensin / The NLRP3 inflammasome / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cholesterol efflux / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / JNK cascade / response to muscle stretch / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / CD209 (DC-SIGN) signaling / NF-kB is activated and signals survival / protein sequestering activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Activation of NF-kappaB in B cells / cellular response to mechanical stimulus / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / cellular response to virus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / PKMTs methylate histone lysines / cellular response to nicotine / CLEC7A (Dectin-1) signaling / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / FCERI mediated NF-kB activation / specific granule lumen / Interleukin-1 signaling / HCMV Early Events / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Downstream TCR signaling / cellular response to lipopolysaccharide / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / secretory granule lumen / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / apoptotic process / Neutrophil degranulation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Saito, K. / Inoue, M. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the Death domain in human Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
著者: Saito, K. / Inoue, M. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2005年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6221
ポリマ－10,6221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / KBF1 / DNA-binding factor KBF1 / EBP- 1


分子量: 10621.934 Da / 分子数: 1 / 断片: DEATH DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: PR1117_G03 / プラスミド: P050613-15 / 参照: UniProt: P19838

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM protein; 20mM d-tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6BRUKERcollection
NMRPipe2002DELAGLIO, F.解析
NMRView5JOHNSON, B.A.データ解析
CNS1.1BRUNGER, A.T.構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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