[日本語] English
万見
- PDB-5y3b: Crystal structure of mouse Ccd1 DIX domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y3b
タイトルCrystal structure of mouse Ccd1 DIX domain
要素Dixin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signal
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain ventricular zone progenitor cell division / cerebral cortex radially oriented cell migration / cell proliferation in forebrain / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / cerebellar cortex development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / gamma-tubulin binding / positive regulation of axonogenesis / cerebral cortex cell migration / positive regulation of Wnt signaling pathway ...forebrain ventricular zone progenitor cell division / cerebral cortex radially oriented cell migration / cell proliferation in forebrain / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / cerebellar cortex development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / gamma-tubulin binding / positive regulation of axonogenesis / cerebral cortex cell migration / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of neuron differentiation / canonical Wnt signaling pathway / stress fiber / axon terminus / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / actin binding / postsynapse / protein domain specific binding / focal adhesion / neuronal cell body / glutamatergic synapse / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein L25; Chain P - #130 / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Ribosomal Protein L25; Chain P / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain ...Ribosomal Protein L25; Chain P - #130 / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Ribosomal Protein L25; Chain P / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Terawaki, S. / Shibata, N. / Higuchi, Y.
資金援助 日本, 17件
組織認可番号国
MEXT22121519 日本
MEXT23121527 日本
MEXT25121705 日本
MEXT23121526 日本
MEXT25121731 日本
JSPS22370061 日本
JSPS22770112 日本
JSPS25840017 日本
Hyogo Science and Technology Association 日本
Sasakawa Scienti c Research Grant from the Japan Science Society 日本
Sumitomo Foundation 日本
Leave a Nest Grants Caliper Life Science Award 日本
Uehara Memorial Foundation 日本
Takeda Medical Science 日本
Inamori Foundation 日本
JAXA 日本
Grant-in-Aid from the Global COE program 日本
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis for Ccd1 auto-inhibition in the Wnt pathway through homomerization of the DIX domain.
著者: Terawaki, S.I. / Fujita, S. / Katsutani, T. / Shiomi, K. / Keino-Masu, K. / Masu, M. / Wakamatsu, K. / Shibata, N. / Higuchi, Y.
#1: ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2007
タイトル: The DIX domain of Dishevelled confers Wnt signaling by dynamic polymerization.
著者: Schwarz-Romond, T. / Fiedler, M. / Shibata, N. / Butler, P.J. / Kikuchi, A. / Higuchi, Y. / Bienz, M.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dixin
B: Dixin
C: Dixin
D: Dixin
E: Dixin
F: Dixin
G: Dixin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4887
ポリマ－68,4887
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area29580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)72.854, 75.660, 125.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 392:398 or resseq 412:416 or resseq...
211chain B and (resseq 392:398 or resseq 412:416 or resseq...
311chain C and (resseq 392:398 or resseq 412:416 or resseq...
411chain D and (resseq 392:398 or resseq 412:416 or resseq...
511chain E and (resseq 392:398 or resseq 412:416 or resseq...
611chain F and (resseq 392:398 or resseq 412:416 or resseq...
711chain G and (resseq 392:398 or resseq 412:416 or resseq...

-
要素

#1: タンパク質
Dixin / Coiled-coil protein DIX1 / Coiled-coil-DIX1 / DIX domain-containing protein 1


分子量: 9783.971 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP RESIDUES 625-707 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dixdc1, Ccd1, Kiaa1735 / プラスミド: pET49b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-CodonPlus-RILP / 参照: UniProt: Q80Y83

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M Na HEPES pH 7.8, 15%(v/v) ethylene glycol, 3%(v/v) glycerol, 4%(v/v) 1,3-propanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14312 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 16.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.1_357精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→29.088 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2894 713 4.97 %
Rwork0.2475 --
obs0.2496 14312 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 27.027 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0409 Å20 Å2-0 Å2
2--0.6151 Å20 Å2
3----2.656 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.088 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4665 0 0 0 4665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7986488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7891736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058691
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003838
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A377X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B377X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
13C377X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
14D377X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
15E377X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
16F377X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
17G377X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.23140.37821270.31022636X-RAY DIFFRACTION98
3.2314-3.55610.31021420.27962697X-RAY DIFFRACTION100
3.5561-4.06950.31351530.25332701X-RAY DIFFRACTION100
4.0695-5.12250.26851510.21562740X-RAY DIFFRACTION100
5.1225-29.08920.23231400.21842869X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る