PDB-5y33: Crystal structure of alginate lyase from Flavobacterium sp. UMI-0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y33

タイトル

Crystal structure of alginate lyase from Flavobacterium sp. UMI-01 reveals polymannuronate specificity

要素

Alginate lyase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / alginate lyase / b-elimination reaction / b-jelly roll fold / endolytic enzyme

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / carbohydrate metabolic process / lyase activity / Alginate lyase

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium sp. UMI-01 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Qin, H.-M. / Miyakawa, T. / Nakamura, A. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2018
タイトル: Structural basis for controlling the enzymatic properties of polymannuronate preferred alginate lyase FlAlyA from the PL-7 family.
著者: Qin, H.M. / Miyakawa, T. / Inoue, A. / Nishiyama, R. / Nakamura, A. / Asano, A. / Ojima, T. / Tanokura, M.

履歴

登録	2017年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y33.cif.gz	73.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y33.ent.gz	53.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/5y33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/5y33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1jov-d 6m8d-d 2aam-1 5jna-1 3t6a-4 3mmu-2 1uw5-1 5yli-1 5ukf-4 6apj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.750, 71.750, 50.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Alginate lyase 分子量: 29901.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 29-288 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium sp. UMI-01 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A068PC91
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.1 M DL-malic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 43349 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 38.5
反射シェル	解像度: 1.54→1.58 Å / R_sym value: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PHENIX		データ削減
PHENIX		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.54→31.069 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	4304	9.93 %
R_work	0.1656	-	-
obs	0.1683	43342	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→31.069 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2106	0	0	340	2446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	2159
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.702	2918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.167	809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5399-1.5574	0.2426	141	0.1945	1295	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5574-1.5757	0.2393	139	0.1922	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5757-1.595	0.2455	157	0.1877	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.595-1.6151	0.2286	153	0.1894	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6151-1.6364	0.2335	149	0.1813	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6364-1.6588	0.2175	123	0.1835	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6588-1.6825	0.2375	135	0.1924	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6825-1.7076	0.2374	139	0.1933	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7076-1.7343	0.2472	143	0.1963	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7343-1.7627	0.2246	127	0.1941	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7627-1.7931	0.2036	151	0.1808	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7931-1.8257	0.1961	131	0.1822	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8257-1.8608	0.2403	151	0.187	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8608-1.8988	0.2234	148	0.1828	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8988-1.9401	0.196	128	0.1794	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9401-1.9852	0.2284	138	0.1849	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9852-2.0349	0.1991	156	0.1711	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0349-2.0899	0.1947	149	0.1708	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0899-2.1514	0.2227	133	0.1699	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1514-2.2208	0.1909	136	0.1736	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2208-2.3001	0.2069	151	0.1733	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3001-2.3922	0.2218	150	0.1682	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3922-2.501	0.2087	157	0.181	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.501-2.6328	0.2067	152	0.1844	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.7977	0.2075	144	0.1781	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7977-3.0135	0.1911	145	0.1803	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0135-3.3165	0.1927	150	0.1646	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3165-3.7956	0.1609	144	0.1367	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7956-4.7793	0.1324	136	0.1207	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7793-31.075	0.1469	148	0.141	1286	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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