[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5y2q: X-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP) complexe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y2q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | X-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP) complexed with a small molecule | ||||||
Components | Acetylcholine-binding protein | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING/INHIBITOR / Acetylcholine binding protein / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / neuron projection / synapse / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Lymnaea stagnalis (great pond snail) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.363 Å | ||||||
Authors | Jiang, L.L. / Zhou, L. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: X-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP) complexed with a small molecule Authors: Jiang, L.L. / Zhou, L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y2q.cif.gz | 212.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5y2q.ent.gz | 169.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y2q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5y2q_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5y2q_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
Data in XML | 5y2q_validation.xml.gz | 38 KB | Display | |
Data in CIF | 5y2q_validation.cif.gz | 51.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/5y2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/5y2q | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1ux2S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP
|
-Components
#1: Protein | Mass: 24124.783 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 21-229 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lymnaea stagnalis (great pond snail) / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: P58154 #2: Chemical | ChemComp-8L3 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.37 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: TRIS PH 8.0, AMMONIUM SULFATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97914 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 23, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97914 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.36→50 Å / Num. obs: 47126 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 50.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 9.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1UX2 Resolution: 2.363→45.056 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.94
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.02 Å2 / Biso mean: 37.25 Å2 / Biso min: 11.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.363→45.056 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
|